サブスク決済システムおすすめ14選比較！手数料・機能・対応決済、選び方を解説

月額制サービスや定期購入など、継続的に料金を回収するビジネスに欠かせないのが「サブスク決済システム」です。

この記事では、サブスク決済の仕組みや導入のメリット、業界別の活用事例、システムの選び方をわかりやすく解説。さらに、EC・教室・BtoB取引など用途別のおすすめシステムも紹介します。自社のビジネスに最適なサブスク決済を導入したい方は、ぜひ参考にしてください。

サブスク決済システムとは？

サブスク決済システムとは月額制の会員サイト・レッスン教室やECサイトでの定期購入など一定間隔で継続的に代金回収を行う業種に特化した決済代行サービスを指します。

上記以外にも月額型/定期的な継続課金による支払い方式の場合はサブスク型といい、様々な業界・業種でニーズがあります。

今回はサブスク決済システムの機能や特徴を解説しながら、用途別・業界別毎におすすめの選び方や導入メリット・最新トレンドについて紹介していきます。

サブスク決済システムがおすすめの業種・サービス

サブスク決済システムは、継続的にサービスや商品を提供するビジネスと相性が良く、業種を問わず幅広く導入されています。
特に「毎月使う・定期的に利用する・継続することに価値がある」サービスでは、売上の安定化や運営効率の向上につながりやすいのが特徴です。

業種・サービス	特徴・概要
デジタルコンテンツ系 （動画・音楽・学習）	NetflixやSpotifyのように、月額で自由に利用できる見放題・聴き放題モデルが定着。英会話アプリや学習サイトなど教育分野にも広がっており、コンテンツを継続的に提供できる事業と相性が良い。
ソフトウェア アプリ・ITサービス	Adobeやクラウド会計ソフトなど、多くのITツールがサブスク化。使い続けてもらうことで価値が高まるサービスに向いており、業務効率化ツールや予約管理システムなどにも活用されている。
ECの定期販売	コーヒー、ミールキット、サプリメントなど、消費頻度が高い商品の定期便サービスが拡大。毎月届く利便性により継続購入を促しやすく、美容品やペット用品にも応用できる。
店舗型サービス （フィットネス・美容・習い事など）	スポーツジムやエステ、教室などで月額・通い放題モデルが一般化。定期的に通うサービスとサブスク決済は親和性が高く、顧客定着や収益の安定化につながる。

サブスク決済システムの機能｜できること

サブスク決済システムでできる主な機能を紹介します。

機能	できること・概要
定期課金・自動決済	月額・年額・週次など、設定した周期で自動的に決済を行える。毎回の請求作業が不要になり、未回収リスクを減らせる。
プラン・料金設定	複数の料金プランやコースを作成できる。月額・年額の切り替え、無料トライアル、初月割引なども設定可能。
会員・顧客管理	会員情報、契約状況、利用中プラン、支払い履歴などを一元管理できる。会員制サービスやスクール運営と相性が良い。
自動更新・解約管理	契約更新の自動処理や、解約・休会の受付をシステム上で管理できる。更新忘れや手作業ミスを防げる。
請求・入金管理	決済状況の確認、未払いの把握、入金管理を自動化できる。BtoB向けでは請求書発行に対応するケースもある。
決済手段の提供	クレジットカード決済を中心に、口座振替、コンビニ決済、QR決済などに対応しているシステムもある。
決済リンク・外部連携	支払い専用URLの発行や、Webサイト・LPへの決済導線設置が可能。サイトがなくても運用できる場合もある。
API連携・システム組み込み	自社アプリやEC、既存システムと連携し、独自の課金フローや従量課金を構築できる。
売上・分析レポート	月次売上、継続率、解約率などを可視化できる。サービス改善や料金設計の判断材料になる。

サブスク決済システムは、自動継続課金に関する課金周期や回数指定/金額変更/リトライ/お試し期間設定ができます。

また、申込後に顧客情報・会員データをAPIで連携することで、購買・決済情報の分析やマーケティング活動にも活用できます。

近年では開発が不要なメールリンク決済も登場しており、決済URLをメールやSMSで送付するだけで支払が完了するため個人ショップや法人企業のオンライン商談後のクレジット決済にもおすすめです。

サブスク決済システムの種類・タイプ

サブスク決済システムには、ビジネスモデルや運用目的に応じて複数のタイプがあります。
自社の業態に合ったタイプを選ぶことで、決済や会員管理、請求業務の自動化がスムーズに行えます。
以下の表では、主なサブスク決済システムの種類をまとめました。

