ECサイト向けオンライン決済システム12選比較！仕組み・選び方・おすすめサービスを解説

ECサイト向けオンライン決済システムとは？基本と仕組みを解説

オンライン決済システムとは、ECサイトで商品やサービスを購入する際に、顧客が安全かつスムーズに支払いを完了できる仕組みのことです。クレジットカードやQRコード決済など、さまざまな支払い方法をまとめて処理します。ECサイト運営者にとっては、売上を確実に受け取り、顧客の信頼を得るために欠かせない基盤です。

2つの導入方法｜決済代行サービスと自社導入の違い

オンライン決済を導入する方法には、「決済代行サービスを利用する方法」と「自社で直接構築・運用する方法」の2つがあります。
両者には以下のような違いがあります。

項目	決済代行サービス	自社導入（直接契約・構築）
導入の手間	審査・契約が一括で簡単	各決済会社と個別契約が必要
対応決済手段	クレカ・QR・電子マネーなどを一括対応	必要な決済手段ごとに開発
セキュリティ対応	PCI DSSなど国際基準に準拠済み	自社で構築・維持が必要
コスト	初期・月額費用が発生するが効率的	開発・保守コストが高くなりやすい
スピード	数日〜数週間で導入可能	数ヶ月以上かかる場合が多い

多くのECサイトでは、スピード・安全性・コストバランスを重視して決済代行サービスを採用しています。
特に中小企業や個人事業主にとっては、専門知識が不要で手軽に導入できる点が魅力です。

主要な決済手段の種類（クレカ・QR・後払い・電子マネーなど）

オンライン決済システムでは、ユーザーの利便性を高めるために複数の支払い手段を組み合わせます。代表的なものは以下の通りです。

• クレジットカード決済：最も利用率が高く、主要ブランド（Visa・Mastercard・JCBなど）に対応。
• QRコード決済：PayPay、楽天ペイ、LINE Payなど。スマホで完結できる点が魅力。
• 後払い（BNPL）：Paidyやatoneなど。商品受取後に支払えるため、若年層の利用が増加中。
• 電子マネー決済：Suica、iD、楽天Edyなど。即時決済でスピーディー。
• 銀行振込・コンビニ決済：一部の顧客層に根強い人気。

多様な支払い手段を用意することが、購入率を高めるカギとなっており、ユーザーが自分に合った方法で支払える環境づくりが重要です。

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ECサイト向けオンライン決済システムを導入するメリット

ECサイトにオンライン決済システムを導入することで、購入率の向上から業務効率化、セキュリティ強化まで幅広いメリットが得られます。ここでは主な5つの効果を解説します。

1. 購入率（CVR）の向上

多様な決済手段を用意することで、「支払いたいのに対応していない」離脱を防止できます。
特にスマホユーザーの増加により、クレジットカード以外のQRコード決済や後払いニーズも拡大。
ユーザーが自分に合った支払い方法を選べる環境は、コンバージョン率（CVR）の向上に直結します。

2. カゴ落ち防止・顧客満足度アップ

支払いがスムーズで安全に感じられると、ユーザーは安心して購入を完了します。
一方、入力手順が多い・決済が途中で止まるといった体験は「カゴ落ち」の原因に。
その点、オンライン決済システムではUI最適化や決済ページの自動保存などにより、ストレスのない購入体験を提供します。
結果的に、顧客満足度とリピート率の向上につながります。

3. 売上入金・会計管理の効率化

複数の決済手段を利用していると、入金確認や帳簿管理が煩雑になりがちです。
しかし決済システムを導入すれば、すべての取引を一元管理でき、売上データや入金情報も自動で集約されます。
これにより、経理担当者の作業負担を大幅に削減し、入金ミスや確認漏れも防止できます。

4. セキュリティ対策の強化

オンライン決済は常に不正利用や情報漏えいのリスクと隣り合わせです。
そのため多くの決済システムでは、PCI DSS（国際セキュリティ基準）やトークン化技術に対応しています。
これにより、カード情報をECサイト側で保持せずに安全に処理でき、不正利用リスクを最小限に抑えることが可能です。

5. 海外販売・多通貨対応による販路拡大

越境ECを展開する場合、海外ユーザーが利用できる決済手段を提供することが重要です。
オンライン決済システムを導入すれば、多通貨決済・海外カード対応・外貨換算の自動処理が可能になり、
円以外の通貨でもスムーズに取引を完結できます。
これにより、グローバルな顧客獲得と売上拡大のチャンスが広がります。

