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Shopify向け在庫管理システムおすすめ12選!実店舗・EC・倉庫連携を比較

最終更新日:

Shopifyでは標準機能でも在庫を管理できますが、既存POSとの連携、複数EC・モールの在庫同期、自社倉庫の作業管理、複数倉庫・外部物流まで管理対象が広がると、標準機能だけでは不足する場合があります。Shopifyと連携できる在庫管理システム12選を、実店舗、複数EC・モール、自社倉庫の作業管理、複数倉庫・外部物流の4つに分け、料金や機能、Shopifyとの連携範囲を比較します。

この記事でわかること
  • Shopify標準の在庫管理で足りるケースと外部システムが必要なケース
  • 実店舗・複数EC・倉庫など運用形態ごとの在庫管理システムの選び方
  • Shopify向け在庫管理システム12選の料金・機能・連携範囲の違い
目次
Shopify向け在庫管理システムとは?標準機能で足りる?
Shopify標準機能で管理できること
外部の在庫管理システムが必要なケース
Shopify向け在庫管理システムは運用形態で選ぶ
Shopify向け在庫管理システムの比較ポイント
Shopify向け在庫管理システムおすすめ12選を比較
Shopifyと実店舗の在庫を一元管理したい企業におすすめ3選
スマレジEC・一元管理
POS+ retail
パワクラ
Shopifyと複数EC・モールの在庫を一元管理したい企業におすすめ4選
GoQSystem
TEMPOSTAR
助ネコ EC管理システム
ネクストエンジン
Shopifyと自社倉庫の作業を効率化したい企業におすすめ2選
ロジクラ
mylogi
Shopifyと複数倉庫・外部物流を一元管理したい企業におすすめ3選
コマースロボ
ロジザードZERO
LOGILESS
Shopify向け在庫管理システムの導入・移行ポイント
商品コード・SKU・在庫マスターを統一する
在庫同期・返品・キャンセルのルールを決める
担当者の権限と社内ルールを設定する
テスト運用後に本番移行する
まとめ
よくある質問
Shopifyの標準機能だけで在庫管理できますか?
Shopifyと実店舗の在庫は一元管理できますか?
ShopifyとAmazon・楽天市場の在庫は連携できますか?
Shopifyで複数倉庫・外部倉庫の在庫を管理できますか?
Shopifyの在庫連携はリアルタイムで反映されますか?
Shopify向け在庫管理システムの料金はいくらですか?
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Shopify向け在庫管理システムとは?標準機能で足りる?

Shopifyには在庫管理機能が標準搭載されているため、すべての事業者が外部システムを導入する必要はありません。商品数や販売拠点が限られ、Shopify内で受注から出荷まで管理できているなら標準機能で十分です。一方、既存POSとの連携、複数EC・モールの在庫同期、ピッキングや検品など倉庫現場の作業管理、外部倉庫を含む物流管理まで必要なら、外部の在庫管理システムを検討します。

Shopify標準機能で管理できること

Shopifyでは商品やバリエーションごとの在庫数を追跡し、管理画面から数量を調整できます。在庫の変更履歴も記録されるため、いつ、どのように在庫数が変わったか確認できます。

さらに、倉庫や小売店などをロケーションとして登録し、拠点ごとに在庫を分けて管理することも可能です。ロケーションごとの在庫追跡や注文のフルフィルメントにも対応しており、Shopify POSを利用する場合は店舗販売に応じて該当店舗の在庫数も更新されます。

Shopify標準機能で対応できること主な内容
在庫追跡商品・バリエーションごとの在庫数を管理
在庫調整管理画面から在庫数量を変更
在庫履歴在庫数の変更履歴を確認
ロケーション管理店舗・倉庫など拠点別に在庫を管理
在庫転送・フルフィルメントロケーション間の在庫移動や注文処理を管理

Shopify単独で販売し、店舗・倉庫を含めた運用もShopify内で完結している場合は、まず標準機能を利用するのが合理的です。外部システムを追加すると費用だけでなく、商品データや在庫情報を二重に管理する負担も増えるためです。

外部の在庫管理システムが必要なケース

Shopify自体も外部システムから在庫情報を同期する運用に対応しています。Shopify以外の販売チャネルや既存POSとの連携、倉庫現場の作業管理まで求められる段階が、外部システムを検討する目安です。

次章では、自社の運用形態から必要な在庫管理システムを絞り込みます。

Shopify向け在庫管理システムは運用形態で選ぶ

Shopify向け在庫管理システムは、機能数の多さではなく、実店舗・販売チャネル・倉庫をどのように運用しているかで候補を絞るのが基本です。実店舗との在庫連携が必要な企業と、Amazonや楽天市場を含めて管理する企業では、必要なシステムが異なります。まずは自社の運用形態から該当するサービスを確認します。

