【2025年】サブスク管理システムおすすめ13選比較！料金・機能と選び方を解説

サブスク管理システムの導入を検討しているものの、数多くあるサービスの中から自社に合ったサービスを選ぶのは容易ではありません。

この記事では、おすすめのサブスク管理システムから機能・料金・選び方まで分かりやすく解説します。

サブスク管理システムとは？

サブスク管理システムは、継続課金ビジネスの請求・決済を自動化する管理ツールです。定期的な料金徴収や契約更新、入金管理を効率化し、BtoCだけでなくBtoBの取引でも活用されています。

主な利用例は以下の通りです。

• デジタル配信：動画・音楽・電子書籍
• ソフトウェアサービス：SaaS、クラウドサービス、オンラインゲーム
• リアルサービス：フィットネスジム、オンラインサロン、学習塾
• 定期購入：化粧品、健康食品
• BtoBサービス：ソフトウェアライセンス、業務支援システム、コンサルティングの月額契約

従来の管理方法との違い

従来は請求書発行、入金確認、消込、督促をすべて手作業で行う必要がありました。

従来の課題は多岐にわたります。人的ミスによる請求漏れや計算間違いが頻発していました。顧客情報の分散管理による非効率性も問題でした。複雑な料金計算への対応も困難でした。

一方、サブスク管理システムなら、これらの業務をすべて自動化できます。顧客の解約手続きがない限り自動で継続課金が行われます。日割り計算や従量課金などの複雑な計算も正確に処理されます。

サブスク管理システムの主な機能一覧

サブスク管理システムの主な機能はこちらです。

主な機能	詳細
自動継続課金	料金プランの設定から定期課金、従量課金、日割り計算まで自動で処理。 請求書の自動発行や引き落とし失敗時の再請求機能などもあります。
顧客管理	顧客の基本情報、契約内容、支払い履歴、会員ステータスを一元管理。
外部システム連携	API連携で既存のCRMや会計システムにデータを自動入力。 決済代行サービスとの連携でクレジットやコンビニ決済など多様な決済手段。
データ分析・レポート	売上推移や顧客セグメント別の売上状況を一覧表示。 解約率分析や顧客分析レポートも作成可能。

サブスク管理システムの料金・費用相場

サブスク管理システムの料金体系は、多くのサービスで決済手数料のみの従量課金制を採用しています。初期費用を抑えてスタートできます。

料金体系の種類と特徴

サブスク管理システムの料金体系は、大きく分けて決済手数料のみの従量制と月額固定制の2種類があります。

料金体系	特徴	おすすめの企業	手数料率目安
決済手数料のみ （従量制）	・初期費用無料 ・取引分のみ支払い	スタートアップ 小規模事業者	2.65%〜3.6%
月額固定制	・基本料金＋決済手数料 ・予算管理しやすい ・高度な機能利用可能	取引量の多い企業 高機能が必要な企業	月額数万円〜 ＋決済手数料

おすすめのサブスク管理システム9選比較｜サブスク請求管理を自動化

サブスク運営で負担になりやすいのが「請求・決済管理」。料金プランや課金周期、入金確認を手作業で行うのは非効率です。そこで役立つのが請求管理に特化したサブスク管理システム。請求書発行から決済処理まで自動化でき、業務を大幅に効率化します。この記事では、特に請求管理に強いシステムを厳選してご紹介します。

