Web請求書システム比較16選！おすすめクラウド型・選び方や導入メリットも解説

今回はWeb請求書発行システムの基本機能・導入メリットに触れ、規模や業界別に応じたサービスの分類分けをしながら比較ポイントや選び方を解説します。

後半ではおすすめの無料から使えるWeb請求書発行・作成システムを紹介します。

Web請求書システムとは

Web請求書システムとは、テンプレートを使って請求書・見積書・納品書を作成し、メール送付・郵送代行・入金消込まで行えるクラウド型の請求管理システムです。

導入する企業規模や効率化したい業務範囲によって、必要な機能や連携システムは異なります。

請求業務のプロセスと課題｜作成から入金・売上管理までの流れ

請求業務は、請求書の作成から入金確認、売上管理までいくつかのステップを経て進みます。流れを整理すると、次のようになります。

ステップ	担当者	内容
1. 請求書作成・社内承認	営業担当・承認者	発注内容をもとに請求書を作成し、社内承認を受ける
2. 請求書確定・発行	経理または営業担当	承認済みの請求書を確定し、取引先へ送付
3. 請求書受領・金額確認	取引先	受取企業が内容を確認し、支払処理を進める
4. 口座への振込・入金	取引先	振込金額を確認し、入金処理を実行
5. 入金確認・消込作業	経理担当	入金を確認し、会計ソフトやPOSと連携して消込処理を行う

このように、請求業務は「作成→承認→発行→入金→消込」という一連の流れで進みます。ただし経理部門にとっては、ここにいくつかの課題があります。

Web請求書システムの機能・使い方

Web請求書システムには、請求業務を効率化するための多彩な機能が備わっています。主な機能は以下のとおりです。

• テンプレートを使った帳票作成：請求書・見積書・納品書・領収書などを簡単に作成
• 送付方法の多様化：メール送信・PDF出力に加え、郵送代行オプションも利用可能
• 入出金データの自動取得：金融機関やクレジットカード明細と連携し、自動でデータを取得
• 消込・ステータス管理：売掛金の照合や入金消込、未入金先への自動催促メール送信に対応
• 外部システム連携：会計ソフトや販売管理システムと連携し、売上管理や決算業務を効率化

これらの機能により、請求書の作成から送付、入金確認、売上管理までを一元的に処理でき、手作業でのミスや管理の手間を大幅に削減できます。

Web請求書システムの使い方

システムの使い方はシンプルで、以下の流れで誰でも直感的に操作できるのが特徴です。

1. テンプレートを選択：システム内に用意されたテンプレートから、請求書や見積書など必要な帳票を選びます。
2. 必要事項を入力：請求元や取引先情報、金額、請求内容などを入力します。
3. 作成・保存：入力内容を確認し、請求書を作成・保存します。
4. 送付・出力：メールで送信したり、PDF出力・印刷など用途に合わせて展開できます。

また、請求書には保存期間が法律で定められており、法人は7年、個人事業主は5年の保存義務があります。システムを選ぶ際は、この保存要件に対応しているかも確認が必要です。

参考：国税庁 – No.5930 帳簿書類等の保存期間

Web請求書システム導入4つのメリット

1. 請求業務の効率化とコスト削減

請求書の作成・承認・送付から入金消込、未入金先への督促までを一気通貫で管理できます。Excelや紙での作業に比べ、データ入力や確認の手間を大幅に削減可能です。

さらに、郵送代行サービスを利用すれば印刷・封入・切手貼付といった煩雑な作業が不要になり、人件費のコスト削減にもつながります。請求書の保管もクラウド上で完結するため、物理的な保管スペースも必要ありません。

2. 法改正へのスムーズな対応

インボイス制度や電子帳簿保存法など、経理や税務に関わる法制度は年々複雑化・厳格化しています。Web請求書システムの多くは最新の法改正に即したアップデートが行われるため、ユーザー側で煩雑なルール変更への対応を個別に行う必要がありません。例えば、電子帳簿保存法に対応したデータ保存機能やインボイス制度に基づいた適格請求書の発行機能などが標準で備わっているため、法令遵守のリスクを軽減し、安心して経理業務を運用できます。

