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EC向け在庫管理システムおすすめ16選を比較!運用状況別の選び方・料金・機能を解説

EC向け在庫管理システムは、複数のECサイトやモールの在庫を一元管理し、受注に合わせた在庫更新や出荷業務を効率化できるシステムです。ただし、必要な機能は販売チャネルや店舗・倉庫の有無、物流体制によって異なります。自社の運用状況に該当するサービスを絞り、在庫連携、対応EC、受注・出荷管理、料金などを比較して選ぶことが重要です。

この記事でわかること
  • EC向け在庫管理システムの選び方
  • 運用状況別におすすめのサービス
  • 主要16サービスの機能・料金・連携内容の違い
目次
EC向け在庫管理システムで重要なこと
運用状況別にEC向け在庫管理システムを選ぶ
EC向け在庫管理システムを比較するポイント
【比較表】EC向け在庫管理システムおすすめ16選
自社ECを中心に運営する企業におすすめのサービス3選
mylogi
ロジクラ
助ネコ EC管理システム
自社ECとモールを併用する企業におすすめの在庫管理システム7選
スマレジEC・一元管理
LOGILESS
ネクストエンジン
CROSS MALL
TEMPOSTAR
GoQSystem
Crossma
ECと実店舗を運営する企業におすすめの在庫管理システム3選
パワクラ
スマレジEC・一元管理
CROSS MALL
Amazon・楽天市場など複数のECを運営する企業におすすめの在庫管理システム10選
タテンポガイド
まとまるEC店長
通販する蔵
速販UX
助ネコ EC管理システム
ネクストエンジン
CROSS MALL
TEMPOSTAR
GoQSystem
Crossma
受注から出荷まで一体で管理する企業におすすめの在庫管理システム5選
コマースロボ
LOGILESS
ネクストエンジン
GoQSystem
mylogi
複数倉庫・外部倉庫を利用する企業におすすめの在庫管理システム5選
LOGILESS
コマースロボ
mylogi
ロジクラ
TEMPOSTAR
EC向け在庫管理システムの導入・乗り換え手順と注意点
商品・SKU・販売チャネル・倉庫のデータを整理する
ECモール・カート・倉庫との連携方法を決める
在庫・受注データの移行方法と切り替え日を決める
在庫更新・キャンセル・返品の運用ルールを統一する
導入後は在庫差異と連携エラーを確認する
まとめ
よくある質問
Amazon・楽天市場・Yahoo!ショッピングの在庫を一元管理できる?
Shopifyなど自社ECとモールの在庫は連携できる?
EC向け在庫管理システムと受注管理システム・WMSの違いは?
実店舗とECの在庫も一元管理できる?
Excelでの在庫管理からシステムへ切り替える目安は?
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EC向け在庫管理システムで重要なこと

ECの在庫管理では、在庫数を記録するだけでなく、販売チャネル・受注・出荷・倉庫まで在庫情報を連動させることが重要です。特に押さえておくべきポイントは次の4つです。

重要なこと内容
複数のECサイト・モールの
在庫を一元管理
– Amazon・楽天市場・Yahoo!ショッピング・自社ECなど
の在庫を一元化
– 在庫数のズレや更新漏れを防止
注文に合わせて在庫を自動連携– 注文発生後に各販売チャネルの在庫数を自動更新
売り越し・欠品を防ぐため、更新頻度も重要
受注・出荷・キャンセル・返品
まで連動
– 注文時の在庫引当- 出荷確定後の在庫更新
– キャンセル・返品時の在庫戻し
倉庫や実店舗を含めて在庫を把握– 自社倉庫・外部倉庫・実店舗の在庫を一元管理
拠点ごとの在庫数と保管場所を把握

必要な機能は、販売チャネルや倉庫、実店舗の有無によって変わります。機能数の多さではなく、自社の運用状況に対応できるかを基準に選ぶことが重要です。

運用状況別にEC向け在庫管理システムを選ぶ

EC向け在庫管理システムは、販売チャネルと物流体制から選ぶと整理できます。自社ECだけを運営する場合と複数モールを運営する場合では必要な機能が異なり、倉庫業務まで管理する場合はOMSやWMSへの対応も重要です。まず自社の運用状況を確認し、必要な機能と該当するサービスを絞り込みます。

