請求書発行システム比較24選！おすすめサービスとメリット・デメリット、選び方を解説

請求書発行システムとは

請求書発行システムとは、請求書の作成・発行・送付などを自動化し、請求業務を効率化するシステムです。
取引先情報や金額を入力するだけで請求書をテンプレート化し、メール送信や郵送代行まで一括で行えるサービスもあります。
また、会計ソフトや販売管理システムとのデータ連携できるサービスの場合は、二重入力や記載ミスを防ぎ、入金管理や消込処理まで自動化が可能です。

紙の請求書を使っていた従来の手作業を削減し、経理担当者の負担軽減・業務スピード向上・法令対応を実現します。

請求書発行システムの主な機能

請求書発行システムの主な機能は次の通りです。

機能	概要
請求書の作成	必要項目を埋めるだけでテンプレートや フォーマットに沿った請求書を作成できます
各種帳票の作成	発注書や見積書など、請求書以外の各種帳票も 作成できるサービスが多いです
テンプレート	各種帳票のテンプレートを作成・管理できます 取引先ごとにテンプレートを作成したり、印影をつけたりできるサービスも
送信・郵送代行	電子請求書を電子メールやシステム上で送信できます PDFでダウンロードできる、印刷して郵送代行してくれるサービスも
データ連携	会計ソフトやCRM／SFAなどと連携し 各種システムのデータを電子請求書サービスに反映させられます
入金管理	入金データを取り込み、入金消込を自動化できます

請求書発行システムの2つの種類｜便利なのはクラウド型

請求書発行システムには、「クラウド型（SaaS）」と「オンプレミス型（インストール型）」の2種類があります。
それぞれの特徴を理解して、自社の運用体制に合った形態を選びましょう。

項目	クラウド型 （SaaS）	オンプレミス型 （インストール型）
導入形態	ブラウザ経由で利用 （Web上で動作）	自社PCやサーバーに インストールして利用
初期費用	無料または低コスト	購入費が高め
料金形態	月額制 （サブスクリプション）	買い切り制 （1回購入）
アップデート対応	提供会社が自動で実施	新バージョンのシステムを 購入し直す必要あり
利用環境	インターネット接続があればどこでも可	導入した端末でのみ利用可
法改正対応	自動対応 （電子帳簿保存法・インボイス制度など）	対応バージョンを 別途購入・更新が必要
おすすめの企業	中小企業 スタートアップ リモート対応企業	閉じたネットワークで 運用したい企業

クラウド型（SaaS）｜サブスクで導入簡単＆常に最新環境

クラウド型は、インターネットを通じてブラウザ上で利用するタイプです。PCやタブレットから時間や場所を問わずアクセス可能で、リモートワークや複数拠点での運用にも適しています。

料金は月額制（サブスクリプション）が一般的で、初期費用が安価または無料のサービスも多く、導入のハードルが低いのが特徴です。さらに、アップデートや法改正対応は提供会社が自動で実施するため、常に最新環境で利用できます。

利便性・柔軟性・法令対応力の高さから、現在はクラウド型が主流です。

オンプレミス型（インストール型）｜買い切り制だが更新負担が大きい

オンプレミス型は、自社のサーバーやPCにソフトウェアをインストールして利用するタイプです。買い切り制で長期利用ができる一方、法改正や機能追加の際は新しいシステムを購入し直す必要があります。

また、利用できる端末が限られるため、リモートワークや外出先での運用には不向きです。保守や更新の手間・コストを考えると、現在はクラウド型のほうが現実的でおす

請求書発行システムを導入する5つのメリット

請求書発行システムは、従来の紙やExcelでの請求処理を脱却し、経理業務を効率化したい企業にとって欠かせないツールです。
ここでは導入によって得られる主なメリットを5つ紹介します。

1. 請求業務の効率化

請求書の作成から送付までをシステム上で完結できるため、作業の手間と時間を大幅に削減できます。
取引先情報や金額を入力するだけで自動的に請求書を作成でき、テンプレート管理機能により複数取引先への対応も容易です。
また、メール送付や郵送代行まで対応するサービスを利用すれば、手作業による印刷・封入・発送といった工程も不要になります。