タイプ	特徴・概要
アプリ・ECに組み込めるタイプ	自社アプリやECに決済を組み込める（API連携・独自課金設計ができる）サブスク決済システムがおすすめ。 SaaS、アプリサービス、ECサイトなど、サービスに決済を内包したい事業に適している。
会員制サービス向けタイプ	会員管理と継続課金をまとめて管理できる（会員登録・更新・自動課金ができる）サブスク決済システムがおすすめ。 スクール、オンライン講座、サロン、コミュニティ運営などに適している。
手軽に始められるタイプ	初期設定が少なく、すぐ使える（決済リンク送付・シンプルな定期課金ができる）サブスク決済システムがおすすめ。 Webサイトや開発が不要で、個人事業や小規模ビジネスでも導入しやすい。
BtoBで利用できるタイプ	請求業務を自動化できる（請求書発行・入金管理・督促ができる）サブスク決済システムがおすすめ。 法人向けサービスやSaaS、保守・リースなど、継続請求が発生するBtoBビジネスに向いている。

【比較表】サブスク決済システムの料金・手数料相場｜主要サービスを一覧で比較

おすすめのサブスク決済システムの料金や手数料を比較していきます。

サービス名	イメージ	初期費用	月額費用	決済手数料	対応決済	決済方式	セキュリティ
VeriTrans4G （ベリトランス4G）		お問合わせ 見積をチェック	お問合わせ	業界最安水準 1～3％台 ※クレジット決済の場合	クレジット決済/コンビニ決済/ 銀行決済/Bank Pay/電子マネー決済/ キャリア決済/ID決済/銀聯ネット決済/ Alipay（アリペイ）国際決済/ PayPal（ペイパル）決済/ 多通貨クレジットカード決済/ Apple Pay/Google Pay/ ベリトランス後払い	オンライン決済（都度課金・継続課金）/ メールリンク決済/IVR決済/ オフライン決済（端末決済・端末レス決済・ マルチQRコード決済）など	PCI-DSS Ver.4.0 完全準拠 ISO/IEC27001認証取得 *情報セキュリティマネジメントシステム プライバシーマーク の継続更新 Visa Registry of Service Providers Program 国内第１号登録
ROBOT PAYMENT （サブスクペイ）		資料で確認	お問合せ	2.5%~	クレジット/コンビニ/銀行振込/電子マネー テイクアウト決済/キャリア/後払い/口座振込 スマホ/QRコード/寄付金/書面/電話決済	サブスク決済/事前決済 メールリンク/IVR決済	セキュリティコード/3Dセキュア Pマーク/PCI DSS トークン/SSL認証
月額パンダ		0円 ※無料	0円 ※無料	3.5%	クレジット/口座振込 コンビニ決済/PayPay決済	継続課金/単発課金	カード情報非保持化 Pマーク
会費ペイ		0円 ※無料	0円 ※無料	資料で確認	クレジット決済 口座振替/コンビニ決済	継続課金/単発課金	PCIDSS SAQ Type-D JIS Q 27001:2014 ISMS
RP掛け払い		0円~ ※無料	0円~ ※無料	0.5~2.9%		サブスク決済※継続課金 メールリンク決済	セキュリティコード/3Dセキュア Pマーク/PCI DSS トークン/SSL認証
Squareリンク決済		0円 無料アカウント登録	0円	3.6％~ ※その他の手数料 振込：0円 申込：0円 販売：0円 注文キャンセル：0円	QRコード/SMS決済/クレジット決済	継続課金/リンク決済	PCI DSS/SSL暗号化 カード情報非保持化 二段階認証/トークン機能 ワンタイムパスワード
STORES 請求書決済		0円	0円	3.24%~3.74%	QRコード/SMS決済/クレジット決済	継続課金/リンク決済	PCI DSS/暗号化認証 カード情報非保持化
GMO掛け払い		0円 ※無料	0~1.4万円	0.5~3.4%	クレジット/コンビニ/サブスク決済 口座振替/銀行振込 請求書後払い	継続課金/サブスク	不正検知/3Dセキュア本人認証 Pマーク
GMOイプシロン		0円 ※無料	0円 ※無料	3.45%~	クレジット/コンビニ/ネット銀行/ウォレット 電子マネー/キャリア/後払い/口座振込 スマホ/QRコード/他通貨決済	継続課金/事前決済 メールリンク決済	不正検知/3Dセキュア本人認証 カード情報非保持化/トークン チャージバック/SSLサーバー
ZEUS（ゼウス）		0円 ※無料	3,000円	3.5%~	クレジット/コンビニ/ネット銀行/賃貸決済 電子マネー/キャリア/後払い/口座振込 スマホ/イベント向けレンタル端末	継続課金/事前決済 メールリンク決済 電話CTI/与信後	PCI DSS/Pマーク/ISMS 不正検知/トークン カード情報非保持化
ペイジェント		0円 ※無料	お問合せ	4.2%～ トランザクション：0円 ※無料	クレジットカード/コンビニ決済/国際決済 電子マネー/ID・キャリア決済/後払い	継続課金/事前決済 メールリンク決済	3Dセキュア/SSL暗号化 カード情報非保持化/トークン ISMS/PCI DSS認証
アプラス集金代行 Web口座振替		お問合せ	お問合せ ※プランで変動	お問合せ ※1件～でも可能	クレジット/コンビニ/サブスク決済 口座振替/銀行振込 請求書後払い	Web口座振替 ※依頼書不要	PCI-DSS/SSL認証 Pマーク/ISS/ISO27001