運用状況主な課題重視する機能該当サービス
自社ECを中心に運営– 手作業による在庫更新
– 受注と在庫管理の分散
– 出荷作業の負担
– 在庫管理
– 受注管理
– ECカート連携
– 料金
mylogi
ロジクラ
助ネコ EC管理システム
自社ECとモールを併用– 自社ECとモールで管理が分散
– 商品・在庫・受注情報の二重管理
– 販売チャネル追加への対応
– 自社ECカート連携
– モール連携
– 在庫一元管理
– 拡張性
スマレジEC・一元管理
LOGILESS
ネクストエンジン
CROSS MALL
TEMPOSTAR
GoQSystem
Crossma
ECと実店舗を運営– ECと店舗で在庫が分断
– 店舗在庫とEC在庫の二重管理
– 販売可能在庫の把握
POS・店舗在庫連携
– SKU単位の在庫管理
– EC・店舗の在庫統合
パワクラ
スマレジEC・一元管理
CROSS MALL
Amazon・楽天市場など複数のECを運営– チャネルごとの在庫差異
– 売り越し
– 受注処理の分散
在庫自動連携
– 受注一元管理
– 対応モール・カート
– 商品管理
タテンポガイド
まとまるEC店長
通販する蔵
速販UX
助ネコ EC管理システム
ネクストエンジン
CROSS MALL
TEMPOSTAR
GoQSystem
Crossma
受注から出荷まで一体で管理– 出荷指示の手作業
– 在庫引当の負担
– 受注増加による物流業務の複雑化
– OMS
– WMS
– 自動在庫引当
– ピッキング・検品・出荷連携
コマースロボLOGILESS
mylogi
ネクストエンジン
GoQSystem
複数倉庫・外部倉庫を利用– 拠点ごとの在庫把握
– 倉庫ごとの出荷指示
– 在庫の所在管理
複数倉庫管理
– 倉庫別在庫
– ロケーション管理
– WMS・3PL連携
LOGILESS
コマースロボ
mylogi
ロジクラ
TEMPOSTAR

複数の運用状況に該当する場合は、それぞれで共通して挙がるサービスを優先すると候補を絞れます。たとえば、複数モールを運営しながら受注から出荷まで一体で管理する場合は、EC一元管理と物流連携の両方に対応するサービスが有力です。

ここで候補を数社まで絞ったうえで、対応するECモール・カート、在庫連携、料金、外部システム連携などを比較します。

EC向け在庫管理システムを比較するポイント

運用状況からサービスを絞った後は、対応する販売チャネル、在庫連携の仕組み、管理できる業務範囲、料金、外部連携を確認します。特に、現在利用しているECモールやカートに対応しているかは最初に確認すべき項目です。

比較ポイント確認する内容
対応するECモール・カート– Amazon・楽天市場・Yahoo!ショッピングなどへの対応
– Shopify・makeshopなど自社ECへの対応
– 今後追加する販売チャネルへの対応
在庫の自動連携– 注文後の在庫数の自動更新
在庫更新の頻度・タイミング
– SKU・セット商品の在庫連携
– 連携エラー時の通知
受注・出荷・返品管理– 受注データの一元管理
– 在庫引当・出荷指示
– キャンセル・返品時の在庫反映
– ピッキング・検品・送り状との連携
外部システム連携– WMS・外部倉庫との連携
– POSレジ・店舗在庫との連携
– ERP・販売管理・基幹システムとの連携
– API・CSV連携
料金– 初期費用・月額料金
– 受注件数による従量料金
– 店舗数・SKU数・倉庫数による追加料金
– オプション料金
サポート– 初期設定・導入支援
– 電話・メール・チャット対応
– 操作マニュアル・FAQ
– 障害や連携エラー時の対応
拡張性– EC店舗・モールの追加
– SKU・受注・出荷件数の増加
– 倉庫・実店舗の追加
– API・外部サービスの追加連携

機能が多ければよいわけではありません。利用中の販売チャネルに対応し、必要な在庫連携と業務範囲を満たしたうえで、総コストを比較することが重要です。また、EC事業を拡大する予定がある場合は、現在の受注件数やSKU数だけでなく、販売チャネルや倉庫を追加した際の料金と拡張性まで確認します。

【比較表】EC向け在庫管理システムおすすめ16選

EC向け在庫管理システムは、複数ECの在庫・受注をまとめるサービスから、倉庫内の入出荷まで管理するWMSまで機能範囲が異なります。前章で整理した自社の運用状況に該当するサービスを確認したうえで、料金、在庫連携、受注・出荷管理、外部システム連携を比較することが重要です。