運用形態よくある課題必要な管理範囲該当サービス
Shopify+実店舗・ECと店舗で在庫が分かれている
・複数店舗の在庫確認に手間がかかる
・既存POSとShopifyを連携したい
Shopify・実店舗の在庫連携、
POS、店舗別在庫、
棚卸、店舗間在庫移動
スマレジEC・一元管理
POS+ retail
パワクラ
Shopify+複数EC・モール・Amazonや楽天市場など販路ごとに在庫を更新している
・受注・商品情報が分散している
複数チャネルの在庫同期、
商品管理、受注管理、
出荷管理
GoQSystem
TEMPOSTAR
助ネコEC管理システム
ネクストエンジン
Shopify+自社倉庫の作業管理・SKUや出荷件数が増え、
入荷・棚卸・ピッキング・検品
などの倉庫作業に負担がかかっている
入荷、棚卸、ロケーション管理、
ピッキング、検品、
梱包、出荷
ロジクラ
mylogi
Shopify+複数倉庫・外部物流・複数倉庫の在庫が分散している
・外部倉庫や3PLを含めた物流管理が複雑になっている
複数倉庫の在庫、
ロケーション、
入出荷、受注、
物流連携
コマースロボ
ロジザードZERO
LOGILESS

最初に自社の運用形態を特定すれば、12サービスすべてを細かく調べる必要はありません。該当する2〜4サービスまで絞り、その中から在庫連携の範囲や料金、外部システムとの連携などを比較して選びます。

Shopify向け在庫管理システムの比較ポイント

運用形態から候補を絞ったら、次はShopifyとの連携範囲、管理できる業務、料金、拡張性を比較します。サービスによって在庫同期の方法や対応するEC・モール、倉庫・POSとの連携範囲が異なるため、機能数ではなく自社運用に必要な項目を満たしているかで判断します。

比較ポイント確認する内容特に重視する企業
Shopifyとの在庫連携商品・SKU・在庫数の連携範囲、
双方向連携の可否、更新頻度、
連携エラー時の処理
在庫差異や売り越しを減らしたい企業
対応EC・モールAmazon、楽天市場、
Yahoo!ショッピングなど
現在利用している販売チャネル
への対応
Shopify以外にも複数のEC・モールを運営する企業
受注・倉庫・出荷管理受注取込、入荷、棚卸、
ピッキング、検品、出荷、
返品まで管理できる範囲
SKU数や受注・出荷件数が多い企業
実店舗・POS連携店舗別在庫、POS、
店舗間在庫移動、
ECと店舗の在庫共有への対応
Shopifyと実店舗を並行運営する企業
倉庫・物流連携複数倉庫、WMS、外部倉庫、
3PLとの連携範囲
複数倉庫や外部物流を利用する企業
料金初期費用、月額料金、
受注・出荷件数による従量料金、
店舗・倉庫・連携先の追加料金
総コストを抑えたい企業
拡張性SKU数、受注件数、店舗数、
倉庫数、販売チャネルが増えた場合の対応
EC事業や店舗数の拡大を予定している企業
サポート初期設定、データ移行、
連携設定、運用開始後
の問い合わせ対応
導入・移行を自社だけで進めるのが難しい企業

特に重要なのは、現在の運用だけでなく、今後追加する販売チャネルや店舗・倉庫まで含めて比較することです。短期間で再度システムを変更することがないよう、必要な連携先と管理範囲を先に整理しておきます。

Shopify向け在庫管理システムおすすめ12選を比較

Shopify向け在庫管理システム12サービスを、運用形態、Shopify連携、管理範囲、料金を中心に比較します。実店舗との在庫統合を重視するサービス、多店舗ECの一元管理に強いサービス、倉庫作業や物流管理までカバーするサービスでは役割が異なります。まず自社の運用形態に該当するサービスを確認し、その中から必要な機能と費用を比較します。