サブスク決済システムの5つの選定ポイント【ランキング付き】

サブスク決済システムの選び方や検討時のポイントをご紹介します。

1．業界/規模に適した課金方式や機能があるか

まずは自社にあわせた課金方式・必要な機能があるかを確認しましょう。提供サービスやシステムにより機能が異なるためお試し期間/課金周期/日時指定などをどこまで細かな設定が可能かも重要です。

また紹介してきたように自社の業界や規模によっても導入すべきツールは変わってくるため、機能性や対応している決済手法の種類についても事前に把握しましょう。

2．顧客の年齢層を参考に対応している決済手法があるか

2つ目は顧客の年齢層を把握し希望する対応決済があるかを確認することです。

上記でも説明したように10代ではクレジットカードを作成できないため、もし10代に利用してもらいたければキャリア/スマホ/後払い決済など他の決済手法が必要となります。

自社サービスの年齢層を分析した上で、導入要件を整理しながら検討していきましょう。

3．個人事業主/小規模企業は料金・手数料・入金サイクルが問題ないか

個人事業主の場合は決済機能・手数料・対応決済についても確認のポイントですが、検討サービスとしてはSNSと相性も良く、開発が不要なメールリンク決済がおすすめです。

決済手法については若年層が中心である場合クレジットカード決済の利用率は低いため、BtoB後払い・電子請求書（メール送付）・継続課金など自社の客層に合わせた多様な決済手法対応も確認しましょう。

順位	イメージ	サービス名	決済手数料
🥇 1位		サブスクペイ	2.65%
🥇 1位		Veritrans4G	1～3% （個別見積り）
🥈 2位		月額パンダ	3.5%
🥈 2位		会費ペイ	3.5% （資料で詳しく）

小規模店舗や個人事業主の場合は決済手数料・入金サイクルの確認も重要です。決済手数料は1回では大したことがなくても、注文や取引回数が多くなると大きなコストになります。

あわせて入金サイクルの確認も大切です。個人の場合は振込タイミングがキャッシュフローに大きく影響するため最短即時入金のSquareリンク決済など、できるだけ短い入金サイクル・入金回数の多いサービスを選ぶようにしましょう。

順位	イメージ	サービス名	入金サイクル
🥇 1位		月額パンダ	クレカ：週次 口座振替：翌月10日
🥈 2位		サブスクペイ	月末締め翌月15日
🥈 2位		会費ペイ	月末締め翌月15日

4．販売管理・会計ソフト・基幹システムなどへのデータ連携はできるか

外部システムとの連携も事前に確認するべきポイントです。決済代行サービスは請求管理/販売管理システム/会計ソフト/SFA/CRMなど外部ツールと連携できなければ、効率化にはつながりません。

最低限の機能だけを導入して連携できないと結局余計な手間につながってしまう場合もあります。

そのようなことを避けるためにも、一定の顧客を抱えている・売上がある場合は自社で利用しているシステムと連携できるのかも検討要件に入れましょう。

5．セキュリティ要件（認証方式/Pマーク/PCIDSS/ISMSなど）はクリアできているか

クラウド型システムの場合、どこからでもアクセスできるためPCの紛失・情報漏洩やハッキングのリスクがあります。

そのためアクセスするときにどのような認証方式でアクセスできるのか/権限設定/IP制限などのセキュリティ機能や、個人情報の取扱い/データ管理に関する認証取得についても確認しておきましょう。