3. ヒューマンエラーの削減

請求書番号の重複や金額の誤入力、入金確認漏れなど、手作業での経理処理にはどうしても人的ミスがつきものです。特にExcelによる請求管理は、担当者の知識や経験に依存する部分が多く、属人化によるリスクが高まります。

Web請求書システムでは入力チェックや自動消込、入金状況の可視化機能によってヒューマンエラーを防止。担当者が変わっても一定の精度を保った業務が可能になり、組織として安定した経理体制を維持できます。

4. 会計ソフト連携で決算をスピードアップ

多くのWeb請求書システムは、freeeやマネーフォワード、弥生会計など主要な会計ソフトと連携できます。これにより請求データや入金情報を自動で会計システムに取り込み、二重入力や転記作業がいらなくなります。

月次決算に必要なデータをリアルタイムで集計できるため、決算処理が迅速化され、経営層は早い段階で正確な経営指標を確認できます。キャッシュフローの見える化が進むことで、経営判断のスピードアップにも直結します。

Web請求書システムのデメリット・注意点

1. 導入・運用コストが発生する

Web請求書システムは、紙の請求書より効率的ですが、初期導入費用や月額利用料がかかります。小規模企業や個人事業主では、コスト負担が業務改善効果を上回る場合もあります。また従量課金型のシステムでは、請求書の発行件数が増えるほど費用が膨らむため、利用頻度や予算に合ったサービスを選ぶことが重要です。

2. カスタマイズや機能拡張の制約がある

多くのWeb請求書システムは標準機能が充実していますが、自社の業務フローに完全に対応できないこともあります。特にクラウド型では画面デザインや機能追加に制限があるため、特殊な請求処理や業界特有のフォーマットに対応できないケースがあります。導入前に、自社の要件と照らし合わせて検討する必要があります。

3. 社内ルール整備や担当者教育が必要になる

システムを導入しても、社内の運用ルールが整っていなければ効果は半減します。承認フローや担当者の役割分担を明確にし、研修や教育を行うことが欠かせません。特に導入初期は操作ミスやトラブルが発生しやすいため、サポート体制の確認も大切です。

Web請求書システムの5つの選び方｜比較ポイント

紹介してきたように業界によって導入するWeb請求書作成・発行システムは求めれる機能が異ります。次は選び方・比較検討時のポイントを紹介していきます。

（1）用途/規模に適したツールと機能｜自社に必要な要件を整理したうえで検討に入る

紹介してきたように業界や規模によって提供されている入金管理システム・請求管理ソフトにはさまざまな種類があります。まずは自社の業界にあったツールを検討しましょう。

また企業規模が大きくなれば商品数・営業人数・管理部門も増えるため請求フローに関わる人間が、どうしても多くなってしまいます。

部門が増えれば管轄範囲も明確に区分けされるようになるため、50～100名など一定規模の企業ではツール導入による効率化の範囲を要件定義したうえで導入検討に入るようにしましょう。

ITレビュー・比較サイトなどでは比較表も設置されているため、参考にするのも良いでしょう。

（2）業務カバー範囲・機能の確認｜請求書発行/入金管理/督促/債権管理

また導入検討システムの業務のカバー範囲も併せて確認しましょう。Web請求書発行システムは規模・用途により機能や効率化できる範囲が大きく異なります。

請求書の作成だけができるものから入金管理・督促・債権管理までが可能なまでのものがあります。自社が利用したい範囲にあわせてその機能が備わっているのか否かを確認しましょう。

（3）外部システム連携｜販売管理・基幹システム・会計ソフトなどデータ連携

また外部システムとの連携も確認のポイントです。請求書作成システムでは販売管理ソフトやSNS・会計ソフトなど外部システムと連携することで業務がより効率化できます。

最低限の機能だけを導入して連携できないと結局余計な手間につながってしまう場合もあります。

そのようなことを避けるためにも、一定の顧客を抱えている・売上がある場合は自社で利用しているシステムと連携できるのか、どのようなシステムと連携できるのかを確認しましょう。