サービス主な運用形態Shopify連携主な管理範囲料金の目安無料利用
スマレジEC・一元管理実店舗+ECAPI連携在庫、受注、顧客、
複数EC、実店舗
月額10,000円~1カ月無料
POS+ retail実店舗+EC外部サービス連携
(詳細要確認)
POS、店舗在庫、入出荷、
棚卸、複数店舗
要問い合わせ問い合わせ
パワクラ実店舗+ECNEXT ENGINE経由POS、店舗在庫、棚卸、
発注、仕入、店舗間移動
プレミアム月額13,050円~/店舗
+EC連携費用
問い合わせ
GoQSystem複数EC・モール対応在庫、受注、商品、出荷受注・在庫連携管理
月額29,800円
20日間無料
TEMPOSTAR複数EC・モール対応在庫、受注、商品、複数倉庫スターター月額1,650円
スタンダード月額11,000円~
スタンダード以上30日間無料
助ネコEC管理システム複数EC・モールAPI連携在庫、受注、商品、発注在庫管理単体
月額21,000円
30日間無料
ネクストエンジン複数EC・モールAPI連携在庫、受注、商品、出荷、
外部システム連携
月額3,000円~
+従量課金
30日間無料
ロジクラ自社倉庫の作業管理API連携在庫、入荷、棚卸、
ピッキング、出荷
Lite 年契約月額12,800円~
+Shopifyなどの連携機能月額10,000円
14日間無料
mylogi自社倉庫の作業管理API連携在庫、受注、入出荷、複数倉庫Basic 月額15,000円~デモあり
コマースロボ複数倉庫・物流カート連携OMS、WMS、在庫、
受注、出荷、発注
月額5,000円
※500件超は従量課金
問い合わせ
ロジザードZERO複数倉庫・物流Shopifyアプリ・API連携WMS、在庫、ロケーション、
入出荷、複数倉庫
問い合わせ問い合わせ
LOGILESS複数倉庫・物流API連携OMS、WMS、在庫、
受注、出荷
月額20,000円~
+従量課金
30日間無料

Shopifyと実店舗の在庫を一元管理したい企業におすすめ3選

スマレジEC・一元管理

スマレジEC・一元管理

自社EC・モールの受注と在庫をまとめるEC一元管理

  • 自社ECとモールを一元管理
  • 受注・在庫・顧客情報を統合
  • 実店舗との連携まで拡張可能

サービス概要・特徴
スマレジEC・一元管理は、Shopifyを含むECの受注・在庫とスマレジPOSの店舗情報を連携できるEC一元管理システムです。ShopifyとはAPIで受注・在庫を連携でき、スマレジと組み合わせることでECと実店舗を横断した管理が可能です。

導入後のメリット
自社ECとモールごとに分かれていた受注確認や在庫管理を一つにまとめられます。販売チャネルを追加しても管理画面を増やさず、顧客情報まで共通化できます。

おすすめの企業

  • ShopifyとスマレジPOSを併用する企業
  • 受注・在庫・顧客情報をまとめる企業
  • 将来は実店舗との在庫統合も進める企業

注意点
倉庫連携や分析など一部はオプションです。必要な機能を追加した場合の料金まで確認します。

料金プラン

プラン月額料金主な内容
受注機能/在庫管理10,000円/月〜受注・在庫の基本機能
各種オプション要問い合わせ倉庫連携・分析・顧客施策など
受注機能と在庫管理を月額10,000円から利用できます。

POS+ retail

POS+retail

多店舗の販売・在庫を本部から一元管理

  • 小売業特化の在庫管理
  • 複数店舗を本部で一元管理
  • スマホによる棚卸しにも対応

POS+ retailは、小売業に特化したクラウドPOSです。入出荷、棚卸し、ロス管理、在庫アラートに対応し、店舗ごとの在庫数や入荷情報を本部から一元管理できます。在庫変動や月次在庫高、在庫回転率の分析にも対応。Shopifyや会計システムとの外部連携、スマホ在庫管理など、店舗拡大に合わせて機能を追加できます。

導入後のメリット
各店舗で発生する販売・入出荷・棚卸しを一つの仕組みに集約できます。多店舗の在庫状況を本部で確認しながら、店舗ごとの在庫調整や発注判断を行えることが強みです。

おすすめの企業

  • 複数のアパレル店舗を展開する企業
  • 本部から店舗在庫を一括管理する企業
  • 店舗スタッフの棚卸し作業まで効率化する企業

注意点
公式サイト上ではPOS+ retail本体の料金が公開されていません。POS端末、在庫管理、オプション機能、サポートを含む構成で見積もりを確認する必要があります。Shopifyとの外部サービス連携には対応していますが、在庫を含む連携対象データや同期範囲は導入前に確認が必要です。