また大規模なシステム導入・乗り換えの場合はサーバー環境などのシステム基盤も確認しておく必要があります。

一般的にはBCP対策の領域に入るため情報システム部門とも連携しながら検討を進めましょう。

順位	イメージ	サービス名	セキュリティ
🥇 1位		Veritrans4G	PCI-DSS Ver.4.0 完全準拠 ISO/IEC27001認証取得 *情報セキュリティマネジメントシステム プライバシーマーク の継続更新 Visa Registry of Service Providers Program 国内第１号登録
🥈 2位		Squareリンク決済	PCI DSS/エンドツーエンド暗号化/機械学習による不正検知 トークン化スキーム PCI DSSレベル１で安全な決済が可能
🥉 3位		サブスクペイ	セキュリティコード/3Dセキュア Pマーク/PCI DSS トークン/SSL認証

おすすめのサブスク決済システム【EC通販/アプリ】

おすすめのサブスク決済システム【会費・月謝】

おすすめサブスク決済システム【個人ショップ/小規模法人】

個人ショップや小規模法人には初期費用が安く始められるメールリンク型のサブスク決済システムがおすすめです。

サービス名	イメージ	初期費用	月額費用	決済手数料	対応決済	QRコード 送信	SMS送信	SNS送信	継続課金 （サブスク）
VeriTrans4G メールリンク決済		問合せ 見積をチェック	問合せ	業界最安水準 1～3％台 ※クレジットカード決済の場合	クレジットカード・コンビニ 電子マネー/ID決済（楽天ペイ・PayPayなど） 後払い/他通貨/ポイント決済	◯	◯	◯	◯
Squareリンク決済		0円 無料アカウント登録	0円 ※無料	3.6％ ※その他の手数料 振込：0円 申込：0円 注文キャンセル：0円	クレジットカード デビットカード	◯	◯	◯	◯
サブスクペイ メール決済		問合せ 資料で確認	問合せ	2.5%~ ※口座振替：85円	クレジットカード、口座振替 銀行振込・バーチャル口座 コンビニ決済、メール決済 アプリ決済、タブレット端末決済	◯	◯	◯	◯
formrun メールリンク決済		0円 ※無料	0円~	2.99%~	クレジットカード オンライン決済 （PayPay・Apple Pay・PayPal） コンビニ決済、口座振替	◯	◯	◯	◯
STORES 請求書決済		0円 ※無料 スタンダード：3,300円	0円 ※無料	2.38％~3.24%	クレジットカード	◯	◯	◯	問合せ
makeshopメールリンク		11,000円~	法人：2,000円 個人：1,000円	3.14%~	問合せ	◯	◯	◯	問合せ
PayPal		0円 ※無料	0円 ※無料	3.6％~	クレジットカード デビットカード 銀行口座	◯	✕	問合せ	◯
Stripe Payment Links		0円 ※無料	0円 ※無料	3.6％~	クレジットカード、デビットカード Apple Pay、Google Pay など	◯	✕	問合せ	◯