（4）セキュリティ性｜認証方式/Pマーク/PCIDSSなど認証取得/BCP対策/情シス連携

4つ目は中小～大企業の場合に要件となるセキュリティ性です。請求書の枚数が増えるだけで情報漏洩のリスクを増えます。

システムを利用するのにどのような認証機能があるのか、通信の暗号化やバックアップ機能などのセキュリティ強度を確認しましょう。また一定規模の企業では情報端末の管理を行う情報システム部門を設置しているかと思います。

経理部門だけでなく情シスと協力しながら要件定義・ツール検討を行うのが理想です。

（5）使いやすいテンプレートが豊富にあるか・無料お試しができるか

5点目はテンプレートの豊富さ・無料トライアルの有無です。サービスを利用して自社が使いやすいようなデザインのテンプレートがあるのか、また場合によって利用できるテンプレートが豊富にあるのかを確認しましょう。

またサービスを利用する前に無料トライアル・デモ利用がある場合は試験導入を行い、使用感・画面UIなど細かな部分もイメージと差分がないかチェックするのも重要です。

おすすめWeb請求書システム比較16選

サービス名	イメージ	初期費用	月額費用	無料トライアル	請求書作成	発送代行	入金確認	入金消込	未入金管理・督促	会計ソフト連携	法対応
請求管理ロボ		問合せ	20,000円～ ※請求件数で変動	問合せ	〇	〇	〇	〇	〇	kintone、Salesforce 弥生会計、PCA会計DX MFクラウド会計など	インボイス制度対応 電子帳簿保存法
Bill One債権管理		問合せ	問合せ	✕	〇	〇	〇	〇	〇	問合せ	インボイス制度対応 電子帳簿保存法
Square請求書		0円※無料	フリー：0円※無料 プラス：3,000円	フリー：完全無料 プラス：30日間	〇	✕	〇	✕	問合せ	MFクラウド会計	問合せ
請求まるなげロボ		問合せ	問合せ ※請求数で変動	問合せ	〇	〇	〇	〇	〇	キャムマックス Salesforce	インボイス制度対応 電子帳簿保存法
Misoca		0円	0円～	1年間無料	〇	〇	〇	✕	△ （督促なし）	弥生会計 MFクラウド会計 freee会計	インボイス対応 電子帳簿保存法
マネーフォワード クラウド請求書		0円	法人向け：2,980円 個人向け：900円～	法人向け：1か月無料 個人向け：取引先3件まで無料	〇	〇	〇	〇	〇	MFクラウド会計 freee会計	インボイス制度 電子帳簿保存法
楽楽明細		100,000円	25,000円～	あり	〇	〇	〇	〇	〇	問合せ	インボイス制度 電子帳簿保存法
INVOY		0円	0円～	あり	〇	△ 別途費用発生	✕	〇	✕	弥生会計 MFクラウド会計 freee会計	インボイス制度 電子帳簿保存法