料金プラン

プラン料金
POS+ retail問い合わせ

パワクラ

パワクラ

実店舗・EC・倉庫の在庫を一元管理する小売向けPOS

  • 店舗・EC在庫を自動連携
  • 複数店舗・倉庫の在庫を一元管理
  • EC注文を店舗のPOSへ自動連携

サービス概要・特徴
パワクラは、小売店向けのクラウドPOSを中心に、実店舗・EC・倉庫の在庫を一元管理できるシステムです。店舗販売や仕入れによる在庫変動をECへ反映でき、複数拠点の在庫を合計してECの販売在庫として活用できます。店舗とECの在庫を統合したオムニチャネル運営に強い点が特徴です

導入後のメリット
店舗とECで分かれていた在庫を共有し、店舗販売後のEC在庫更新を自動化できます。EC注文を店舗へ連携して商品を取り置く運用にも対応し、売り越しや店舗在庫の販売機会損失を減らせます。

おすすめの企業

  • 実店舗とECを両方運営する小売企業
  • 複数店舗の在庫をEC販売にも活用する企業
  • 店舗受取や店舗出荷を含むOMOを進める企業

注意点
EC在庫連携にはプレミアムプランとEC連携オプションが必要です。Shopifyとの在庫連携はNEXT ENGINE経由です。パワクラのプレミアムプランとEC連携オプションに加え、NEXT ENGINEの契約が必要です。

料金プラン

プラン月額料金主な内容
スタンダード5,250円〜/店舗POSレジ、クラウド分析、商品登録5万点、顧客管理
プレミアム13,050円〜/店舗POSレジ、クラウド分析、商品登録5万点、在庫管理
EC連携オプション問い合わせEC在庫更新、EC受注連携
※EC在庫連携にはプレミアムプランおよびEC連携オプションが必要です。連携方法によって別途在庫連動サービスの契約が必要です。

Shopifyと複数EC・モールの在庫を一元管理したい企業におすすめ4選

GoQSystem

GoQSystem

受注件数が増えても定額で運用できるEC一元管理

  • 有料プランは受注件数無制限
  • 在庫・商品管理を段階追加
  • 出荷・物流機能も充実

サービス概要・特徴
GoQSystemは、複数ECの受注、在庫、商品、出荷、売上などを一元管理するクラウドシステムです。有料プランは受注件数が増えても基本料金が定額で、必要な管理範囲に応じてプランを選べます。注文量が増えてもシステム料金を予測しやすい料金体系が特徴です。

導入後のメリット
複数ECからの注文確認、在庫更新、送り状発行などをまとめられます。注文量の増加に伴って手作業が膨らむ運用から、自動処理を中心とした運用へ切り替えられます。

おすすめの企業

  • 月間受注件数が多いEC事業者
  • 複数モールの在庫を自動連携する企業
  • 商品登録まで一元化する企業

注意点
在庫連携は受注・在庫連携管理プラン以上が必要です。API利用など、一部の機能は追加オプションとなります。

料金プラン

無料プランからエンタープライズまで段階的に用意されています。

プラン初期費用月額費用主な内容
フリープラン0円0円月100受注などの上限あり
受注管理30,000円15,000円/月受注管理
受注・在庫連携管理40,000円29,800円/月受注+在庫連携
受注・商品・在庫連携管理50,000円44,800円/月商品管理まで一元化
エンタープライズプラン要相談200,000円/月〜店舗独自の業務フローや要望に
合わせてシステムをカスタマイズできる

公式サイトURL:https://goqsystem.com/

TEMPOSTAR

TEMPOSTAR

EC運用の変更に対応できる拡張性の高い一元管理

  • 受注・在庫・商品を統合
  • 複数倉庫連携に対応
  • カスタマイズプランあり

サービス概要・特徴
TEMPOSTARは、複数ネットショップの受注・在庫・商品情報を一元管理するEC管理システムです。セット商品や商品ページの一括編集、複数倉庫連携などを備え、標準機能で収まらない場合はカスタマイズプランも用意されています。EC事業の拡大や独自運用への拡張性を重視したサービスです。

導入後のメリット
店舗ごとに分かれていた受注・在庫・商品更新をまとめられます。販売チャネルや商品数が増えた後も、同じ管理基盤を中心にEC運営を構築できます。

おすすめの企業

  • 複数モールと自社ECを運営する企業
  • 商品ページを複数ECへ展開する企業
  • 将来的なカスタマイズを想定する企業

注意点
スタンダードプランは受注件数などによって料金が変動します。スタータープランには店舗数・商品数・受注件数の上限があります。Shopifyでは受注・在庫連携に対応しますが、商品情報の連携はカスタマイズ対応です。またShopify Liteは連携対象外です。

料金プラン

スターター、スタンダード、カスタマイズの3種類が用意されています。

プラン月額費用主な内容
スターター1,650円/月(税込)200受注、2店舗、2,000商品まで
スタンダード11,000円/月(税込)〜機能制限なし、電話サポート
カスタマイズ問い合わせ個別カスタマイズ

