Web請求書システム比較16選！おすすめクラウド型・選び方や導入メリットも解説

今回はおすすめWeb請求書発行システムの比較表や選び方を解説します。
また、基本の機能や導入メリット・注意点、規模や業界別に応じたサービスの種類も解説します。

Web請求書システムとは

Web請求書システムとは、企業間取引における請求書の発行・受領・管理をすべてオンライン上で行える仕組みです。これまで紙やExcelで行っていた請求書の作成・送付・受け取り・保管などをデジタル化し、クラウド上で一元管理します。

発行企業は請求書の作成から送付までを効率化でき、受領企業は受け取った請求書の内容確認・仕訳・支払い処理をスムーズに進めることが可能です。また、電子帳簿保存法やインボイス制度にも対応しており、法令に準拠した形で電子データのやり取りと保存ができます。

Web請求書システムは「発行側システム（送る側）」と「受領側システム（受け取る側）」に大きく分けられます。

請求業務のプロセスと課題｜Web請求書の必要性

請求業務は、請求書の発行から入金確認・経理処理まで複数の担当者が関わるプロセスです。

紙やExcelでの運用では、各工程に手作業が多く、発行側・受領側の両方で非効率が発生します。

プロセス	課題→Web請求書による解決
①請求書作成・承認	【担当：発行側】 ・手入力による作成ミスや承認の遅延 ・社内での確認フローの属人化 →テンプレート化や自動承認フロー機能 入力ミス防止・承認スピード向上を実現
②請求書発行・送付	【担当：発行側】 ・印刷・封入・郵送作業の時間とコスト ・送付漏れや遅延のリスク →メール・URL発行などの電子送付機能 即日発行・自動送付が可能。郵送コストを削減
③請求書の受領・確認	【担当：受領側】 ・請求書がPDF・紙など形式バラバラ ・確認・整理に手間がかかる →受領データを自動で一元管理 金額・日付などの自動読み取りで工数削減。
④入金確認・消込処理	【担当：発行・受領側】 ・入金データとの突合が手作業でミスが起きる ・入金遅延に気づきにくい。 →入金情報を自動で照合 未入金の自動検知・消込処理を自動化。
⑤保管・経理処理	【担当：発行・受領側】 ・電子帳簿保存法・インボイス制度への対応 ・紙での保管に手間がかかる →法令対応も自動サポート。 電子データをクラウド保存。

Web請求書システムは、発行企業・受領企業の双方にメリットをもたらします。

• 発行企業側の効果：請求書発行から送付、入金管理までを自動化し、人的ミスと作業時間を削減。
• 受領企業側の効果：請求書の受取・確認・仕訳を自動化し、経理処理を効率化。
• 両方への効果：電子帳簿保存法・インボイス制度への対応を強化し、法令遵守とコスト削減を両立。

Web請求書システムのタイプと機能

Web請求書システムには、請求書を発行する企業（発行側）と受け取る企業（受領側）のどちらが利用するかによって、大きく2つのタイプがあります。

発行側では「請求書を正確かつスピーディーに作成・送付すること」、受領側では「受け取った請求書を効率的に処理・保管すること」が主な目的です。

発行側（売り手）向けWeb請求書システムの主な機能

請求書を作成し、取引先に送付する企業が利用する機能です。作成から送付、入金管理までの一連の業務を自動化・省力化できます。

機能分類	概要
1. 請求書作成・自動発行	主な機能：テンプレート作成、品目登録、自動計算 請求書をフォーマット化し、税率・金額を自動計算。 ミスのない請求書をスピーディーに発行できる。
2. 社内承認・電子送付	主な機能：承認フロー、自動メール送付、URL共有 請求書の承認後、取引先へメールやURLで送付可能。 郵送コストを削減し、発行履歴も自動保存。
3. 入金確認・消込	主な機能：入金データ連携、自動照合、未入金アラート 入金情報を自動で突合し、消込処理を効率化。 未入金の取引先を自動検知して通知できる。
4. 会計ソフト連携	主な機能：freee、マネーフォワード、弥生などと連携 データを会計ソフトに自動連携し、仕訳登録を自動化。 経理業務の工数を削減。
5. 電子保存・法令対応	主な機能：電子帳簿保存法、インボイス制度に対応 発行した請求書を法令要件に沿って電子保存。 検索や訂正履歴の管理も容易。