おすすめのサブスク決済システム【BtoB後払い/企業間取引】

サービス名

イメージ

初期費用

月額費用

決済手数料

請求書発行費用

与信限度額

審査時間

未入金保証 （売掛金）

定期請求 サブスク

早期入金

末締め以外 個別請求書

支払い 期限延長

個人事業主

連携システム・カード

RP掛け払い

0円~ ※無料

0円~ ※無料

~3.4%

0円~ ※無料

問い合わせ

問い合わせ

〇

〇

問合せ

〇

〇

問合せ

キャムマックス Salesforce

オリコのB2B決済サービス（売掛金決済保証）

0円~

0円~14,800円

～2.50%

0円※無料

問い合わせ

問い合わせ

〇

〇

問合せ

問合せ

問合せ

〇

問合せ

請求まるなげロボ

お問合せ

請求数で変動 資料で確認する

1.0％~

0円

問い合わせ

問い合わせ

〇

〇

〇

〇

問合せ

〇

キャムマックス Salesforce

GMO掛け払い

0円※無料

0~1.4万円

0.5~3.4%

150~180円

1,000万円

~1週間

〇

〇

〇

〇

〇

〇

ebisumart

NP掛け払い

0円※無料

お問合せ

1.2~3.6％

190円

300万

企業与信：3営業日 取引与信：~2時間

〇

〇

〇

問合せ

〇

〇

Bcart/makeshop BtoB ebisumart/楽楽B2B

掛払い.com

0円※無料

お問合せ

1.2~3.6%

190円

上限なし

企業与信：当日 取引与信：即時~2時間

〇

〇

問合せ

問合せ

〇

〇

楽楽B2B

クロネコ掛け払い

0円※無料

お問合せ

2％~5％

0円

60万円

~1営業日

〇

問合せ

〇

問合せ

問合せ

〇

Bcart/ebisumart

Paid（ペイド）

0円 ※無料

0円 ※無料

0.5~3.1%

125円

1,000万円

最短即時～3営業日程度

〇

〇

〇

〇

〇

〇

Bカート/makeshop  ECBB/ebisumart   EC-CUBE/One’s Closet/EverCart

サブスク決済システムを利用するメリット

1. 業務効率とキャッシュフローの安定化につながる

サブスク決済システムを導入することで、請求処理や入金確認などの定型業務を自動化でき、作業負担を大幅に削減できます。人手による入力ミスを防ぎながら、毎月の入金サイクルを安定化させることが可能です。特に顧客数が多いビジネスでは、継続課金の自動処理によりキャッシュフローの可視化・管理が容易になります。

2. 顧客の利便性を高め継続利用を促進できる

クレジットカードや口座振替、電子マネー、キャリア決済など複数の決済方法を一括導入できるのも大きなメリットです。顧客が希望する支払い手段を選べることで利便性と満足度が向上し、結果的に解約率の低下や継続率の向上につながります。

3. セキュリティ・法令対応を専門機関に任せられる

PCI DSSやISMSなどの国際基準に準拠した環境で決済が行われるため、自社で高度なセキュリティ対策を構築する必要がありません。個人情報保護法やGDPRにも対応しており、安心・安全な決済環境を確保しやすい点も大きな魅力です。

サブスク決済システムを利用するデメリット・注意点

1. 手数料や運用コストが発生する

サブスク決済システムは便利な反面、決済手数料や月額費用などのランニングコストがかかります。取引件数が増えるほどコスト負担も大きくなるため、料金体系を比較しながら費用対効果を見極めることが重要です。

2. システム仕様による制約を受ける場合がある

すべての決済代行サービスが複雑な課金設計や独自のビジネスモデルに対応しているわけではありません。導入前に自社の料金体系・API連携・外部システムとの互換性を確認し、運用で不具合が生じないようにする必要があります。

3. 解約・返金時のトラブルに注意が必要

自動課金を前提とした仕組みのため、解約タイミングや返金ルールを明確に設定しておかないとトラブルに発展する可能性があります。利用規約やサポート体制を整備し、顧客対応フローを可視化・明文化しておくことが信頼維持のポイントです。

サブスク決済システムの対応できる決済手段

サブスク決済システムは様々な対応決済手法に対応しています。利用業界に合わせた決済手法をご紹介します。

利用業界	決済手段
飲食店/美容室/会員制サロン	クレジットカード
小売/レッスン教室/ネットショップ	クレジットカード/口座振替/ワンクリック課金
BtoB/企業間取引	口座振替/銀行振込/掛け払い/クレジットカード/コンビニ決済

飲食店/美容室など実店舗では決済端末によるクレジットカード・キャリア決済が可能で、基本的にはクレジット決済に付随している自動継続課金による支払いが一般的です。

また小売やレッスン教室・ネットショップではクレジットカードに加えて、口座振替/ワンクリック課金/後払い決済もあります。

BtoB企業の場合には銀行口座から引き落としを行う口座振替がこれまでは通例でしたが、現在は企業間取引に特化したクレジット決済代行サービスや掛け払いサービスなどがあります。

自社に合ったサブスク決済システムを導入しよう

今回はサブスク決済システムの導入メリットや選び方、おすすめのシステムを紹介してきました。今回業界・規模別に紹介してきたように、自社のビジネスの種類や規模に合わせて適切なシステムを比較検討することが重要です。適切なシステムを選ぶことで、事業者側の運営効率が上がり、同時に顧客体験の向上にもつながります。

本記事で紹介した選び方を参考に、自社に合ったサブスク決済システムを導入しましょう。

サブスク管理システム13選比較！料金・機能とおすすめの選び方を解説