公式サイトURL:https://commerce-star.com/

助ネコ EC管理システム

助ネコEC管理システム

必要なEC管理機能だけを組み合わせて導入

  • 在庫管理だけでも契約可能
  • 受注・発注管理を後から追加
  • Shopifyなど自社ECにも対応

サービス概要・特徴
助ネコ EC管理システムは、受注管理、在庫管理、商品登録、発注管理を必要な機能ごとに契約できるEC管理システムです。自社ECの在庫管理から導入し、販売チャネルや受注件数の増加に合わせて管理範囲を広げられます。最初から多機能なシステムを導入せず、必要な業務から段階的にシステム化できる点が特徴です。

導入後のメリット
手作業で行っていた在庫更新や受注確認を必要な範囲からシステム化できます。EC事業の拡大後は、複数モールの受注・在庫管理まで同じサービス内で追加できます。

おすすめの企業

  • 自社ECの在庫管理からシステム化する企業
  • 必要な機能だけ選んで導入する企業
  • 今後モール出店や受注増加を予定する企業

注意点
受注、在庫、商品登録などが別契約のため、複数機能を組み合わせる場合は合計料金で比較する必要があります。Shopifyは受注・在庫のAPI連携に対応していますが、商品登録は連携対象外です。

料金プラン

在庫管理は単体契約と受注管理との併用で料金が異なります。

プラン月額費用主な内容
受注管理Lite2,100円/月(税別)月100件までを含む
従量課金:20円(税別)/件(101件~)
※最大18,000円 (税別)
受注管理ベーシック42,000円/月(税別)月5,000件までを含む
精算金:15円(税別)/件 (5,001件~)
受注管理Plus84,000円/月(税別)月8,000件までを含む
精算金:5円(税別)/件 (8,001件~)
在庫管理 単体21,000円/月(税別)登録件数無制限
在庫管理 併用15,750円/月(税別)受注管理ベーシック版または受注管理Plus版と一緒に契約する場合
商品登録Sプラン10,500円/月(税別)商品登録点数1,000点まで含む
商品登録Mプラン15,750円/月(税別)商品登録点数5,000点まで含む
従量課金:1円(税別)/点(5,001点~)

公式サイトURL:https://www.sukeneko.com/

ネクストエンジン

ネクストエンジン

多数のモール・カートを受注から出荷まで一元化

  • 主要ECとの連携先が豊富
  • 在庫を最短5分で連携
  • アプリで機能を拡張可能

サービス概要・特徴
ネクストエンジンは、楽天市場、Amazon、Yahoo!ショッピング、Shopifyなど複数ECの受注・在庫・商品・出荷業務を一元管理するシステムです。在庫の自動連携に加え、受注処理や出荷通知も自動化できます。アプリやAPIによって標準機能を拡張できる点も特徴です。

導入後のメリット
各モールへ個別にログインして受注確認や在庫更新を行う作業を減らせます。注文から出荷通知までの定型処理も自動化でき、複数店舗を一つの運用フローへ統合できます。

おすすめの企業

  • 楽天市場・Amazonなど複数モールを運営
  • Shopifyとモールを併用するEC事業者
  • 今後販売チャネルを増やす企業

注意点
受注件数に応じた従量課金です。有料アプリや契約1年経過後の年間保守費用も含めて総コストを確認する必要があります。

料金プラン

基本料金には月200件までの受注が含まれ、201件目以降は受注件数ごとの従量課金です。

プラン月額費用主な内容
基本料金3,000円/月受注200件まで
※初期費用0円

受注件数201件以上は基本料金に加えて下記の料金が追加されます。

従量課金制月間受注件数
1件ごとの単価
201~400件35円
401~1,000件30円
1,001~3,000件25円
3,001~5,000件20円
5,001~7,000件15円
7,001~10,000件10円
10,001件~5円

公式サイトURL:https://next-engine.net/

Shopifyと自社倉庫の作業を効率化したい企業におすすめ2選

ロジクラ

ロジクラ

スマホを活用して倉庫の在庫・出荷を管理

  • スマホで入荷・出荷検品
  • ロケーション管理に対応
  • Shopify・OMSと連携

サービス概要・特徴
ロジクラは、入荷、在庫、棚卸、ピッキング、出荷などを管理するクラウド型の在庫・倉庫管理システムです。スマートフォンをハンディ端末として利用でき、Premiumではロット・ロケーション・拠点間入出荷にも対応します。EC一元管理より倉庫現場の在庫精度と出荷業務を重視するサービスです。