ECサイト向けオンライン決済システムを選ぶポイント

最適な決済システムを選ぶには、費用・機能・サポート・セキュリティなどを総合的に比較することが重要です。ここでは、導入前に必ず確認しておきたい5つのポイントを解説します。

1. 手数料・初期費用・月額費用のバランス

オンライン決済サービスは、初期費用・月額費用・決済手数料の3つでコストが構成されます。
売上規模や取引量によって、固定費と変動費の最適なバランスは異なります。
たとえば、小規模ECなら初期費用ゼロ・手数料高めのプラン、中〜大規模ECなら月額固定で手数料が低いプランが有利な場合もあります。
短期的なコストだけでなく、長期的な収益性と運用コストのトータルで判断することが大切です。

2. 対応決済手段の幅広さ

クレジットカード、QRコード、後払い、電子マネーなど、自社の顧客層に合った支払い方法をカバーできるかが重要です。
たとえば、若年層が多いなら後払い・QR決済、法人取引が多いなら請求書払いなどが有効です。
複数の支払い方法をまとめて導入できるサービスを選ぶことで、購入率の向上と顧客満足度アップを両立できます。

3. 導入スピードとサポート体制

導入審査や接続作業がスムーズでないと、オープン時期に間に合わないこともあります。
そのため、導入スピードとサポート体制の充実度は重要な比較ポイントです。
導入支援マニュアルの有無、問い合わせへの対応スピード、専任担当者の有無などを確認しましょう。
特に初導入の場合は、審査が早くサポートの評判が良い事業者を選ぶと安心です。

4. セキュリティ・不正防止機能の充実度

オンライン決済では、顧客情報の保護と不正利用防止が最も重要です。
トークン化や3Dセキュア、AIによる不正検知などの対応状況を確認しましょう。
また、PCI DSSに準拠しているか、不正利用発生時の補償制度があるかも要チェックです。
信頼できる決済システムを導入することは、顧客の安心感を高めるだけでなく、自社ブランドの信用維持にも直結します。

5. 自社のECシステムと連携しやすいか

Shopify、BASE、カラーミーショップなどの主要ECカートや自社開発システムとスムーズに連携できるかは、導入の手間と運用コストを左右します。
API連携の柔軟性や、既存システムとの互換性が高いサービスを選べば、在庫・顧客データ・売上情報の自動同期が容易になります。
また、システム連携実績が豊富な事業者であれば、導入時のトラブルを最小限に抑え、運用効率を大幅に向上できます。

人気のECサイト向けオンライン決済システムおすすめ比較12選

ECサイトに導入できるオンライン決済システムは数多く存在しますが、手数料や導入スピード、対応決済手段、サポート体制などはサービスによって大きく異なります。
ここでは、2025年時点で人気の高い主要な決済サービスを厳選し、費用・機能・特徴を分かりやすく比較します。
自社の規模や販売モデルに合った決済システムを選ぶための参考にしてください。