サービス名

イメージ

初期費用

月額費用

こんな人におすすめ

無料トライアル

請求書作成

発行代行

入金消込

入金確認

請求受領

未入金管理・督促

売上管理・分析

会計ソフト連携

その他データ連携

法対応

請求管理ロボ

問合せ ※料金表を ダウンロード

問合せ

請求業務（発行・受領）全体を効率化

問合せ

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弥生会計 勘定奉行 MFクラウドなど

Salesforce kintone SFA等

インボイス制度対応 電子帳簿保存法

BillOne請求書受領

問合せ

問合せ

受領で紙・手作業とミスも減らしたい

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勘定奉行 弥生会計 freee会計

やよいの青色申告

インボイス制度対応 電子帳簿保存法

BtoBプラットフォーム請求書

問合せ

問合せ

請求書の電子化を進めたい

問合せ

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弥生会計 勘定奉行 など

販売管理 基幹システム等

インボイス制度対応 電子帳簿保存法

マネーフォワード クラウド請求書

無料

2,980円～

クラウドで請求書管理

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マネーフォワードクラウド会計

マネーフォワードクラウド

インボイス制度対応 電子帳簿保存法

freee請求書

無料

1,980円～

シンプルな請求書管理

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freee会計

freeeシリーズ

インボイス制度対応 電子帳簿保存法

MakeLeaps

無料

800円〜

コストを抑えて請求書管理

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勘定奉行 弥生会計 freee会計

Salesforce kintone等

インボイス制度対応 電子帳簿保存法

楽楽明細

100,000円〜

25,000円〜

大量の請求書を電子化したい

問合せ

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勘定奉行 弥生会計 PCA会計

販売管理 基幹システム等

インボイス制度対応 電子帳簿保存法

おすすめのサブスク管理システム7選比較｜サブスク決済を自動化

サブスク管理システムを選ぶ際は、自社のビジネスモデルや事業規模に合った機能と料金体系を持つサービスを選択することが重要です。ここでは、管理機能の充実度、決済対応の幅広さ、エンタープライズ対応、小規模事業者への適用性などの観点から、おすすめのサブスク管理システム12選をご紹介します。

サービス名	イメージ	初期費用	月額費用	決済手数料	対応決済	決済方式	セキュリティ
VeriTrans4G（ベリトランス4G）		お問合わせ 見積をチェック	お問合わせ	業界最安水準 1～3％台 ※クレジット決済の場合	クレジット決済/コンビニ決済/ 銀行決済/Bank Pay/電子マネー決済/ キャリア決済/ID決済/銀聯ネット決済/ Alipay（アリペイ）国際決済/ PayPal（ペイパル）決済/ 多通貨クレジットカード決済/ Apple Pay/Google Pay/ ベリトランス後払い	オンライン決済（都度課金・継続課金）/ メールリンク決済/IVR決済/ オフライン決済（端末決済・端末レス決済・ マルチQRコード決済）など	PCI-DSS Ver.4.0 完全準拠 ISO/IEC27001認証取得 *情報セキュリティマネジメントシステム プライバシーマーク の継続更新 Visa Registry of Service Providers Program 国内第１号登録
ROBOT PAYMENT		お問合せ	お問合せ	2.65%~	クレジット/コンビニ/銀行振込/電子マネー テイクアウト決済/キャリア/後払い/口座振込 スマホ/QRコード/寄付金/書面/電話決済	サブスク決済/事前決済 メールリンク/IVR決済	セキュリティコード/3Dセキュア Pマーク/PCI DSS トークン/SSL認証
月額パンダ		0円 ※無料	0円 ※無料	3.5%	クレジット/口座振込 コンビニ決済/PayPay決済	継続課金/単発課金	カード情報非保持化 Pマーク
会費ペイ		0円 ※無料	0円 ※無料	3.5%	クレジット決済 口座振替/コンビニ決済	継続課金/単発課金	PCIDSS SAQ Type-D JIS Q 27001:2014 ISMS
アプラス集金代行 Web口座振替		お問合せ	お問合せ ※プランで変動	お問合せ ※1件～でも可能	口座振替/コンビニ決済 ペイジー/スマホ決済	Web口座振替 ※依頼書不要	PCI-DSS/SSL認証 Pマーク/ISS/ISO27001
RP掛け払い		0円~ ※無料	0円~ ※無料	0.5~2.9%	クレジット/コンビニ/サブスク決済 口座振替/銀行振込 請求書後払い	サブスク決済※継続課金 メールリンク決済	セキュリティコード/3Dセキュア Pマーク/PCI DSS トークン/SSL認証
Squareリンク決済		0円 無料アカウント登録	0円	3.6％~ ※販売手数料0円	QRコード/SMS決済/クレジット決済	継続課金/リンク決済	PCI DSS/SSL暗号化 カード情報非保持化 二段階認証/トークン機能 ワンタイムパスワード
STORES 請求書決済		0円	0円	3.24%~3.74%	QRコード/SMS決済/クレジット決済	継続課金/リンク決済	PCI DSS/暗号化認証 カード情報非保持化
GMO掛け払い		0円 ※無料	0~1.4万円	0.5~3.4%	クレジット/コンビニ/サブスク決済 口座振替/銀行振込 請求書後払い	継続課金/サブスク	不正検知/3Dセキュア本人認証 Pマーク
GMOイプシロン		0円 ※無料	0円 ※無料	3.45%~	クレジット/コンビニ/ネット銀行/ウォレット 電子マネー/キャリア/後払い/口座振込 スマホ/QRコード/他通貨決済	継続課金/事前決済 メールリンク決済	不正検知/3Dセキュア本人認証 カード情報非保持化/トークン チャージバック/SSLサーバー
ZEUS（ゼウス）		0円 ※無料	3,000円	3.5%~	クレジット/コンビニ/ネット銀行/賃貸決済 電子マネー/キャリア/後払い/口座振込 スマホ/イベント向けレンタル端末	継続課金/事前決済 メールリンク決済 電話CTI/与信後	PCI DSS/Pマーク/ISMS 不正検知/トークン カード情報非保持化
ペイジェント		0円 ※無料	お問合せ	4.2%～ トランザクション：0円 ※無料	クレジットカード/コンビニ決済/国際決済 電子マネー/ID・キャリア決済/後払い	継続課金/事前決済 メールリンク決済	3Dセキュア/SSL暗号化 カード情報非保持化/トークン ISMS/PCI DSS認証