導入後のメリット
紙やExcelを中心とした入出荷作業をシステム化し、商品・拠点・保管場所ごとの在庫を共有できます。ピッキングや検品まで一連の倉庫業務を標準化できます。

おすすめの企業

  • 自社倉庫からEC商品を出荷する企業
  • スマホを使って検品・棚卸を行う企業
  • 複数拠点の在庫を管理する企業

注意点
Shopifyとは直接API連携できます。一方、Shopify以外の複数EC・モールまで受注を一元管理する場合は、ネクストエンジンやCROSS MALLなどOMSとの連携も検討します。

料金プラン

LiteとPremiumがあり、年契約と月契約で料金が異なります。

プラン月額費用主な内容
Lite12,800円/月
(年契約の月額換算)
300件/月出荷(※)、1拠点、基本在庫管理
※301件から25円/出荷1件
Premium40,000円/月
(年契約の月額換算)
2,000件/月出荷(※)、2拠点、基本在庫管理、ロット・ロケーション管理、拠点間入出荷、オンライン面談サポート
※2,001件から10円/出荷1件、5,001件から5円/出荷1件、50,001件から2円/出荷1件
Enterprise問い合わせ個別カスタマイズ

※税別。OMS/POS連携は月額10,000円追加。導入時のサポート費用と、本契約から1年経過後は年間保守費用30,000円が発生します。

公式サイトURL:https://logikura.jp/

mylogi

mylogi

ECと倉庫を直接つなぐクラウド在庫・物流管理

  • ECカートと直接API連携
  • 2倉庫から管理できる
  • 商品マスタ数は無制限

サービス概要・特徴
mylogiは、EC事業者向けに設計された在庫・物流管理システムです。入荷、在庫、出荷、棚卸などの倉庫業務を管理でき、Shopify、makeshop、futureshop、楽天市場、Amazon、Yahoo!ショッピングなどとも連携します。EC受注と倉庫在庫を一つのシステムでつなげられる点が特徴です。

導入後のメリット
ECから注文データを取り込み、倉庫側の在庫・出荷情報と連携できます。受注情報の転記や倉庫への出荷指示など、ECと物流の間で発生していた手作業を削減できます。

おすすめの企業

  • Shopifyなど自社ECと自社倉庫を運営する企業
  • EC受注と倉庫在庫を一元化する企業
  • 複数倉庫への拡大を予定している企業

注意点
BasicではAPI連携1サイト、倉庫2拠点までです。ECサイトや倉庫を増やす場合はStandard以上や追加オプションの費用を確認する必要があります。

料金プラン

料金は初期費用0円で、利用する倉庫数や出荷件数によってプランが分かれます。

プラン月額費用主な内容
Basic15,000円/月300件出荷(※)、2倉庫、API連携1サイト、
※月額料金に300件までの出荷を含む。301件から30円/件
Standard30,000円/月1,000件出荷(※)、3倉庫、API連携2サイト
※月額料金に1,000件までの出荷を含む。1,001件から20円/件
Premium60,000円/月出荷・倉庫・ユーザー数無制限、API連携 2サイト以上は応相談

公式サイトURL:https://system.mylogi.jp/

Shopifyと複数倉庫・外部物流を一元管理したい企業におすすめ3選

コマースロボ

コマースロボ

OMS・WMS・RPAでEC物流を自動化

  • OMSとWMSを標準搭載
  • RPAで受注処理を自動化
  • 発注管理まで一体化可能

サービス概要・特徴
コマースロボは、OMSとWMSを一体化したEC業務自動化システムです。受注データの変換や受注処理をRPAで自動化し、そのまま内蔵WMSへ出荷指示を送れます。受注、在庫、倉庫、発注まで一つのシステムで管理できる点が特徴です。

導入後のメリット
受注内容の確認やデータ加工、倉庫への出荷指示を自動化できます。EC担当者が注文ごとに処理条件を判断する工程を減らし、出荷量が増えても標準化された運用を構築できます。

おすすめの企業

  • EC受注処理の自動化を進める企業
  • OMSとWMSを一本化する企業
  • 発注管理まで含めて物流を統合する企業

注意点
月額基本料金に出荷件数による従量料金が加算されます。大量出荷では月間出荷件数を使って総コストを算出する必要があります。

料金プラン

プラン月額料金主な内容
スターター5,000円/月月間出荷500件まで
OMS(受注管理)
WMS(在庫管理/倉庫管理)
在庫連携
カート連携
モール連携
EOS(発注管理)
カスタマーサポート
自動出荷プラン10,000円/月+従量OMS(受注管理)
WMS(在庫管理/倉庫管理)
在庫連携
カート連携
モール連携
カスタマーサポート
SCMプラン30,000円/月+従量OMS(受注管理)
WMS(在庫管理/倉庫管理)
在庫連携
カート連携
モール連携
EOS(発注管理)
カスタマーサポート
従量料金5〜20円/出荷月間出荷件数で単価変動
自動出荷プランとSCMプランがあり、500件超から従量課金が発生します。