発行側では、これらの機能によって請求書の発行スピード向上・コスト削減・入金遅延防止が実現します。

受領側（買い手）向けWeb請求書システムの主な機能

取引先から請求書を受け取り、内容確認や支払い処理を行う企業が利用する機能です。受領データの自動集約や仕訳自動化によって、経理業務を大幅に効率化できます。

機能分類	概要
1. 請求書の自動受信・データ化	主な機能：メール連携、OCR読取、自動仕訳 受け取った請求書を自動で取り込み、金額や日付をデータ化。 形式の違いを統一して管理。
2. 請求内容の確認・承認	主な機能：ワークフロー設定、ステータス管理 支払内容を担当者間で確認・承認。 支払い漏れや二重処理を防止。
3. 支払予定・入金管理	主な機能：支払予定一覧、期日リマインド 期日管理や支払ステータスを可視化し、支払遅延を防ぐ。
4. 会計ソフト・経費精算連携	主な機能：freee、マネーフォワード、SAPなどと連携 受領データを自動仕訳・自動連携。 経理処理を効率化し、手入力を削減。
5. 電子保管・法令対応	主な機能：電子帳簿保存法、インボイス対応 受領した請求書をクラウドで安全に保管。 検索・証跡管理も容易。

受領側では、請求書の確認・支払い処理・会計連携までを自動化できるため、紙・PDFベースの処理に比べて大幅な工数削減とミス防止が可能です。

【比較表】おすすめのWeb請求書システム一覧

発行側（売り手）向けWeb請求書システムの比較表

請求書の作成・送付を効率化したい企業向けに、主要なWeb請求書システムを比較しています。

サービス名	イメージ	初期費用	月額費用	無料トライアル	請求書作成	発送代行	入金確認	入金消込	未入金管理・督促	会計ソフト連携	法対応
請求管理ロボ		問合せ	20,000円～ ※請求件数で変動	問合せ	〇	〇	〇	〇	〇	kintone、Salesforce 弥生会計、PCA会計DX MFクラウド会計など	インボイス制度対応 電子帳簿保存法
Bill One債権管理		問合せ	問合せ	✕	〇	〇	〇	〇	〇	問合せ	インボイス制度対応 電子帳簿保存法
Square請求書		0円※無料	フリー：0円※無料 プラス：3,000円	フリー：完全無料 プラス：30日間	〇	✕	〇	✕	問合せ	MFクラウド会計	問合せ
請求まるなげロボ		問合せ	問合せ ※請求数で変動	問合せ	〇	〇	〇	〇	〇	キャムマックス Salesforce	インボイス制度対応 電子帳簿保存法
Misoca		0円	0円～	1年間無料	〇	〇	〇	✕	△ （督促なし）	弥生会計 MFクラウド会計 freee会計	インボイス対応 電子帳簿保存法
マネーフォワード クラウド請求書		0円	法人向け：2,980円 個人向け：900円～	法人向け：1か月無料 個人向け：取引先3件まで無料	〇	〇	〇	〇	〇	MFクラウド会計 freee会計	インボイス制度 電子帳簿保存法
楽楽明細		100,000円	25,000円～	あり	〇	〇	〇	〇	〇	問合せ	インボイス制度 電子帳簿保存法
INVOY		0円	0円～	あり	〇	△ 別途費用発生	✕	〇	✕	弥生会計 MFクラウド会計 freee会計	インボイス制度 電子帳簿保存法

受領側（買い手）向けWeb請求書システムの比較表

取引先からの請求書をスムーズに受け取り・管理したい企業向けに、代表的なWeb請求書受領システムを比較。ペーパーレス化や経理処理の自動化を支援する機能を紹介します。