サービスおすすめの企業主な管理範囲在庫連携倉庫・店舗連携月額料金無料体験
mylogi自社EC・自社倉庫を運営在庫・入荷・出荷・倉庫複数倉庫・EC連携15,000円〜デモあり
ロジクラEC在庫と倉庫業務をまとめて管理在庫・入荷・出荷・棚卸複数拠点・OMS・POS12,800円〜14日間
助ネコ EC管理システム必要なEC管理機能を組み合わせて利用受注・在庫・商品・発注外部倉庫連携受注2,100円〜、
在庫21,000円
要確認
スマレジEC・一元管理ECと実店舗をまとめて運営受注・在庫・顧客スマレジ・店舗連携10,000円〜1カ月
LOGILESSEC受注から倉庫出荷まで自動化OMS・WMS・在庫・出荷複数倉庫・POS20,000円〜+従量1カ月
ネクストエンジン複数モール・自社ECを運営受注・在庫・商品・出荷WMS・物流サービス連携3,000円〜+従量30日間
CROSS MALL複数ECと店舗・倉庫をまとめて管理受注・在庫・商品・発注WMS・POS・実店舗要問い合わせ問い合わせ
TEMPOSTAR複数ECを運営し今後の拡張も重視受注・在庫・商品複数倉庫連携1,650円〜30日間※対象プラン
GoQSystem受注件数が多い複数EC運営受注・在庫・商品・出荷外部倉庫・物流連携0円〜20日間
CrossmaAmazonを含む複数モール運営受注・在庫・商品・出荷倉庫連携14,800円あり
パワクラECと実店舗の在庫を統合して運営POS・在庫・商品・顧客・EC連携○※EC連携オプション複数店舗・倉庫・EC連携13,050円〜
※EC在庫連携時 |
問い合わせ
タテンポガイド複数ECを専任担当の支援付きで運営受注・在庫・商品・顧客外部サービス連携11,000円〜(税込)最大3カ月
まとまるEC店長低コストで複数モールを一元管理受注・在庫・商品API・外部連携9,800円〜あり
通販する蔵大規模・独自業務の多いEC受注・在庫・商品・通販業務外部システム連携要問い合わせ問い合わせ
速販UX少人数から複数ECを運営受注・在庫・商品○※速販在庫外部サービス連携980円〜30日間
コマースロボEC受注と倉庫業務を一体で自動化OMS・WMS・在庫・発注複数拠点・倉庫月額5,000円
※500件超は従量課金
要問い合わせ
※料金は原則税別です。税込表記のサービスは表内に記載しています。オプション、受注件数、出荷件数、SKU数、店舗数などによって実際の料金は変わります。

自社ECを中心に運営する企業におすすめのサービス3選

mylogi

mylogi

ECと倉庫を直接つなぐクラウド在庫・物流管理

  • ECカートと直接API連携
  • 2倉庫から管理できる
  • 商品マスタ数は無制限

サービス概要・特徴
mylogiは、EC事業者向けに設計された在庫・物流管理システムです。入荷、在庫、出荷、棚卸などの倉庫業務を管理でき、Shopify、makeshop、futureshop、楽天市場、Amazon、Yahoo!ショッピングなどとも連携します。EC受注と倉庫在庫を一つのシステムでつなげられる点が特徴です。

導入後のメリット
ECから注文データを取り込み、倉庫側の在庫・出荷情報と連携できます。受注情報の転記や倉庫への出荷指示など、ECと物流の間で発生していた手作業を削減できます。

おすすめの企業

  • Shopifyなど自社ECと自社倉庫を運営する企業
  • EC受注と倉庫在庫を一元化する企業
  • 複数倉庫への拡大を予定している企業

注意点
BasicではAPI連携1サイト、倉庫2拠点までです。ECサイトや倉庫を増やす場合はStandard以上や追加オプションの費用を確認する必要があります。

料金プラン

料金は初期費用0円で、利用する倉庫数や出荷件数によってプランが分かれます。

プラン月額費用主な内容
Basic15,000円/月300件出荷(※)、2倉庫、API連携1サイト、
※月額料金に300件までの出荷を含む。301件から30円/件
Standard30,000円/月1,000件出荷(※)、3倉庫、API連携2サイト
※月額料金に1,000件までの出荷を含む。1,001件から20円/件
Premium60,000円/月出荷・倉庫・ユーザー数無制限、API連携 2サイト以上は応相談

公式サイトURL:https://system.mylogi.jp/

ロジクラ

ロジクラ

スマホを活用して倉庫の在庫・出荷を管理

  • スマホで入荷・出荷検品
  • ロケーション管理に対応
  • Shopify・OMSと連携

サービス概要・特徴
ロジクラは、入荷、在庫、棚卸、ピッキング、出荷などを管理するクラウド型の在庫・倉庫管理システムです。スマートフォンをハンディ端末として利用でき、Premiumではロット・ロケーション・拠点間入出荷にも対応します。EC一元管理より倉庫現場の在庫精度と出荷業務を重視するサービスです。

導入後のメリット
紙やExcelを中心とした入出荷作業をシステム化し、商品・拠点・保管場所ごとの在庫を共有できます。ピッキングや検品まで一連の倉庫業務を標準化できます。