2. 入力ミスや転記ミスの防止

請求書発行システムでは、データの自動反映や入力補助機能によってヒューマンエラーを減らせます。
販売管理システムや会計ソフトと連携できるものも多く、取引内容や金額を二重に入力する必要がありません。
これにより、記載ミスや転記ミスを防ぎ、正確な請求処理を継続的に行うことが可能になります。

3. コスト削減とペーパーレス化の推進

紙の請求書では印刷・郵送・保管などにコストがかかりますが、電子発行に切り替えることで印刷費や郵送費の削減が可能です。
また、紙の請求書を電子化することで保管スペースも不要になり、バックオフィスのペーパーレス化を促進できます。
これにより、経理担当者の事務作業が減り、より付加価値の高い業務に時間を割けるようになります。

4. 入金・消込処理の自動化

請求書発行システムの多くは、入金データの取り込みや自動照合機能を備えています。
銀行口座の入金情報と請求データを突き合わせ、入金状況を自動更新できるため、確認作業や消込処理を効率化できます。
これにより、入金漏れや消込ミスを防ぎ、資金管理の精度向上にもつながります。

5. 法令対応と内部統制の強化

電子帳簿保存法やインボイス制度などの法令対応機能を備えたシステムを導入すれば、法改正時の運用負担を軽減できます。
また、承認フローや権限管理機能により、請求書の作成・承認・送付プロセスを明確化でき、不正防止や監査対応にも有効です。
データの履歴が自動で残るため、社内統制の強化にもつながります。

請求書発行システムの選び方｜5つの比較ポイント

自社に合った請求書発行システムを選ぶことで、その費用対効果は大きくなるでしょう。請求書発行システムの選定ポイントを紹介します。

1. 自社の課題を明確にする

請求書発行システムを選ぶ前に、まず自社の課題や改善したい業務を整理しましょう。
「請求書作成に時間がかかる」「郵送作業が負担」「入金消込を自動化したい」など、課題を明確にすることで必要な機能が見えてきます。

2. 必要な機能を洗い出す

請求書発行システムには、テンプレート作成・自動送信・郵送代行・入金管理・会計連携など多くの機能があります。
自社業務のどの部分を効率化したいかを基準に、機能の過不足がないサービスを選びましょう。

3. 料金プランとコスト構造を比較する

料金プランは、月額固定型・従量課金型・ユーザー単位型などサービスによって異なります。
発行件数や利用人数に応じて費用が変わるため、長期利用を想定してトータルコストを比較することが重要です。

4. 会計ソフト・販売管理システムとの連携を確認する

請求書発行システムは単体で使うよりも、会計・販売管理システムと連携させることで効率が大幅に向上します。
freee、マネーフォワード、弥生、勘定奉行など、既存システムとデータ連携できるかを事前に確認しましょう。

5. 電子帳簿保存法・インボイス制度対応をチェックする

法改正が進む中で、電子帳簿保存法やインボイス制度への対応状況は最重要項目です。
適格請求書（インボイス）の発行や電子保存要件を満たすシステムを選ぶことで、将来的なリスクや再導入コストを防げます。

おすすめ請求書発行システム比較24選｜初期/月額費用・機能の比較表

サービス名	イメージ	初期費用	月額費用	無料トライアル	請求書作成	発送代行	入金確認	入金消込	未入金管理・督促	会計ソフト連携	法対応
請求管理ロボ		問合せ	20,000円～ ※請求件数で変動	問合せ	〇	〇	〇	〇	〇	kintone、Salesforce 弥生会計、PCA会計DX MFクラウド会計など	インボイス制度対応 電子帳簿保存法
Bill One債権管理		問合せ	問合せ	✕	〇	〇	〇	〇	〇	問合せ	インボイス制度対応 電子帳簿保存法
Square請求書		0円※無料	フリー：0円※無料 プラス：3,000円	フリー：完全無料 プラス：30日間	〇	✕	〇	✕	問合せ	MFクラウド会計	問合せ
請求まるなげロボ		問合せ	問合せ ※請求数で変動	問合せ	〇	〇	〇	〇	〇	キャムマックス Salesforce	インボイス制度対応 電子帳簿保存法
Misoca		0円	0円～	1年間無料	〇	〇	〇	✕	△ （督促なし）	弥生会計 MFクラウド会計 freee会計	インボイス対応 電子帳簿保存法
マネーフォワード クラウド請求書		0円	法人向け：2,980円 個人向け：900円～	法人向け：1か月無料 個人向け：取引先3件まで無料	〇	〇	〇	〇	〇	MFクラウド会計 freee会計	インボイス制度 電子帳簿保存法
楽楽明細		100,000円	25,000円～	あり	〇	〇	〇	〇	〇	問合せ	インボイス制度 電子帳簿保存法
INVOY		0円	0円～	あり	〇	△ 別途費用発生	✕	〇	✕	弥生会計 MFクラウド会計 freee会計	インボイス制度 電子帳簿保存法