サービス名

イメージ

タイプ

初期費用

月額費用

従量課金

対象企業規模

AI-OCR

会計システム連携

郵送受領代行

メール受領代行

Webダウンロード

自社が アップロード

取引先が アップロード

オペレーター確認

仕訳自動生成

仕訳データ出力

請求管理ロボ

取引先が入力

問合せ

※料金表を ダウンロード

問合せ

全規模

問合せ

勘定奉行、freee 弥生会計、MFクラウド会計

問合せ

問合せ

問合せ

〇

〇

問合せ

〇

CSVファイル

BillOne請求書受領

受領代行＋ 請求書電子化

問合せ

資料で確認

問合せ

全規模

〇

勘定奉行、SAP、freee 弥生会計、MFクラウド会計

〇

〇

〇

〇

〇

〇

〇

CSVファイル

TOKIUMインボイス

受領代行＋ 請求書電子化

問合せ

10,000円〜

問合せ

中小〜大企業

〇

勘定奉行、SAP、freee OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇

〇

〇

ー

ー

〇

〇

CSVファイル FBデータ（全銀データ）出力

マネーフォワードクラウド債務支払

受領代行＋ 請求書電子化

0円

2,480円〜 ※年払い

支払依頼：300円（月11件以上）/件 オペレーター入力：20円/枚

小規模〜中小企業

〇

マネーフォワード会計他 API連携

ー

〇

〇

〇

〇

問合せ

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

バクラク請求書受取

受領代行＋ 請求書電子化

問合せ

問合せ

問合せ

中小〜中堅企業

〇

勘定奉行、freee OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇 ※オプション

〇

〇

〇

〇

問合せ

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

invox受取請求書

受領代行＋ 請求書電子化

0円

980円〜

オペレータ確認なし：50円/件 オペレータ確認あり：100円/件（税抜）

小規模〜中小企業

〇

勘定奉行、SAP、freee OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇 ※オプション

〇

〇

〇

ー

〇

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

freee受取請求書

請求書電子化

問合せ

19,980円〜 ※年払い

※月額費用に600枚/年含む 追加枠600枚：18,000円/年 超過従量課金50円/枚

小規模〜中小企業

〇

freee会計 その他は問合せ

ー

〇

〇

〇

〇

問合せ

〇

問合せ

BtoBプラットフォーム請求書

取引先が入力

問合せ

問合せ

通数に応じたプラン

全規模

〇

OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇 ※invoxと連携

ー

ー

〇

〇

問合せ

〇

問合せ

奉行Edge 受領請求書DXクラウド

請求書電子化

0円

13,000円〜 ※年払い

600枚/年：156,000円 1,200枚/年：312,000円 2,400枚/年：576,400円

中小〜中堅企業

〇

勘定奉行 その他は問合せ

ー

ー

ー

〇

ー

問合せ

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

スマートOCR請求書

請求書電子化

問合せ

問合せ

問合せ

中小〜中堅企業

〇

会計・銀行システム連携

ー

ー

ー

〇

ー

問合せ

問合せ

CSVファイル

Web請求書システムの5つの選び方｜比較ポイント

Web請求書システムを導入する際は、機能や価格だけでなく、自社の業務フローや取引先の対応状況に合っているかを見極めることが重要です。ここでは、導入前に確認しておきたい5つの比較ポイントを紹介します。

1. 発行・受領どちらに対応しているか

自社が請求書を発行する側（売り手）なのか、受け取る側（買い手）なのかで選ぶシステムは異なります。発行に特化したもの、受領・支払処理に対応したもの、両方に対応する一体型などがあるため、自社の利用目的に合ったタイプを選びましょう。

• 発行側のWeb請求書システム ▼
• 受領側のWeb請求書システム ▼

2. 会計ソフトや業務システムとの連携性

経理効率化のためには、会計ソフト（freee・マネーフォワード・弥生など）や販売管理システムと連携できるかが重要です。データを自動で取り込めると、手入力や仕訳作業を減らし、ミス防止と工数削減につながります。

3. 電子帳簿保存法・インボイス制度への対応

システムが電子帳簿保存法・インボイス制度に対応しているかを必ず確認しましょう。特に、改ざん防止・検索機能・タイムスタンプ付与・適格請求書対応など、法令に必要な機能が備わっているかがポイントです。