おすすめの企業

  • 自社倉庫からEC商品を出荷する企業
  • スマホを使って検品・棚卸を行う企業
  • 複数拠点の在庫を管理する企業

注意点
ECモールの受注一元管理を主目的とするサービスではありません。CROSS MALLやネクストエンジンなどOMSとの連携を含めて設計する必要があります。

料金プラン

LiteとPremiumがあり、年契約と月契約で料金が異なります。

プラン月額費用主な内容
Lite12,800円/月
(年契約の月額換算)
300件/月出荷(※)、1拠点、基本在庫管理
※301件から25円/出荷1件
Premium40,000円/月
(年契約の月額換算)
2,000件/月出荷(※)、2拠点、基本在庫管理、ロット・ロケーション管理、拠点間入出荷、オンライン面談サポート
※2,001件から10円/出荷1件、5,001件から5円/出荷1件、50,001件から2円/出荷1件
Enterprise問い合わせ個別カスタマイズ

※税別。OMS/POS連携は月額10,000円追加。導入時のサポート費用と、本契約から1年経過後は年間保守費用30,000円が発生します。

公式サイトURL:https://logikura.jp/

助ネコ EC管理システム

助ネコEC管理システム

必要なEC管理機能だけを組み合わせて導入

  • 在庫管理だけでも契約可能
  • 受注・商品管理を後から追加
  • Shopifyなど自社ECにも対応

サービス概要・特徴
助ネコ EC管理システムは、受注管理、在庫管理、商品登録、発注管理を必要な機能ごとに契約できるEC管理システムです。自社ECの在庫管理から導入し、販売チャネルや受注件数の増加に合わせて管理範囲を広げられます。最初から多機能なシステムを導入せず、必要な業務から段階的にシステム化できる点が特徴です。

導入後のメリット
手作業で行っていた在庫更新や受注確認を必要な範囲からシステム化できます。EC事業の拡大後は、複数モールの受注・在庫管理まで同じサービス内で追加できます。

おすすめの企業

  • 自社ECの在庫管理からシステム化する企業
  • 必要な機能だけ選んで導入する企業
  • 今後モール出店や受注増加を予定する企業

注意点
受注、在庫、商品登録などが別契約のため、複数機能を組み合わせる場合は合計料金で比較する必要があります。

料金プラン

在庫管理は単体契約と受注管理との併用で料金が異なります。

プラン月額費用主な内容
受注管理Lite2,100円/月(税別)月100件までを含む
従量課金:20円(税別)/件(101件~)
※最大18,000円 (税別)
受注管理ベーシック42,000円/月(税別)月5,000件までを含む
精算金:15円(税別)/件 (5,001件~)
受注管理Plus84,000円/月(税別)月8,000件までを含む
精算金:5円(税別)/件 (8,001件~)
在庫管理 単体21,000円/月(税別)登録件数無制限
在庫管理 併用15,750円/月(税別)受注管理ベーシック版または受注管理Plus版と一緒に契約する場合
商品登録Sプラン10,500円/月(税別)商品登録点数1,000点まで含む
商品登録Mプラン15,750円/月(税別)商品登録点数5,000点まで含む
従量課金:1円(税別)/点(5,001点~)

公式サイトURL:https://www.sukeneko.com/

Shopifyを利用している場合は、下記のShopify向け在庫管理システムで対応サービスを絞って比較できます。

自社ECとモールを併用する企業におすすめの在庫管理システム7選

スマレジEC・一元管理

スマレジEC・一元管理

自社EC・モールの受注と在庫をまとめるEC一元管理

  • 自社ECとモールを一元管理
  • 受注・在庫・顧客情報を統合
  • 実店舗との連携まで拡張可能

サービス概要・特徴
スマレジEC・一元管理は、自社ECや複数モールに分散する受注・在庫・顧客情報をまとめて管理するOMSです。販売チャネルごとの在庫や注文情報を一元化でき、顧客データを利用したCRMにも対応します。さらにスマレジと連携すれば、EC一元管理から実店舗を含むオムニチャネル運営まで管理範囲を広げられる点が特徴です。

導入後のメリット
自社ECとモールごとに分かれていた受注確認や在庫管理を一つにまとめられます。販売チャネルを追加しても管理画面を増やさず、顧客情報まで共通化できます。

おすすめの企業

  • 自社ECと複数モールを併用する企業
  • 受注・在庫・顧客情報をまとめる企業
  • 将来は実店舗との在庫統合も進める企業

注意点
倉庫連携や分析など一部はオプションです。必要な機能を追加した場合の料金まで確認します。

料金プラン

プラン月額料金主な内容
受注機能/在庫管理10,000円/月〜受注・在庫の基本機能
各種オプション要問い合わせ倉庫連携・分析・顧客施策など
受注機能と在庫管理を月額10,000円から利用できます。

LOGILESS

LOGILESS

自社EC・モールの受注から倉庫出荷まで自動化

  • 複数ECの受注を一元化
  • OMS・WMSを一体で提供
  • 倉庫への出荷指示まで自動化

サービス概要・特徴
LOGILESSは、自社ECやモールから受注データを取り込み、在庫引当から倉庫への出荷指示まで連動するEC自動出荷システムです。OMSとWMSを一体で備えているため、販売チャネルの一元管理だけで終わらず、その後の倉庫・出荷業務まで同じ仕組みで自動化できる点が他のEC一元管理サービスとの大きな違いです。