請求書発行システム導入時の3つの注意点・デメリット

1. 月額料金がかかり続ける

多くの請求書発行システムはサブスクリプション（月額課金）制で提供されています。
導入費用は抑えられても、利用を続ける限りランニングコストが発生します。
また、ユーザー数や発行件数が増えると料金も上がることがあるため、長期的なコストを見積もって導入判断を行うことが重要です。

2. 従業員がシステムに慣れるまで時間がかかる

新しいシステムを導入すると、操作に慣れるまで一時的に業務効率が下がる可能性があります。
特に経理担当者や営業部門など複数部署が関わる場合、操作フローを統一しないと混乱を招くことも。
ただし、最近のクラウド型システムは直感的な操作設計が多く、短期間での定着が可能です。社内マニュアルを整備しておくとスムーズです。

3. 取引先が紙の請求書を希望する場合がある

電子化を進めても、紙の請求書を求める取引先は依然として存在します。
完全電子化が難しい場合、電子と紙が混在して管理が煩雑になる恐れがあります。
ただし、郵送代行機能やPDF出力機能を持つシステムを選べば、紙請求書にも柔軟に対応でき、スムーズに移行が進められます。

請求書発行システムが導入される背景

請求書発行システムが導入される背景には、2023年10月に開始されるインボイス制度があります。インボイス管理サービス「Bill One」を提供するSansan株式会社は、請求書の電子化に関するアンケートを実施し、企業の関心の高さを可視化しました。

出典：「請求書に関する業務の実態調査2021」を実施。経理以外でも 82%が請求書の処理で出社している実態が判明 │ Sansan株式会社

このグラフからは電子インボイスへの対応に前向きな企業が全体の半数を超えていることを示しています。

出典：「請求書に関する業務の実態調査2021」を実施。経理以外でも 82%が請求書の処理で出社している実態が判明 │ Sansan株式会社

こちらの図は請求書を1枚処理するのにどれだけの時間がかかっているのかを示したものです。この調査では「1ヵ月の請求書の平均受領枚数は96.1枚であること」も明らかになっており、単純計算で毎月平均84時間ほどが請求書の処理にかかっていることになります。

企業規模が大きくなるほど、経営者は請求書の処理や発行などの決済業務の効率化を意識するようです。そのための1つの手段が請求書発行システムの導入といえます。

ExcelやWordで作った請求書はダメなのか？

ExcelやWordでも電子請求書は作れます。これらのソフトで作った請求書をPDFにして電子メールで送付したり、印刷して郵送したりしている会社も多いでしょう。

もちろん、ExcelやWordで作った請求書がダメということはありません。

ただ、これらのソフトに比べ、請求書発行システムは請求書の作成や管理が簡単です。画面上の項目を穴埋めしていくだけで、フォーマットに沿ったきれいな請求書が作れます。

請求の内訳に単価と数量を入れるだけで項目ごとの小計が自動入力され、消費税や源泉徴収などの金額も指定した条件に沿って計算されるため、従業員が計算をする必要もありません。

詳しくは後述しますが、これらの機能は効率化と人的ミス防止につながります。ExcelやWordで作った請求書がダメというわけではありませんが、発行システムを使う方がいろいろと便利なのは間違いないでしょう。

自社に合った請求書発行システムで効率化と電子化を進めよう

自社の請求業務の課題を見つめなおし、機能や請求書の発行数に過不足がないシステム・プランを探します。発行システムでも受領システムでも、既存の会計システムとの連携は重要です。

ただ、サービスの公式HPだけではどれが自社に合っているかわからないかもしれません。気になるサービスは資料請求や問い合わせ、可能であれば無料トライアルなどをしてみて、自社との相性を見極めましょう。