Web請求書の受領ができるシステム比較10選

サービス名

イメージ

タイプ

初期費用

月額費用

従量課金

対象企業規模

AI-OCR

会計システム連携

郵送受領代行

メール受領代行

Webダウンロード

自社が アップロード

取引先が アップロード

オペレーター確認

仕訳自動生成

仕訳データ出力

請求管理ロボ

取引先が入力

問合せ

資料で確認

問合せ

全規模

問合せ

勘定奉行、freee 弥生会計、MFクラウド会計

問合せ

問合せ

問合せ

〇

〇

問合せ

〇

CSVファイル

BillOne請求書受領

受領代行＋ 請求書電子化

問合せ

資料で確認

問合せ

全規模

〇

勘定奉行、SAP、freee 弥生会計、MFクラウド会計

〇

〇

〇

〇

〇

〇

〇

CSVファイル

TOKIUMインボイス

受領代行＋ 請求書電子化

問合せ

10,000円〜

問合せ

中小〜大企業

〇

勘定奉行、SAP、freee OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇

〇

〇

ー

ー

〇

〇

CSVファイル FBデータ（全銀データ）出力

マネーフォワードクラウド債務支払

受領代行＋ 請求書電子化

0円

2,480円〜 ※年払い

支払依頼：300円（月11件以上）/件 オペレーター入力：20円/枚

小規模〜中小企業

〇

マネーフォワード会計他 API連携

ー

〇

〇

〇

〇

問合せ

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

バクラク請求書受取

受領代行＋ 請求書電子化

問合せ

問合せ

問合せ

中小〜中堅企業

〇

勘定奉行、freee OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇 ※オプション

〇

〇

〇

〇

問合せ

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

invox受取請求書

受領代行＋ 請求書電子化

0円

980円〜

オペレータ確認なし：50円/件 オペレータ確認あり：100円/件（税抜）

小規模〜中小企業

〇

勘定奉行、SAP、freee OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇 ※オプション

〇

〇

〇

ー

〇

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

freee受取請求書

請求書電子化

問合せ

19,980円〜 ※年払い

※月額費用に600枚/年含む 追加枠600枚：18,000円/年 超過従量課金50円/枚

小規模〜中小企業

〇

freee会計 その他は問合せ

ー

〇

〇

〇

〇

問合せ

〇

問合せ

BtoBプラットフォーム請求書

取引先が入力

問合せ

問合せ

通数に応じたプラン

全規模

〇

OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇 ※invoxと連携

ー

ー

〇

〇

問合せ

〇

問合せ

奉行Edge 受領請求書DXクラウド

請求書電子化

0円

13,000円〜 ※年払い

600枚/年：156,000円 1,200枚/年：312,000円 2,400枚/年：576,400円

中小〜中堅企業

〇

勘定奉行 その他は問合せ

ー

ー

ー

〇

ー

問合せ

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

スマートOCR請求書

請求書電子化

問合せ

問合せ

問合せ

中小〜中堅企業

〇

会計・銀行システム連携

ー

ー

ー

〇

ー

問合せ

問合せ

CSVファイル

Web請求書の作成・送付から集金・収納業務まで代行ができるサービス比較6選

サービス名

イメージ

初期費用

月額費用

決済手数料

請求書発行費用

与信限度額

審査時間

未入金保証 （売掛金）

定期請求 サブスク

早期入金

末締め以外 個別請求書

支払い 期限延長

個人事業主

連携カート

RP掛け払い

0円~ ※無料

0円~ ※無料

~3.4%

0円~ ※無料

問い合わせ

問い合わせ

〇

〇

問合せ

〇

〇

問合せ

キャムマックス Salesforce

Paid（ペイド）

0円 ※無料

0円 ※無料

0.5~3.1%

125円

1,000万円

最短即時～3営業日程度

〇

〇

〇

〇

〇

〇

Bカート/makeshop  ECBB/ebisumart   EC-CUBE/One’s Closet/EverCart

オリコのB2B決済サービス（売掛金決済保証）

0円~

0円~14,800円

～2.50%