導入後のメリット
自社ECとモールから入る注文をまとめ、倉庫への出荷指示まで連続して処理できます。販売チャネルごとの受注確認と、EC担当者から物流担当者への手作業による出荷依頼を削減できます。

おすすめの企業

  • 自社ECとモールを併用する企業
  • EC一元管理と物流自動化を同時に進める企業
  • 受注・出荷件数が増えているEC事業者

注意点
基本料金に加えて出荷件数による従量料金があります。複数倉庫やPOS連携などはオプション料金も確認します。

料金プラン

プラン月額費用主な内容
ライトプラン20,000円/月1倉庫、月300出荷まで
スタンダードプラン25,000円/月1倉庫、月500出荷まで、電話サポート
従量料金2〜25円/出荷月間出荷件数で単価変動

公式サイトURL:https://www.logiless.com/

ネクストエンジン

ネクストエンジン

多数のモール・カートを受注から出荷まで一元化

  • 主要ECとの連携先が豊富
  • 在庫を最短5分で連携
  • アプリで機能を拡張可能

サービス概要・特徴
ネクストエンジンは、楽天市場、Amazon、Yahoo!ショッピング、Shopifyなど複数ECの受注・在庫・商品・出荷業務を一元管理するシステムです。在庫の自動連携に加え、受注処理や出荷通知も自動化できます。アプリやAPIによって標準機能を拡張できる点も特徴です。

導入後のメリット
各モールへ個別にログインして受注確認や在庫更新を行う作業を減らせます。注文から出荷通知までの定型処理も自動化でき、複数店舗を一つの運用フローへ統合できます。

おすすめの企業

  • 楽天市場・Amazonなど複数モールを運営
  • Shopifyとモールを併用するEC事業者
  • 今後販売チャネルを増やす企業

注意点
受注件数に応じた従量課金です。有料アプリや契約1年経過後の年間保守費用も含めて総コストを確認する必要があります。

料金プラン

基本料金には月200件までの受注が含まれ、201件目以降は受注件数ごとの従量課金です。

プラン月額費用主な内容
基本料金3,000円/月受注200件まで
※初期費用0円

受注件数201件以上は基本料金に加えて下記の料金が追加されます。

従量課金制月間受注件数
1件ごとの単価
201~400件35円
401~1,000件30円
1,001~3,000件25円
3,001~5,000件20円
5,001~7,000件15円
7,001~10,000件10円
10,001件~5円

公式サイトURL:https://next-engine.net/

CROSS MALL

CROSS MALL

EC・倉庫・実店舗までつなぐ一元管理システム

  • 受注件数による課金なし
  • 発注・仕入管理まで対応
  • WMS・実店舗POSと連携

サービス概要・特徴
CROSS MALLは、複数ネットショップの商品、在庫、受注、発注・仕入を一元管理するクラウドサービスです。在庫を各ショップへ自動反映できるほか、ロジザードZEROなどのWMSや物流会社との連携実績があります。ECだけでなく実店舗や倉庫まで含めた運用設計に対応できる点が特徴です。

導入後のメリット
複数ECの在庫と受注を一つの管理画面に集約できます。倉庫や実店舗まで連携すれば、ECだけに限定されていた在庫管理を販売・物流全体へ広げられます。

おすすめの企業

  • 複数ECと実店舗を運営する企業
  • 外部倉庫やWMSを利用する企業
  • 発注・仕入までまとめて管理する企業

注意点
料金は月額固定ですが、標準対応している自社サイト以外の自社サイト対応に関しましては、初期設定費として別途お見積りとなります。利用商品数や自社サイト連携、店舗在庫連携を含めて見積もりを確認します。

料金プラン

受注件数や売上金額による従量課金はなく、月額固定制です。

プラン名月額費用商品点数
プラン100010,000円/月xサイト数1,000点まで
プラン300015,000円/月xサイト数3,000点まで
プラン500020,000円/月xサイト数5,000点まで
プラン1500025,000円/月xサイト数15,000点まで
※初期費用は0円

公式サイトURL:https://cross-mall.jp/

TEMPOSTAR

TEMPOSTAR

EC運用の変更に対応できる拡張性の高い一元管理

  • 受注・在庫・商品を統合
  • 複数倉庫連携に対応
  • カスタマイズプランあり

サービス概要・特徴
TEMPOSTARは、複数ネットショップの受注・在庫・商品情報を一元管理するEC管理システムです。セット商品や商品ページの一括編集、複数倉庫連携などを備え、標準機能で収まらない場合はカスタマイズプランも用意されています。EC事業の拡大や独自運用への拡張性を重視したサービスです。

