決済代行会社の選び方9項目！手数料・決済方法・セキュリティの比較ポイントを解説

決済代行会社は、対応している決済方法や手数料だけで選ぶと、導入後に必要な機能が足りなかったり、入金や運用の条件が合わなかったりする場合があります。最初に自社の販売形態と必要な決済方法を決め、その条件を満たす会社だけを比較することが重要です。

選定時は、必要な決済方法、年間の総コスト、課金方式、システム連携、入金サイクル、セキュリティ、システムの安定性、導入実績、サポート体制の9項目を確認します。EC、実店舗、サブスク、BtoBでは優先する条件が異なるため、すべての会社を同じ基準で比べる必要はありません。

具体的なサービスまで確認する場合は、条件を整理した後に決済代行会社の比較記事へ進むと選定を効率化できます。

決済代行会社を選ぶ前に決める5つの条件

決済代行会社を比較する前に、自社側の条件を決めます。先に条件を固定すると、対応サービスだけを比較できるため、料金や機能の違いを判断しやすくなります。

最初に決める条件	確認内容
販売形態	EC・Webサービス、実店舗、BtoBなど、どの取引で決済を使うか
課金方式	都度課金、月額・年額の継続課金、従量課金など、どの方法で請求するか
必要な決済方法	クレジットカード、口座振替、コンビニ、後払い、銀行振込など、顧客が利用する支払い方法
必須機能	ECカート連携、API、請求管理、入金消込、再決済、不正利用対策など、運用上外せない機能
取引規模	月間決済額、月間件数、平均購入単価を整理し、料金試算の前提をそろえる

決済代行の仕組みや、決済機関との個別契約との違いから確認する場合は、決済代行とは何かを解説した記事をご確認ください。

決済代行会社を選ぶ手順

選定は、条件整理から見積もりまでを順番に進めます。料金から先に比較すると、必要な決済方法や機能が不足したサービスまで候補に残るため、最初に必須条件で絞ることが重要です。

条件を決めた後は、決済代行会社ランキング・比較で料金や対応決済を確認すると、候補を具体化できます。

決済代行会社を選ぶ9つのポイント

ここからは、決済代行会社を比較するときに確認する9項目を解説します。すべてを同じ優先度で見るのではなく、自社の販売形態と運用条件に関係する項目を重視します。

1．必要な決済方法

最初に、顧客が実際に使う決済方法へ対応しているかを確認します。決済方法は多ければよいわけではありません。利用頻度の低い決済まで追加すると、管理項目や契約条件が増える場合があります。

2025年の国内キャッシュレス決済比率は58.0％で、キャッシュレス決済額162.7兆円のうちクレジットカードが82.7％を占めました。BtoCのECやWebサービスではクレジットカードを中心に検討し、顧客層に応じてコンビニ決済、後払い、ID決済などを追加します。BtoBや会費回収では、銀行振込や口座振替が重要になる場合があります。

クレジットカードを中心に比較する場合はクレジットカード決済代行会社の比較、コンビニ払いはコンビニ決済の比較、後払いは後払い決済サービスの比較をご確認ください。

出典：経済産業省「2025年のキャッシュレス決済比率を算出しました」

2．年間の総コスト

料金は決済手数料だけでは判断できません。初期費用、月額費用、決済手数料、トランザクション費用、振込手数料、オプション料金を含めた年間の総コストで比較します。

年間総コストの考え方　初期費用 ＋ 月額費用×12か月 ＋ 決済手数料 ＋ トランザクション費用 ＋ 振込手数料 ＋ オプション料金

月間決済額が小さい事業では月額固定費の影響が大きく、決済額が大きい事業では手数料率の差が年間コストへ大きく反映されます。複数社の見積もりでは、月間決済額、件数、平均単価、決済方法を同じ条件にそろえます。

3．課金方式と必要な管理機能

都度販売と、毎月料金を回収する事業では必要な機能が異なります。ECの商品販売なら通常の都度決済が中心ですが、SaaS、オンラインスクール、ジム、会員制サービス、定期通販では継続課金への対応が必要です。

継続課金では、月額・年額などの課金周期、料金変更、決済失敗時の再決済、カード情報の更新、未払い管理まで確認します。BtoBでは、請求書発行、与信、入金消込、督促などの管理機能が重要です。

サブスクの決済を検討する場合はサブスク決済システムの比較、月額・従量課金など課金方式を詳しく比較する場合は継続課金システムの比較をご確認ください。

4．ECカート・会計・基幹システムとの連携

既存のECカート、会計ソフト、販売管理、CRM、基幹システムと連携できるかを確認します。連携方法によって開発工数と運用負担が変わるため、API開発が必要なのか、標準連携やプラグインで導入できるのかまで確認します。

ECサイトを構築せずにオンライン決済を受け付ける場合は、決済URLをメール、SMS、SNSなどで送るリンク決済も選択肢です。

オンライン決済全般はオンライン決済システムの比較、URLを発行して支払いを受け付ける場合はリンク決済サービスの比較をご確認ください。

5．入金サイクルと振込条件

売上が発生してから自社口座へ入金されるまでの期間を確認します。仕入れや人件費の支払いが先行する事業では、入金サイクルが資金繰りへ直接影響します。

「最短何日」だけで判断せず、締め日、実際の入金日、月何回入金されるか、振込手数料、早期入金オプションの料金まで確認します。キャッシュフローに余裕がある企業では、入金の早さだけでなく、決済手数料や必要機能とのバランスで判断します。

6．セキュリティと不正利用対策

オンラインでクレジットカード決済を導入する場合は、セキュリティ要件を必ず確認します。決済代行会社側の対策だけでなく、加盟店側で実施する対策もあるため、「決済代行会社へ任せれば完了」とは考えません。