4. 操作のしやすさと導入サポート

経理担当者だけでなく、営業や総務など複数部門が使いやすい操作性も重要です。操作画面がわかりやすいか、サポート体制（導入支援・マニュアル・問い合わせ対応）が整っているかなど、社内で定着しやすいシステムかをチェックしましょう。

5. 費用と取引規模・件数のバランス

料金体系（月額費用・発行件数・ユーザー数）が自社の取引量に見合っているかを確認します。特に取引先が多い企業は、処理件数の上限や利用可能な限度額も重要です。複数のサービスを比較し、無料トライアルで実際の使い勝手を試すのがおすすめです。

【発行】おすすめのWeb請求書システム比較16選

ここでは、発行業務におすすめのWeb請求書システムを比較し、それぞれの特徴を紹介します。

【受領】おすすめのWeb請求書システム比較10選

ここでは、受領業務におすすめのWeb請求書システムを比較し、それぞれの特徴を紹介します。

サービス名

イメージ

タイプ

初期費用

月額費用

従量課金

対象企業規模

AI-OCR

会計システム連携

郵送受領代行

メール受領代行

Webダウンロード

自社が アップロード

取引先が アップロード

オペレーター確認

仕訳自動生成

仕訳データ出力

請求管理ロボ

取引先が入力

問合せ

※料金表を ダウンロード

問合せ

全規模

問合せ

勘定奉行、freee 弥生会計、MFクラウド会計

問合せ

問合せ

問合せ

〇

〇

問合せ

〇

CSVファイル

BillOne請求書受領

受領代行＋ 請求書電子化

問合せ

資料で確認

問合せ

全規模

〇

勘定奉行、SAP、freee 弥生会計、MFクラウド会計

〇

〇

〇

〇

〇

〇

〇

CSVファイル

TOKIUMインボイス

受領代行＋ 請求書電子化

問合せ

10,000円〜

問合せ

中小〜大企業

〇

勘定奉行、SAP、freee OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇

〇

〇

ー

ー

〇

〇

CSVファイル FBデータ（全銀データ）出力

マネーフォワードクラウド債務支払

受領代行＋ 請求書電子化

0円

2,480円〜 ※年払い

支払依頼：300円（月11件以上）/件 オペレーター入力：20円/枚

小規模〜中小企業

〇

マネーフォワード会計他 API連携

ー

〇

〇

〇

〇

問合せ

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

バクラク請求書受取

受領代行＋ 請求書電子化

問合せ

問合せ

問合せ

中小〜中堅企業

〇

勘定奉行、freee OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇 ※オプション

〇

〇

〇

〇

問合せ

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

invox受取請求書

受領代行＋ 請求書電子化

0円

980円〜

オペレータ確認なし：50円/件 オペレータ確認あり：100円/件（税抜）

小規模〜中小企業

〇

勘定奉行、SAP、freee OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇 ※オプション

〇

〇

〇

ー

〇

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

freee受取請求書

請求書電子化

問合せ

19,980円〜 ※年払い

※月額費用に600枚/年含む 追加枠600枚：18,000円/年 超過従量課金50円/枚

小規模〜中小企業

〇

freee会計 その他は問合せ

ー

〇

〇

〇

〇

問合せ

〇

問合せ

BtoBプラットフォーム請求書

取引先が入力

問合せ

問合せ

通数に応じたプラン

全規模

〇

OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇 ※invoxと連携

ー

ー

〇

〇

問合せ

〇

問合せ

奉行Edge 受領請求書DXクラウド

請求書電子化

0円

13,000円〜 ※年払い

600枚/年：156,000円 1,200枚/年：312,000円 2,400枚/年：576,400円

中小〜中堅企業

〇

勘定奉行 その他は問合せ

ー

ー

ー

〇

ー

問合せ

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