公式サイトURL:https://www.commerce-robo.com/

ロジザードZERO

ロジザードZERO

複数倉庫の在庫・入出荷を管理するクラウドWMS

  • Shopifyと商品・受注・出荷実績・在庫を自動連携
  • 複数倉庫・ロケーション単位で在庫を管理
  • 入荷・棚卸・ピッキング・検品・出荷まで対応

サービス概要・特徴
ロジザードZEROは、倉庫内の在庫・入出荷を管理するクラウド型WMSです。入荷、棚移動、在庫照会、棚卸、ピッキング、検品、出荷まで倉庫業務を一元管理でき、自社倉庫と委託倉庫など複数拠点の在庫管理にも対応しています。2025年12月末時点でロジザードのサービスは1,900を超える物流現場で稼働しており、導入後は365日の電話・メールサポートを利用できます。

Shopifyとは専用アプリとロジザードZERO-LINKを介して連携します。Shopifyの商品情報・注文情報をロジザードZEROへ取り込み、倉庫で出荷が完了すると送り状番号を含む出荷実績をShopifyへ反映できます。倉庫内の入出荷で変動した在庫数もShopifyへ最短10分間隔で差分連携できます。

導入後のメリット
Shopifyの受注情報と倉庫の実在庫を連携することで、EC担当者が倉庫へ出荷データを渡したり、出荷後の在庫数を手動でShopifyへ反映したりする工程を削減できます。商品単位だけでなくロケーション単位でも在庫を確認でき、入荷・出荷の進捗もステータス別に把握できます。複数倉庫を利用しながら、Shopify上の販売在庫と倉庫側の実在庫を連動させる企業で強みがあります。

おすすめの企業

  • Shopifyの商品を複数の自社倉庫・委託倉庫から出荷する企業
  • 入荷・棚卸・ピッキング・検品・出荷までWMSで管理する企業
  • Shopifyと倉庫側の在庫・出荷実績を自動連携する企業

注意点
Shopifyアプリ自体は無料でインストールできますが、ロジザードZEROとロジザードZERO-LINKの契約・利用料金が別途必要です。Shopify上の複数ロケーションとの連携には対応しておらず、Shopify側では1つのロケーションを選択します。ロジザードZERO側で複数倉庫を管理する場合も、この仕様を踏まえた連携設計が必要です。また、ロジザードZEROは料金を一律公開しておらず、初期費用・月額費用・オプションを運用内容に応じて見積もる方式です。2026年10月1日以降に発行される新規見積書から価格体系の改定も予定されています。

料金プラン

ロジザードZEROは、倉庫数や利用機能、システム連携などをもとに個別見積もりとなります。

料金項目料金主な内容
初期費用問い合わせソフトウェアライセンス
導入支援
その他オプション
月額費用問い合わせソフトウェア利用料
サポート利用料
その他オプション
Shopify連携アプリ無料インストール商品、注文、出荷実績、在庫情報を連携
ロジザードZERO-LINK問い合わせShopifyとの自動連携に利用

公式サイトURL:https://www.logizard-zero.com/

LOGILESS

LOGILESS

自社EC・モールの受注から倉庫出荷まで自動化

  • 複数ECの受注を一元化
  • OMS・WMSを一体で提供
  • 倉庫への出荷指示まで自動化

サービス概要・特徴
LOGILESSは、自社ECやモールから受注データを取り込み、在庫引当から倉庫への出荷指示まで連動するEC自動出荷システムです。OMSとWMSを一体で備えているため、販売チャネルの一元管理だけで終わらず、その後の倉庫・出荷業務まで同じ仕組みで自動化できる点が他のEC一元管理サービスとの大きな違いです。

導入後のメリット
自社ECとモールから入る注文をまとめ、倉庫への出荷指示まで連続して処理できます。販売チャネルごとの受注確認と、EC担当者から物流担当者への手作業による出荷依頼を削減できます。