おすすめサブスク管理システム6選比較｜個人・小規模法人向け簡単導入

個人ショップや小規模法人には初期費用が安く始められるメールリンク型のサブスク管理システムがおすすめです。

サービス名	イメージ	初期費用	月額費用	決済手数料	対応決済	QRコード 送信	SMS送信	SNS送信	継続課金 （サブスク）
VeriTrans4G メールリンク決済		問合せ 見積をチェック	問合せ	業界最安水準 1～3％台 ※クレジットカード決済の場合	クレジットカード・コンビニ 電子マネー/ID決済（楽天ペイ・PayPayなど） 後払い/他通貨/ポイント決済	◯	◯	◯	◯
Squareメールリンク決済		0円 無料アカウント登録	0円 ※無料	3.6％ ※振込手数料、申込手数料 注文キャンセル手数料：0円	クレジットカード デビットカード	◯	◯	◯	◯
サブスクペイ メール決済		問合せ	問合せ	2.5%~ ※口座振替：85円	クレジットカード、口座振替 銀行振込・バーチャル口座 コンビニ決済、メール決済 アプリ決済、タブレット端末決済	◯	◯	◯	◯
formrun メールリンク決済		0円 ※無料	0円~	2.99%~	クレジットカード オンライン決済 （PayPay・Apple Pay・PayPal） コンビニ決済、口座振替	◯	◯	◯	◯
STORES 請求書決済		0円 ※無料 スタンダード：3,300円	0円 ※無料	2.38％~3.24%	クレジットカード	◯	◯	◯	問合せ
makeshopメールリンク		11,000円~	法人：2,000円 個人：1,000円	3.14%~	問合せ	◯	◯	◯	問合せ
PayPal		0円 ※無料	0円 ※無料	3.6％~	クレジットカード デビットカード 銀行口座	◯	✕	問合せ	◯
Stripe Payment Links		0円 ※無料	0円 ※無料	3.6％~	クレジットカード、デビットカード Apple Pay、Google Pay など	◯	✕	問合せ	◯

サブスク管理システムの選び方｜6つの比較ポイント

サブスク管理システムを選択する際は、機能面、操作性、連携性、コスト、セキュリティ、サポートという6つの観点から総合的に評価することが重要です。これらのポイントを事前に整理することで、導入後のミスマッチを防げます。

1. 必要な機能があるか

自社のビジネスモデルに必要な機能が揃っているかを最初に確認することで、導入後の機能不足を回避できます。

基本的な継続課金機能は必須です。複数の料金プランを提供している場合は柔軟な価格設定機能が必要です。従量課金が必要な場合は使用量に応じた課金計算機能を確認してください。グローバル展開を考えている場合は多通貨対応機能なども確認する必要があります。

2. 操作性の良さ・使いやすさ

毎日使用するツールだからこそ、直感的で使いやすい操作画面を持つシステムを選択することで、従業員の生産性向上を実現できます。

必要な情報にすぐアクセスできるダッシュボード設計が重要です。自分好みにカスタマイズできる画面構成も欠かせません。スマートフォンやタブレットからの操作対応なども重要な要素です。デモ版やトライアル期間を活用して操作性をテストすることをお勧めします。

3. 外部ツールと連携できるか

既存システムとの連携性を確認することで、データの二重入力を防ぎ、業務全体の効率化ができます。

CRMツールとの連携により顧客情報を活用した請求書作成が可能になります。会計ソフトとの連携による売上データの自動反映も重要です。決済代行サービスとの連携による多様な決済手段の提供など、連携機能の充実度は業務効率に大きく影響します。

4. 長期的な費用

初期費用だけでなく、月額料金、取引手数料、追加機能費用、サポート費用なども含めた総コストを長期的な視点で評価することが重要です。

投資対効果の観点も重要です。システム導入による業務効率化で削減できる人件費があります。請求ミス削減による収益改善もあります。顧客満足度向上による解約率低下などの効果も含めて総合的に判断することが求められます。