0円※無料

問い合わせ

問い合わせ

〇

〇

問合せ

問合せ

問合せ

〇

問合せ

請求まるなげロボ

お問合せ

お問合せ ※請求数で変動

1.0％~

0円

問い合わせ

問い合わせ

〇

〇

〇

〇

問合せ

〇

キャムマックス Salesforce

GMO掛け払い

0円※無料

0~1.4万円

0.5~3.4%

150~180円

1,000万円

~1週間

〇

〇

〇

〇

〇

〇

ebisumart

NP掛け払い

0円※無料

お問合せ

1.2~3.6％

190円

300万

企業与信：3営業日 取引与信：~2時間

〇

〇

〇

問合せ

〇

〇

Bcart/makeshop BtoB ebisumart/楽楽B2B

掛払い.com

0円※無料

お問合せ

1.2~3.6%

190円

上限なし

企業与信：当日 取引与信：即時~2時間

〇

〇

問合せ

問合せ

〇

〇

楽楽B2B

クロネコ掛け払い

0円※無料

お問合せ

2％~5％

0円

60万円

~1営業日

〇

問合せ

〇

問合せ

問合せ

〇

Bcart/ebisumart

Web請求書システムの種類｜企業規模/目的別の管理ソフト

WEB請求書発行システム・サービスは企業規模や用途により機能が異なるため、次はWEB請求書発行システムの種類についてご紹介します。

企業規模	システム/ソフト	機能/特徴	主要システム
個人事業主 小規模法人	クラウド会計ソフト Web請求発行システム	見積/納品/請求書の作成からメール送付 入金管理・会計ソフト連携で請求業務の効率化	ROBOT PAYMENT/Squareリンク決済 STORES請求書決済 GMOイプシロン/Misoca MF請求書/freee請求書
中小企業	請求管理システム 支払管理ソフト	帳票作成・送付に加えて入金消込/外部システム連携 未払い企業への督促メール/郵送代行も可能	GMO掛け払い/RP掛け払い 請求管理ロボ/楽楽明細/board MakeLeaps /イーメイサイプロ Aladdin Office/商奉行クラウド
大手企業	入金消込システム 債権管理ソフト	入金消込/請求管理だけでなく社内DB 基幹システム（ERP/販売管理/在庫管理）とAPI連携 消込/未払金/債権管理/返済予定管理	GMO掛け払い/RP掛け払い 請求管理ロボ/Bill One/V-ONEクラウド 債権奉行クラウド/MFクラウド債権請求

個人事業主/小規模法人向け – 無料から使えるWeb請求書システム/クラウド会計ソフト

• 請求/見積/納品書までテンプレートから無料作成
• 会計ソフト・販売管理システムと自動連携
• 請求の封入・郵送代行サービスオプションもあり

Web請求書発行システムは画面上でテンプレートを活用し請求/見積書などを無料作成し、送付や消込管理が可能なクラウド型システムで無料から利用できるツールも多く個人事業主・小規模法人におすすめです。

また企業ロゴや印影を登録することで印影つきの請求書を簡単に作成することもでき、会計ソフトや販売管理システムと自動連携も可能です。

請求書の封入や郵送代行サービスもオプションとして設けられており取引顧客に応じた請求書発行に対応できます。

また Squareリンク決済やSTORES請求書決済などリンク型決済サービスでは、見積もりや請求書の作成・送付に加えて、オンライン決済や継続課金も対応しています。

中小企業向け – 与信審査~督促/明細の自動取得/請求管理システム/支払い管理ソフト

• 請求書/見積書/納品書/領収書など無料テンプレートから帳票作成
• 発行～入金管理・未入金督促など請求フロー全体の管理 
• Webサイト不要・リンク決済機能によるオンライン販売・請求管理 
• 自動継続課金でサブスク決済・定期請求に対応 
• 会計ソフト・POSレジ・CRMなど外部システム連携

請求書管理システムでは請求書だけでなく見積/納品書など帳票をテンプレートから作成が可能で、発行後の請求書の送付から入金管理/消込/未入金催促など請求フロー全体を管理することが出来ます。

加えて決済機能を有しているサービスの場合は、Webサイトがなくてもオンライン販売から請求まで行うことが出来ます。

請求管理ロボなど法人向けに強みをシステムの場合は、サブスク決済/定期請求に必要なお試し期間設定/周期や回数指定/課金日指定/従量課金など豊富な継続課金機能が備わっています。

会計ソフトやCRM/SFAなど導入している外部システムと連携することで、リアルタイムに売上確認・業務効率化・人的ミスの軽減にもつながります。

大企業向け – 支払い遅延/滞納企業の支払予定管理/債権管理&入金消込システム

• 支払い滞納・滞留債権の回収予定日の管理
• 入金管理・消込作業の自動化
• 催告書送付・債務企業との交渉・督促訴訟手続きの代行

債権管理システムは、入金管理や消込作業の自動化を行ったり、 支払い滞納債権の回収予定日の管理などを行います。

また支払い遅延や滞納が起きた場合には催告書送付や催促訴訟手続の代行も可能です。