2026年3月に公表されたクレジットカード・セキュリティガイドライン6.1版を踏まえ、ECではEMV 3-Dセキュア、Webサイトの脆弱性対策、不正ログイン対策などへの対応状況を確認します。あわせて、カード情報の非保持化・非通過化、トークン決済、PCI DSSへの対応状況、不正検知機能なども比較します。

日本クレジット協会によると、2025年のクレジットカード不正利用被害額は510.5億円でした。前年から減少したものの、依然として高い水準のため、ECでは料金だけでなく不正利用対策を重要条件に入れます。

出典：日本クレジット協会「クレジットカード・セキュリティガイドライン6.1版」
出典：日本クレジット協会「クレジットカード不正利用被害の発生状況」

7．システムの安定性

決済システムが停止すると、ECでは注文を完了できず、実店舗では会計できない時間が発生します。24時間稼働するサービスや決済件数が多い事業では、システムの安定性を独立した比較項目として確認します。

公式の障害情報、メンテナンス時間、冗長化、バックアップ、障害時の連絡方法を確認し、必要に応じてSLAや稼働率も確認します。

8．同業種・同規模での導入実績

導入社数だけではなく、自社と同じ業種、販売形態、取引規模での導入実績を確認します。同業種での実績がある会社は、その業界で必要になる決済方法、課金方式、審査、運用要件を把握している可能性があります。

ECならECカートや不正利用対策、サブスクなら継続課金、BtoBなら請求・与信など、自社と同じ条件での事例を確認します。

9．導入前後のサポート体制

導入前は加盟店審査、初期設定、システム接続、決済テストの支援範囲を確認します。導入後は、決済エラー、返金、チャージバック、入金確認、障害が発生した場合の問い合わせ先と受付時間を確認します。

電話、メール、チャットなど連絡方法だけでなく、緊急時にどこまで対応してもらえるかを確認し、自社の運用時間とサポート時間が合っているかで判断します。

利用シーン別に重視する選定ポイント

さきほどの9項目すべてを同じ優先度で確認する必要はありません。販売形態ごとに、特に重要な条件で選定しましょう。

利用シーン	特に重視する項目	主な比較先
EC・Webサービス	対応決済、EC連携、3Dセキュア、不正利用対策、安定性	オンライン決済、クレジットカード、後払い
実店舗	対応ブランド、決済端末、決済手数料、入金サイクル、POS連携	キャッシュレス決済端末
サブスク・月謝・会費	継続課金、再決済、カード情報更新、口座振替、未払い管理	サブスク決済、継続課金、口座振替
BtoB	銀行振込、口座振替、掛け払い、請求書、与信、入金消込、督促	BtoB決済代行、後払い

EC・Webサービス

ECでは、顧客が利用する決済方法に加えて、ECカートとの接続方法、EMV 3-Dセキュア、不正利用対策、決済システムの安定性を重視します。定期購入を扱う場合は継続課金も必須条件です。

EC向けの決済をまとめて確認する場合はオンライン決済システムの比較、カード決済を詳しく比較する場合はクレジットカード決済代行会社の比較をご確認ください。

実店舗

実店舗では、オンライン向けの決済代行だけでなく、カード、電子マネー、QRコードを受け付ける決済端末を比較します。対応ブランド、端末代、決済手数料、入金サイクル、POSレジ連携を確認します。

店舗へキャッシュレス決済を導入する場合は決済端末・キャッシュレス端末の比較をご確認ください。

サブスク・月謝・会費

サブスク、スクール、ジム、会員制サービスでは、毎月自動で請求できるだけでなく、決済失敗時の再決済、料金変更、カード情報更新、未払い管理まで確認します。クレジットカード以外の回収手段として口座振替も有効です。

定期課金サービスはサブスク決済システムの比較、銀行口座から自動回収する場合は口座振替サービスの比較をご確認ください。

BtoB取引

BtoBでは、決済方法だけでなく、請求書発行、与信、入金消込、督促、未回収保証など、請求から回収までの業務範囲を確認します。掛け払いを使う場合は、保証範囲、与信限度額、入金サイクルも重要です。

法人間取引ではBtoB決済代行サービスの比較をご確認ください。後払い型のサービスまで比較する場合は後払い決済サービスの比較も参考になります。

目的別の決済代行サービス比較記事

選定条件が決まったら、該当する比較記事で料金とサービスを確認します。決済方法や用途ごとに比較することで、不要なサービスまで検討する必要がなくなります。

目的	確認する比較記事
決済代行会社をまとめて比較	決済代行会社ランキング・おすすめ比較
クレジットカード中心	クレジットカード決済代行会社の比較
オンライン決済全般	オンライン決済システムの比較
サブスク・定期課金	サブスク決済システムの比較
月額・従量などの継続課金	継続課金システムの比較
BtoB・掛け払い	BtoB決済代行サービスの比較
口座から毎月自動回収	口座振替サービスの比較
EC・役務・BtoBの後払い	後払い決済サービスの比較
コンビニ払い	コンビニ決済の比較
URLで決済を受け付ける	リンク決済サービスの比較
実店舗のキャッシュレス決済	決済端末・キャッシュレス端末の比較

まとめ

決済代行会社は、料金だけで選ばず、自社の販売形態から必要な条件を決めて比較します。必要な決済方法、年間の総コスト、課金方式、システム連携、入金サイクル、セキュリティ、安定性、導入実績、サポート体制の9項目を確認します。

EC、実店舗、サブスク、BtoBでは重視する条件が異なるため、最初に必須条件で候補を限定し、その後に同じ取引条件で見積もりを取得する方法が効率的です。

具体的なサービスを選ぶ段階では、決済代行会社ランキング・おすすめ比較から、条件を満たす会社の料金や機能をご確認ください。