スマートOCR請求書

請求書電子化

問合せ

問合せ

問合せ

中小〜中堅企業

〇

会計・銀行システム連携

ー

ー

ー

〇

ー

問合せ

問合せ

CSVファイル

Web請求書の作成・送付から集金・収納業務まで代行ができるサービス比較6選

サービス名

イメージ

初期費用

月額費用

決済手数料

請求書発行費用

与信限度額

審査時間

未入金保証 （売掛金）

定期請求 サブスク

早期入金

末締め以外 個別請求書

支払い 期限延長

個人事業主

連携システム・カード

RP掛け払い

0円~ ※無料

0円~ ※無料

~3.4%

0円~ ※無料

問い合わせ

問い合わせ

〇

〇

問合せ

〇

〇

問合せ

キャムマックス Salesforce

オリコのB2B決済サービス（売掛金決済保証）

0円~

0円~14,800円

～2.50%

0円※無料

問い合わせ

問い合わせ

〇

〇

問合せ

問合せ

問合せ

〇

問合せ

請求まるなげロボ

お問合せ

請求数で変動 資料で確認する

1.0％~

0円

問い合わせ

問い合わせ

〇

〇

〇

〇

問合せ

〇

キャムマックス Salesforce

GMO掛け払い

0円※無料

0~1.4万円

0.5~3.4%

150~180円

1,000万円

~1週間

〇

〇

〇

〇

〇

〇

ebisumart

NP掛け払い

0円※無料

お問合せ

1.2~3.6％

190円

300万

企業与信：3営業日 取引与信：~2時間

〇

〇

〇

問合せ

〇

〇

Bcart/makeshop BtoB ebisumart/楽楽B2B

掛払い.com

0円※無料

お問合せ

1.2~3.6%

190円

上限なし

企業与信：当日 取引与信：即時~2時間

〇

〇

問合せ

問合せ

〇

〇

楽楽B2B

クロネコ掛け払い

0円※無料

お問合せ

2％~5％

0円

60万円

~1営業日

〇

問合せ

〇

問合せ

問合せ

〇

Bcart/ebisumart

Paid（ペイド）

0円 ※無料

0円 ※無料

0.5~3.1%

125円

1,000万円

最短即時～3営業日程度

〇

〇

〇

〇

〇

〇

Bカート/makeshop  ECBB/ebisumart   EC-CUBE/One’s Closet/EverCart

Web請求書システム導入のメリット

Web請求書システムを導入する発行側と受領側それぞれの主なメリットを紹介します。

発行側（売り手）のメリット

発行側では、請求書作成から送付・入金管理までが自動化され、業務スピードと精度が向上します。テンプレートや自動送付機能により作成・送付を効率化でき、入金データとの照合も自動で行われるため未入金の把握が容易になります。

さらに、会計ソフトと連携すれば仕訳登録まで自動化でき、経理負担の軽減と請求漏れ防止にもつながります。電子帳簿保存法やインボイス制度にも対応し、発行データを安全に保管可能です。

受領側（買い手）のメリット

受領側では、取引先から届く請求書を自動で取り込み、確認・承認・支払いまでを一元管理できます。支払予定の可視化により、支払い漏れや重複処理を防止し、経理処理を効率化できます。

また、電子保存機能で請求書をクラウド上に保管でき、検索・監査対応がスムーズになります。紙やPDFの管理が不要となり、コスト削減と電子帳簿保存など法令対応の両立が可能です。

Web請求書システム導入時の注意点・デメリット

Web請求書システムは多くの業務を効率化できますが、導入にあたってはいくつかの注意点もあります。システムの特性を理解し、自社に合った運用体制を整えることが重要です。

1. 取引先の対応状況に左右される

電子請求書のやり取りは、取引先が同様の仕組みに対応しているかが前提となります。相手先が紙やメールでの請求書を希望する場合、従来の発行方法と併用が必要になることもあります。

2. 初期設定や運用ルールの整備が必要

導入初期は、承認フロー・権限設定・フォーマット整備などの準備が必要です。特に複数部門が関わる場合、ルールを明確にしておかないと運用が混乱する恐れがあります。

3. システム利用コストが発生する

クラウド型システムでは、月額利用料や発行件数に応じた費用がかかります。ただし、郵送コストや人件費削減と比較すれば、総コストは抑えられるケースが多いです。

4. 社内教育・運用浸透に時間がかかる

新しいシステムの操作に慣れるまで、担当者の教育やマニュアル整備が必要になります。特に経理や営業部門など複数部署で利用する場合は、運用ルールを共有しておくことが重要です。