おすすめの企業

  • 自社ECとモールを併用する企業
  • EC一元管理と物流自動化を同時に進める企業
  • 受注・出荷件数が増えているEC事業者

注意点
基本料金に加えて出荷件数による従量料金があります。複数倉庫やPOS連携などはオプション料金も確認します。

料金プラン

プラン月額費用主な内容
ライトプラン20,000円/月1倉庫、月300出荷まで
スタンダードプラン25,000円/月1倉庫、月500出荷まで、電話サポート
従量料金2〜25円/出荷月間出荷件数で単価変動

公式サイトURL:https://www.logiless.com/

Shopify向け在庫管理システムの導入・移行ポイント

Shopify向け在庫管理システムは、契約後すぐに本番運用へ切り替えるのではなく、商品データ、在庫情報、運用ルールを事前に統一してから移行することが重要です。特にShopify、実店舗、ECモール、倉庫で同じ商品を扱う場合は、SKUや在庫数の基準がずれると、導入後も在庫差異が残ります。

商品コード・SKU・在庫マスターを統一する

最初に、Shopifyと在庫管理システムで使用する商品コードやSKUを統一します。同じ商品でもシステムごとに異なるコードを登録していると、在庫連携時に別商品として認識される原因になります。

あわせて、Shopify、POS、WMS、在庫管理システムのどこを在庫情報の基準にするか決めます。複数のシステムで在庫数を個別に修正する運用は避け、在庫マスターとなるシステムを1つに定めるのが基本です。

在庫同期・返品・キャンセルのルールを決める

在庫連携では、通常注文だけでなく、返品やキャンセル時の処理まで決めておく必要があります。販売チャネルによって在庫を戻すタイミングが異なると、システム上の在庫と実在庫に差が生じます。

特に以下の処理は事前に統一します。

  • 注文確定時に在庫を減らすタイミング
  • キャンセル時に在庫を戻す条件
  • 返品・交換商品の在庫計上方法
  • 予約販売や取り寄せ商品の在庫処理
  • 連携エラー発生時の手動修正方法

例外処理まで含めてルール化しておくことが、導入後の在庫差異を防ぐポイントです。

担当者の権限と社内ルールを設定する

EC担当者、店舗スタッフ、倉庫担当者など複数の担当者がシステムを操作する場合は、業務ごとに権限を分けます。在庫調整や商品情報の変更まで全員が操作できる状態では、誤操作が発生した際に原因を追えません。

在庫調整、商品登録、受注処理、出荷処理などの担当範囲を明確にし、必要な権限だけを付与します。あわせて操作手順や在庫修正時のルールを社内で統一し、担当者が変わっても同じ運用を継続できる状態にします。

テスト運用後に本番移行する

本番移行前には、一部の商品や注文を使って連携テストを行います。商品情報が正しく連携されるかだけでなく、受注から在庫更新、出荷、キャンセル、返品まで一連の処理を確認します。

本番移行日にはShopifyと旧システムの在庫更新を同時に行わず、どの時点の在庫数を新システムへ移行するかを決めます。移行後も一定期間は在庫差異や連携エラーを確認し、問題がなければ通常運用へ切り替えます。

まとめ

Shopifyは標準機能でも在庫管理できますが、既存POSや複数EC・モールとの在庫連携、自社倉庫の作業管理、複数倉庫・外部物流まで管理する場合は、外部システムが必要になるケースがあります。

選定では、まずShopify+実店舗、Shopify+複数EC・モール、Shopify+自社倉庫の作業管理、Shopify+複数倉庫・外部物流のどれに該当するかを確認します。そのうえで、Shopifyとの在庫連携、対応チャネル、管理できる業務、外部連携、料金、拡張性を比較すれば、自社に必要なサービスを絞れます。

特に重要なのは、現在の在庫管理だけで判断しないことです。今後の店舗数や販売チャネル、SKU数、倉庫数まで考慮し、事業拡大後も継続して利用できる在庫管理システムを選ぶことが重要です。

よくある質問

Shopifyの標準機能だけで在庫管理できますか?

Shopifyと実店舗の在庫は一元管理できますか?

ShopifyとAmazon・楽天市場の在庫は連携できますか?

Shopifyで複数倉庫・外部倉庫の在庫を管理できますか?

Shopifyの在庫連携はリアルタイムで反映されますか?

Shopify向け在庫管理システムの料金はいくらですか?

この記事の著者

OREND運営事務局|店舗DXの専門家集団

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「OREND」は飲食店や小売業界・ネットショップに関する業界トレンドを図解・解説しながらツール紹介を行う専門メディアです。 キャッシュレス決済や予約管理システム・ネットショップ作成ソフトなど、店舗の効率化やECサイトの立ち上げに必要なツールの仕組みや機能・トレンド背景を解説します。
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