導入後のメリット
店舗ごとに分かれていた受注・在庫・商品更新をまとめられます。販売チャネルや商品数が増えた後も、同じ管理基盤を中心にEC運営を構築できます。

おすすめの企業

  • 複数モールと自社ECを運営する企業
  • 商品ページを複数ECへ展開する企業
  • 将来的なカスタマイズを想定する企業

注意点
スタンダードプランは受注件数などによって料金が変動します。スタータープランには店舗数・商品数・受注件数の上限があります。

料金プラン

スターター、スタンダード、カスタマイズの3種類が用意されています。

プラン月額費用主な内容
スターター1,650円/月(税込)200受注、2店舗、2,000商品まで
スタンダード11,000円/月(税込)〜機能制限なし、電話サポート
カスタマイズ問い合わせ個別カスタマイズ

公式サイトURL:https://commerce-star.com/

GoQSystem

GoQSystem

受注件数が増えても定額で運用できるEC一元管理

  • 有料プランは受注件数無制限
  • 在庫・商品管理を段階追加
  • 出荷・物流機能も充実

サービス概要・特徴
GoQSystemは、複数ECの受注、在庫、商品、出荷、売上などを一元管理するクラウドシステムです。有料プランは受注件数が増えても基本料金が定額で、必要な管理範囲に応じてプランを選べます。注文量が増えてもシステム料金を予測しやすい料金体系が特徴です。

導入後のメリット
複数ECからの注文確認、在庫更新、送り状発行などをまとめられます。注文量の増加に伴って手作業が膨らむ運用から、自動処理を中心とした運用へ切り替えられます。

おすすめの企業

  • 月間受注件数が多いEC事業者
  • 複数モールの在庫を自動連携する企業
  • 商品登録まで一元化する企業

注意点
在庫連携は受注・在庫連携管理プラン以上が必要です。API利用など、一部の機能は追加オプションとなります。

料金プラン

無料プランからエンタープライズまで段階的に用意されています。

プラン初期費用月額費用主な内容
フリープラン0円0円月100受注などの上限あり
受注管理30,000円15,000円/月受注管理
受注・在庫連携管理40,000円29,800円/月受注+在庫連携
受注・商品・在庫連携管理50,000円44,800円/月商品管理まで一元化
エンタープライズプラン要相談200,000円/月〜店舗独自の業務フローや要望に
合わせてシステムをカスタマイズできる

公式サイトURL:https://goqsystem.com/

Crossma

Crossma

自社ECと複数モールの商品・在庫・受注を一元管理

  • Shopifyと主要モールを連携
  • 商品・在庫・受注をまとめて管理
  • Amazonの商品展開にも強い

サービス概要・特徴
Crossmaは、Shopifyなどの自社ECとAmazon、楽天市場、Yahoo!ショッピングなど複数モールの商品・在庫・受注を管理するEC一元管理システムです。在庫同期や価格変更、受注から出荷までの自動化に加え、Amazonの商品情報を他モールへ展開する機能も備えています。自社ECとモールの一元管理に加えて、Amazonを起点とした多モール展開にも強い点が特徴です。

導入後のメリット
自社ECとモールごとに行っていた商品登録、在庫更新、受注処理をまとめられます。Amazonを中心に販売している場合は、他モールへの商品展開にかかる作業も削減できます。

おすすめの企業

  • Shopifyと複数モールを併用する企業
  • Amazonを含む販売チャネルを一元管理する企業
  • 今後モール数を増やすEC事業者

注意点
基本料金には20,000SKUまでが含まれます。同じモール・カートで複数店舗を連携する場合やSKUを追加する場合は追加料金が発生します。

料金プラン

基本料金は受注件数による従量課金がありません。

プラン初期費用月額費用主な内容
基本プラン30,000円14,800円/月主要モール・倉庫連携、20,000SKUまで
SKU追加0円10,000円/月20,000SKU毎に追加費用
店舗追加0円5,000円/月・店舗同一モール2店舗目以降

公式サイトURL:https://crossma.jp/

ECと実店舗を運営する企業におすすめの在庫管理システム3選

パワクラ

パワクラ

実店舗・EC・倉庫の在庫を一元管理する小売向けPOS

  • 店舗・EC在庫を自動連携
  • 複数店舗・倉庫の在庫を一元管理
  • EC注文を店舗のPOSへ自動連携

サービス概要・特徴
パワクラは、小売店向けのクラウドPOSを中心に、実店舗・EC・倉庫の在庫を一元管理できるシステムです。店舗販売や仕入れによる在庫変動をECへ反映でき、複数拠点の在庫を合計してECの販売在庫として活用できます。店舗とECの在庫を統合したオムニチャネル運営に強い点が特徴です

導入後のメリット
店舗とECで分かれていた在庫を共有し、店舗販売後のEC在庫更新を自動化できます。EC注文を店舗へ連携して商品を取り置く運用にも対応し、売り越しや店舗在庫の販売機会損失を減らせます。