サービス名	イメージ	初期費用	月額費用	決済手数料	対応決済	決済方式	セキュリティ	入金サイクル
VeriTrans4G （ベリトランス4G）		お問合わせ 見積をチェック	お問合わせ	業界最安水準 1～3％台 ※クレジットカード決済の場合	クレジット/コンビニ/銀行 Bank Pay/電子マネー/キャリア/ ID/銀聯ネット/Alipay（アリペイ）/ PayPal（ペイパル）/多通貨クレジット/ Apple Pay/Google Pay ベリトランス後払い	オンライン決済（都度課金・継続課金） メールリンク決済/IVR決済 オフライン決済 （端末決済・端末レス決済・マルチQRコード決済） など	PCI-DSS Ver.4.0 完全準拠 ISO/IEC27001※認証取得 ※情報セキュリティマネジメントシステム※ プライバシーマーク の継続更新 Visa Registry of Service Providers Program 国内第１号登録	お問合せ
ROBOT PAYMENT		お問合せ	お問合せ	決済：2.65%~ 口座振替：85円~	クレジット/コンビニ/銀行振込/電子マネー テイクアウト決済/キャリア/後払い/口座振込 スマホ/QRコード/寄付金/書面/電話決済	サブスク決済/事前決済 メールリンク/IVR決済	セキュリティコード/3Dセキュア Pマーク/PCI DSS トークン/SSL認証	お問合せ
Square		0円 ※無料	0円 ※無料 ※有料プランあり	決済手数料：3.6％ 決済手数料（継続課金）：3.75％ 販売手数料：0円	クレジットカード/デビットカード PayPal	リンク型/お会計リンク ECサイト連携	PCI準拠/エンドツーエンド暗号化 不正検知システム（機械学習）	三井住友銀行・みずほ銀行：翌営業日 その他の銀行：週1回（水曜締め金曜振込） ※振込手数料無料
GMOイプシロン		0円 ※無料	ビギナー：2,980円 スタンダード：5,980円 プレミアム：9,980円	ビギナー：3.6% スタンダード：2.99%~ プレミアム：2.79%~	クレジット（VISA/MasterCard/JCB/AMEX/Diners） コンビニ/後払い（GMO後払い） 代引き/PayPal/Yahoo!ウォレット等	リンク型/メールリンク型 継続課金/事前決済	PCI DSS完全準拠/カード情報非保持化 EMV 3Dセキュア（全プラン0円） セキュリティコード認証	月末締め・翌月20日入金（通常） ※早期入金サービス:翌月15日入金 ※随時入金サービス:最短3営業日(オプション)
ZEUS（ゼウス）		お問合せ	お問合せ	お問合せ	クレジットカード/コンビニ決済 銀行振込/ペイジー/口座振替 キャリア決済/電子マネー/あと払い決済	リンク型/トークン型 データ伝送（API）型/メールリンク型 継続課金/事前決済	PCI DSS準拠/EMV 3-Dセキュア セキュリティコード（CVV2/CVC2） 不正検知サービス/チャージバック保証サービス	月1回 （月末締め翌月末払い、または月末締め翌月20日払い） ※早期入金サービス有（月2回・月3回入金・オプション）
Stripe		0円 ※無料	0円 ※無料	国内カード：3.6% コンビニ決済：3.6% PayPay・LINE Pay：3.6% 銀行振込：3.6% ※事業規模に応じた割引あり	クレジットカード/デビットカード プリペイドカード/Apple Pay/Google Pay コンビニ決済/PayPay/LINE Pay/銀行振込	REST API/Checkout（構築済みフォーム） Payment Links（ノーコードリンク） モバイルSDK	PCI DSS準拠 Radar（機械学習による不正検知） 3Dセキュア/Radar for Fraud Teams	週次自動・月次自動・手動から選択可能 通常T+3営業日 ※日本では日次入金不可
SP.LINKS		お問合せ	お問合せ	お問合せ	クレカ（国際6大ブランド）/コンビニ オンラインID決済（PayPay/au PAY/d払い メルペイ/楽天ペイ/PayPal/WeChat Pay/Alipay+） QRコード/口座振替/電子マネー Google Pay/Apple Pay/Pay-easy/ネット銀行 キャリア決済/銀聯カード	リンク型/API型（トークン型） カード情報非通過型/メールリンク型	PCI DSS準拠/EMV 3Dセキュア プライバシーマーク/ISMS（ISO/IEC27001）認証 カード情報お預かりサービス/不正検知サービス 認証アシストサービス/トークン決済	お問合せ
SBペイメントサービス		お問合せ ※業種・取扱高により異なる	お問合せ ※業種・取扱高により異なる	お問合せ ※決済手数料・決済サービス利用料 トランザクション費用が発生	クレカ/QRコード決済（PayPay/楽天ペイ等） キャリア決済/コンビニ/後払い 銀行振込/電子マネー等 40ブランド以上	リンク型/API型/メールリンク型 継続課金対応	PCI DSS準拠/ISMS認証取得 EMV 3-Dセキュア（有償） AI不正検知（無償） カード情報お預かりサービス	お問合せ
ペイジェント		お問合せ	お問合せ	お問合せ	クレジットカード/コンビニ決済 銀行ネット決済/ATM決済/銀行仮想口座	リンク型/メール決済/システム連携 継続課金/事前決済	お問合せ	月1回締め（翌月9～10営業日後） ※早期入金オプション有（月2～4回締め・5～6営業日後）
fincode byGMO		0円 ※無料	0円 ※無料	カード決済：3.6% Apple Pay：3.6% Google Pay：3.6% コンビニ決済：3.0%（最低150円/件） PayPay：物販3.6%/デジタルコンテンツ9.0% 口座振替：2.0%（最低130円/件） 銀行振込：2.0%（最低130円/件） ※年間取引5億円以上は個別提案	クレジットカード Apple Pay/Google Pay コンビニ決済（PAYSLE）/PayPay 口座振替/銀行振込（バーチャル口座）	トークン型/リダイレクト型 REST API/モバイルSDK サブスクリプション機能	PCI DSS準拠/EMV 3-Dセキュア セキュリティコード カード情報完全非保持化	月2回（15日・末日締め）