企業規模・目的別にWeb請求書システムを紹介

WEB請求書発行システム・サービスは企業規模や用途により機能が異なるため、次はWEB請求書発行システムの種類についてご紹介します。

企業規模	システム/ソフト	機能/特徴	主要システム
個人事業主 小規模法人	クラウド会計ソフト Web請求発行システム	見積/納品/請求書の作成からメール送付 入金管理・会計ソフト連携で請求業務の効率化	ROBOT PAYMENT/Squareリンク決済 STORES請求書決済 GMOイプシロン/Misoca MF請求書/freee請求書
中小企業	請求管理システム 支払管理ソフト	帳票作成・送付に加えて入金消込/外部システム連携 未払い企業への督促メール/郵送代行も可能	GMO掛け払い/RP掛け払い 請求管理ロボ/楽楽明細/board MakeLeaps /イーメイサイプロ Aladdin Office/商奉行クラウド
大手企業	入金消込システム 債権管理ソフト	入金消込/請求管理だけでなく社内DB 基幹システム（ERP/販売管理/在庫管理）とAPI連携 消込/未払金/債権管理/返済予定管理	GMO掛け払い/RP掛け払い 請求管理ロボ/Bill One/V-ONEクラウド 債権奉行クラウド/MFクラウド債権請求

個人事業主/小規模法人向け – 無料から使えるWeb請求書システム/クラウド会計ソフト

• 請求/見積/納品書までテンプレートから無料作成
• 会計ソフト・販売管理システムと自動連携
• 請求の封入・郵送代行サービスオプションもあり

Web請求書発行システムは画面上でテンプレートを活用し請求/見積書などを無料作成し、送付や消込管理が可能なクラウド型システムで無料から利用できるツールも多く個人事業主・小規模法人におすすめです。

また企業ロゴや印影を登録することで印影つきの請求書を簡単に作成することもでき、会計ソフトや販売管理システムと自動連携も可能です。

請求書の封入や郵送代行サービスもオプションとして設けられており取引顧客に応じた請求書発行に対応できます。

また Squareリンク決済やSTORES請求書決済などリンク型決済サービスでは、見積もりや請求書の作成・送付に加えて、オンライン決済や継続課金も対応しています。

中小企業向け – 与信審査~督促/明細の自動取得/請求管理システム/支払い管理ソフト

• 請求書/見積書/納品書/領収書など無料テンプレートから帳票作成
• 発行～入金管理・未入金督促など請求フロー全体の管理 
• Webサイト不要・リンク決済機能によるオンライン販売・請求管理 
• 自動継続課金でサブスク決済・定期請求に対応 
• 会計ソフト・POSレジ・CRMなど外部システム連携

請求書管理システムでは請求書だけでなく見積/納品書など帳票をテンプレートから作成が可能で、発行後の請求書の送付から入金管理/消込/未入金催促など請求フロー全体を管理することが出来ます。

加えて決済機能を有しているサービスの場合は、Webサイトがなくてもオンライン販売から請求まで行うことが出来ます。

請求管理ロボなど法人向けに強みをシステムの場合は、サブスク決済/定期請求に必要なお試し期間設定/周期や回数指定/課金日指定/従量課金など豊富な継続課金機能が備わっています。

会計ソフトやCRM/SFAなど導入している外部システムと連携することで、リアルタイムに売上確認・業務効率化・人的ミスの軽減にもつながります。

大企業向け – 支払い遅延/滞納企業の支払予定管理/債権管理&入金消込システム

• 支払い滞納・滞留債権の回収予定日の管理
• 入金管理・消込作業の自動化
• 催告書送付・債務企業との交渉・督促訴訟手続きの代行

債権管理システムは、入金管理や消込作業の自動化を行ったり、 支払い滞納債権の回収予定日の管理などを行います。

また支払い遅延や滞納が起きた場合には催告書送付や催促訴訟手続の代行も可能です。