おすすめの企業

  • 実店舗とECを両方運営する小売企業
  • 複数店舗の在庫をEC販売にも活用する企業
  • 店舗受取や店舗出荷を含むOMOを進める企業

注意点
EC在庫連携にはプレミアムプランとEC連携オプションが必要です。連携するECによってはzaiko Robotやネクストエンジンなど在庫連動サービスの別契約も必要になるため、POS料金だけでなくEC連携を含めた総コストを確認します。

料金プラン

プラン月額料金主な内容
スタンダード5,250円〜/店舗POSレジ、クラウド分析、商品登録5万点、顧客管理
プレミアム13,050円〜/店舗POSレジ、クラウド分析、商品登録5万点、在庫管理
EC連携オプション問い合わせEC在庫更新、EC受注連携
※EC在庫連携にはプレミアムプランおよびEC連携オプションが必要です。連携方法によって別途在庫連動サービスの契約が必要です。

スマレジEC・一元管理

スマレジとEC在庫を連携でき、実店舗とオンラインの在庫・受注・顧客情報をまとめて管理できます。

スマレジEC・一元管理の特徴・料金を見る

CROSS MALL

ECだけでなくPOSや実店舗在庫との連携にも対応し、オンラインと店舗をまたいだ在庫管理を構築できます。

CROSS MALLの特徴・料金を見る

Amazon・楽天市場など複数のECを運営する企業におすすめの在庫管理システム10選

タテンポガイド

タテンポガイド

専任担当の導入支援まで含む多店舗EC管理

  • 複数モールを一元管理
  • 専任担当が導入を支援
  • 最大3カ月の無料期間

サービス概要・特徴
タテンポガイドは、複数ネットショップの受注、在庫、商品、顧客などを一元管理するクラウドサービスです。楽天市場、Amazon、Yahoo!ショッピングをはじめ複数のモール・カートに対応します。専任担当が初期設定から実運用まで支援する導入サポートが特徴です。

導入後のメリット
各ECの在庫更新や受注処理を集約できます。初期設定も専任担当と進められるため、複数モールの運用ルールを整理しながら一元管理へ移行できます。

おすすめの企業

  • 初めてEC一元管理システムを導入する企業
  • 複数モールの受注・在庫をまとめる企業
  • 導入支援を重視するEC事業者

注意点
料金は受注件数、商品点数、店舗数によって変わります。無料期間にも利用条件があり、上限を超えると別料金が発生します。

料金プラン

受注件数2,000件までは段階的な料金が公開されています。

受注件数月額費用主な内容
300件まで/月11,000円/月(税込)10,000商品、5サイトまで
500件まで/月13,200円/月(税込)10,000商品、5サイトまで
1,000件まで/月26,400円/月(税込)10,000商品、5サイトまで
2,000件まで/月48,400円/月(税込)10,000商品、5サイトまで
2,001件〜/月問い合わせ10,001 点以上、6サイト以上

公式サイトURL:https://tatempo.guide/

まとまるEC店長

まとまるEC店長

商品数基準の定額料金で多モールを一元管理

  • 受注件数による課金なし
  • 店舗数による課金なし
  • 在庫を24時間自動連携

サービス概要・特徴
まとまるEC店長は、楽天市場、Yahoo!ショッピング、Amazon、Shopifyなど複数ECの商品、在庫、受注を管理する一元管理システムです。料金は商品数を基準とした月額固定で、受注件数や店舗数による追加課金はありません。販売量が増えても料金が受注件数に連動しない点が特徴です。

導入後のメリット
多モールの在庫更新、商品編集、注文処理を一つの管理画面へ集約できます。受注件数の増加によってシステム利用料が増える料金体系を避けながら、多店舗運営を効率化できます。

おすすめの企業

  • 受注件数が多い複数モール運営
  • 商品点数を基準に料金を管理する企業
  • 固定費でEC一元管理を導入する企業

注意点
料金は商品数によって上がります。商品点数が多い企業では、受注件数課金型のサービスと総コストを比較する必要があります。

料金プラン

初期費用、受注件数課金、店舗数課金、電話・メールサポートは0円です。

プラン月額料金主な内容
3,000商品まで9,800円/月店舗数・受注件数による課金なし
5,000商品まで15,000円/月同上
10,000商品まで25,000円/月同上
30,000商品まで54,000円/月同上
50,000商品まで78,000円/月同上

公式サイトURL:https://www.ec-tencho.jp/

通販する蔵

通販する蔵

複雑な通販業務を個別カスタマイズできる一元管理

  • 大規模ECの運用に対応
  • 独自業務をカスタマイズ
  • 受注・在庫・商品を統合

サービス概要・特徴
通販する蔵は、楽天市場、Amazon、Yahoo!ショッピング、自社ECなどの受注、在庫、商品情報を一元管理するシステムです。標準機能だけでなく、企業固有の通販業務に応じたカスタマイズにも対応します。一般的なSaaSでは収まらない複雑な業務フローをシステムへ反映できることが大きな特徴です。