ECサイトに決済システム導入前にチェックすべき注意点

オンライン決済システムの導入は、スピードやコストだけで判断してはいけません。
審査・入金条件・トラブル対応・テスト環境の有無など、事前に確認しておくべき重要なポイントがあります。ここを押さえておくことで、導入後のトラブルや運用負担を最小限に抑えられます。

1. 加盟店審査と審査期間

決済サービスを利用するには、加盟店審査を通過する必要があります。
審査では、事業内容・販売商品・サイト運営体制などがチェックされます。
特に一部商材（健康食品・中古品・サブスクなど）は審査に時間がかかることもあるため、早めの申請が安心です。
また、審査通過後に利用可能となる決済手段が異なる場合もあるため、どの支払い方法が許可されるかを事前に確認しましょう。

2. 売上入金サイクルと振込条件

決済代行サービスによって、売上入金のタイミング（即日・週次・月次）が異なります。
キャッシュフローを安定させるためには、入金サイクルと振込条件を必ず確認しておきましょう。
たとえば、即日入金対応のサービスであれば、資金繰りの柔軟性が高まります。
また、最低振込金額や振込手数料の有無も見落とさずチェックすることが大切です。

3. チャージバック・トラブル対応体制

オンライン決済では、不正利用や購入者からの返金要求（チャージバック）が発生する場合があります。
この際、どのような手順で対応されるのか、事業者側の負担がどこまで発生するのかを事前に把握しておくことが重要です。
対応マニュアルやサポート窓口の有無も確認し、万一のトラブルに迅速対応できる体制が整っているサービスを選びましょう。

ECサイト向けオンライン決済システム導入の流れ

オンライン決済システムの導入は複雑に感じるかもしれませんが、手順を理解して進めればスムーズに稼働まで到達できます。ここでは、一般的な導入プロセスと、よくある失敗を防ぐポイントを解説します。

1. 導入までの手順（申請→審査→接続→稼働）

導入の流れは主に以下の4ステップで構成されています。

1. 申請：利用したい決済サービスを選び、加盟店申請を行います。
2. 審査：事業内容・販売商品・サイト情報などが審査され、承認されると契約が進行。
3. 接続・テスト：APIや管理画面を通じて自社サイトと連携し、テスト環境で動作確認を実施。
4. 本番稼働：問題がなければ本番環境で運用を開始。実際の決済が行えるようになります。

各工程で必要な書類や設定内容はサービスによって異なるため、事前に準備リストを作成しておくとスムーズです。
また、テスト段階で不具合を洗い出すことで、本番運用後のトラブルを未然に防止できます。

2. 導入時によくある失敗と回避策

導入プロセスで多いトラブルは、審査遅延・設定ミス・サポート不足の3つです。

• 審査遅延：必要書類の不備や商材の確認不足が原因。→ 早めに申請し、不明点は事前に問い合わせる。
• 設定ミス：APIキーやWebhook設定の誤りで決済が通らないケース。→ テスト環境で十分な検証を行う。
• サポート不足：導入後の問い合わせに時間がかかる。→ 導入前にサポート体制を確認しておく。

これらを避けるには、導入支援が充実したサービスを選び、テスト運用を徹底することが最善策です。
初期段階で丁寧に進めることで、稼働後の安定運用と顧客満足度の高い決済体験を実現できます。

まとめ｜自社のECに最適なオンライン決済システムを選ぼう

オンライン決済システムは、ECサイトの売上・顧客満足度・運営効率を左右する重要な基盤です。
導入によって購入率の向上や業務効率化、セキュリティ強化といった多くのメリットが得られますが、自社の規模や販売モデルに合った選定が成功のカギになります。

費用や機能の比較だけでなく、サポート体制・入金条件・連携のしやすさなども総合的に見極めましょう。
特に初めて導入する場合は、導入支援が整っている決済代行サービスを選ぶことで、スムーズな稼働と安心運用が実現します。

もし複数サービスの中で迷った場合は、比較表や導入事例を参考にしながら、自社に最適な決済システムを選ぶのがおすすめです。
さらに、サービス提供会社の資料請求や無料相談を活用すれば、具体的な導入費用や対応範囲を把握できます。
最適な決済環境を整えることが、顧客に選ばれるECサイトへの第一歩となります。

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