5. セキュリティ対策

顧客の個人情報や決済データを扱うため、強固なセキュリティ対策が講じられているシステムを選択することは企業の信頼性維持に直結します。

基本的なセキュリティ対策として、データの暗号化、多要素認証、アクセス制御、定期的なセキュリティ監査の実施状況を確認する必要があります。個人情報保護法やPCI DSS準拠、ISO27001認証取得状況なども確認が必要です。

6. サポート体制

導入から運用まで継続的にサポートを受けられる体制が整っているかを確認することで、安心してシステムを利用できます。

導入支援では、初期設定のサポート、データ移行支援、操作研修の提供状況を確認する必要があります。運用サポートでは、問い合わせ対応の品質（連絡手段、対応時間、日本語対応の有無）、ヘルプページやマニュアルの充実度なども重要な要素です。

サブスク管理システム導入の5つのメリット

サブスク管理システムの導入により、請求業務の自動化から顧客満足度向上まで、多面的なメリットを享受できます。これらのメリットは相互に作用して事業全体の成長を加速させる効果があります。

1. 業務効率化による時間と労力の削減

サブスク管理システム導入により、請求関連業務を大幅に自動化できます。従業員はより価値の高い業務に集中できるようになります。

請求書の作成・送付、入金確認、消込作業、督促といった定期的な業務がすべて自動化されます。これまで手作業に費やしていた時間を大幅に削減できます。人的ミスによる請求漏れや計算間違いも防止されます。データの正確性が向上します。

2. 売上状況のその場での把握

その場での売上データ把握により、迅速で適切な経営判断が可能になります。事業チャンスの最大化と問題の早期解決ができます。

月次や週次の売上推移、顧客セグメント別の利用状況、解約率の変動などが見やすいダッシュボードで即座に確認できます。この情報により、売れ行きの悪いプランの見直しができます。解約が多い顧客層への対策検討などを、タイムリーに実行できます。

3. 顧客情報の一元管理

顧客情報の一元管理により、顧客サポートの質が大幅に向上します。顧客満足度とロイヤルティの向上ができます。

顧客の契約内容、支払い履歴、問い合わせ履歴、利用状況などをすべて一画面で確認できます。この一元管理により、顧客からの問い合わせに対して迅速かつ正確な対応が可能になります。

4. 多様な決済方法への対応

多様な決済方法に対応することで、顧客の利便性向上と新規顧客獲得のチャンスが増えます。

クレジットカード決済に加えて、銀行振込、口座振替、コンビニ決済、電子マネー、アプリ決済など、顧客のニーズに合わせた支払い方法を提供できます。購入時の障壁を下げられます。顧客満足度を向上させられます。

5. データ活用による戦略立案の支援

膨大な顧客データと取引データの分析により、根拠に基づいた戦略立案が可能になります。事業成長の精度と速度が向上します。

顧客の利用パターン、解約理由、売上傾向などのデータを詳細に分析することで、自社ビジネスの強みや改善点を客観的に把握できます。これらのデータに基づいて、新商品・サービスの開発方向性、効果的なマーケティング施策の立案などを検討できます。

サブスク管理システム導入時の3つの注意点・デメリット

サブスク管理システムの導入には多くのメリットがある一方で、費用負担、業務変更への対応、セキュリティリスクなどの課題も存在します。これらの注意点を事前に理解し、適切な対策を講じることで、スムーズな導入と安定した運用ができます。

1. 初期投資と継続的な費用負担

サブスク管理システムの導入には、初期投資と継続的な費用が必要です。特に中小企業にとっては大きな負担となる可能性があります。

初期投資には、システムの購入費用やカスタマイズ費用、既存システムからのデータ移行費用、従業員向けの研修費用などが含まれます。月額または年間のライセンス料、システム保守費用、決済手数料などの継続的な支出も発生します。

2. 業務プロセス変更への対応

既存の業務プロセスからの変更により、従業員が慣れるまでの時間と研修コストが必要になります。一時的な生産性低下のリスクがあります。

従来の手作業や旧システムに慣れた従業員にとって、新しい操作方法や業務手順に慣れるまでには時間がかかります。スムーズな移行のためには、十分な研修期間の確保、段階的な導入計画の策定、サポート体制の構築が必要です。

3. セキュリティリスクと対策の必要性

顧客の個人情報や決済データなどの機密情報を扱うため、情報漏洩リスクとセキュリティ対策が必要になります。

クラウドベースのシステムを採用する場合、データが外部サーバーに保存されるため、サイバー攻撃や不正アクセスによる情報漏洩のリスクが高まります。強固な暗号化技術の採用、厳格なアクセス管理、多要素認証の実装、定期的なセキュリティ監査の実施など、セキュリティ対策が必要です。

サブスク決済システムおすすめ12選比較！手数料・機能・対応決済、選び方を解説

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