導入後のメリット
複数ECの一元管理に加え、独自の受注処理や帳票、外商など既存業務に合わせたシステムを構築できます。既存業務を大きく変えずにシステム化する選択が可能です。

おすすめの企業

  • 大規模なEC・通販事業者
  • 独自の受注・在庫処理が多い企業
  • 基幹システムとの個別連携が必要な企業

注意点
初期導入費用は最低150万円で、カスタマイズ費用は別途です。低コストで標準機能を利用するクラウドサービスとは導入規模が異なります。

料金プラン

公式FAQでは、標準導入の最低費用と月額保守方式が案内されています。

プラン月額費用主な内容
標準導入要問い合わせ初期導入費用150万円〜
カスタマイズ要見積もり独自機能・業務フローへの対応

公式サイトURL:https://www.suruzo.biz/

速販UX

速販UX

小規模から始められる受注管理+在庫連動

  • 受注管理は月980円から
  • 在庫連動を追加できる
  • 連動間隔を選択可能

サービス概要・特徴
速販UXは、複数ECの受注処理を管理するシステムで、別サービスの「速販在庫」を組み合わせることで各ECサイトの在庫数も自動連動できます。速販在庫は5分、15分、30分から連動間隔を選択できます。受注管理と在庫連携を必要に応じて組み合わせられる料金設計が特徴です。

導入後にどう変わるか
モールごとの受注確認をまとめ、在庫連動を追加すれば販売チャネル間の在庫更新も自動化できます。少ない受注件数から導入し、事業規模に応じて機能を追加できます。

おすすめの企業

  • 少人数で複数ECを運営する企業
  • 月間受注件数が少ないEC事業者
  • 受注管理と在庫管理を分けて導入する企業

注意点
速販UXだけでは在庫連動は利用できません。在庫を自動連携する場合は「速販在庫」の料金を加えた総コストで比較します。

料金プラン

受注管理と在庫管理は別料金です。

プラン初期費用月額料金主な内容
スタートプラン10,000円980円/月+従量1ユーザー利用
100受注まで基本料金内
101件目〜+20円/件
1ユーザー追加:980円/月
ライトプラン10,000円8,000円/月1ユーザー利用PC1台のみの限定利用
受注件数無制限
従量スタンダード10,000円10,000円/月5ユーザ利用まで
301件目〜+10円/件
追加ユーザー:2,000円/月
定額スタンダード10,000円15,000円/月1ユーザ利用
追加ユーザー:13,000円/月
速販在庫(オプション)4,000円/月〜商品マスター料金+在庫連動料金が発生

公式サイトURL:https://sokuhan.jp/

助ネコ EC管理システム

複数モールの受注・在庫を一元管理でき、受注管理や在庫管理など必要な機能を組み合わせて導入できます。

助ネコ EC管理システムの特徴・料金を見る

ネクストエンジン

Amazon・楽天市場・Yahoo!ショッピングなど多数のモールに対応し、複数店舗の受注・在庫・商品・出荷業務を一元管理できます。

ネクストエンジンの特徴・料金を見る

CROSS MALL

複数モールの商品・在庫・受注をまとめて管理でき、販売先ごとの在庫更新や受注処理を共通化できます。

CROSS MALLの特徴・料金を見る

TEMPOSTAR

複数モールの受注・在庫・商品情報を一元管理でき、販売チャネルの追加や独自運用にも対応できる拡張性があります。

TEMPOSTARの特徴・料金を見る

GoQSystem

複数モールの受注と在庫をまとめて管理でき、受注件数が増えても定額制の有料プランで運用できます。

GoQSystemの特徴・料金を見る

Crossma

Amazonを中心に楽天市場やYahoo!ショッピングなどへ商品を展開でき、多モールの商品登録・在庫同期・受注処理をまとめて自動化できます。

Crossmaの特徴・料金を見る

受注から出荷まで一体で管理する企業におすすめの在庫管理システム5選

コマースロボ

コマースロボ

OMS・WMS・RPAでEC物流を自動化

  • OMSとWMSを標準搭載
  • RPAで受注処理を自動化
  • 発注管理まで一体化可能

サービス概要・特徴
コマースロボは、OMSとWMSを一体化したEC業務自動化システムです。受注データの変換や受注処理をRPAで自動化し、そのまま内蔵WMSへ出荷指示を送れます。SCMプランでは発注管理も含まれ、受注、在庫、倉庫、発注まで一つのシステムで管理できる点が特徴です。

導入後のメリット
受注内容の確認やデータ加工、倉庫への出荷指示を自動化できます。EC担当者が注文ごとに処理条件を判断する工程を減らし、出荷量が増えても標準化された運用を構築できます。

おすすめの企業

  • EC受注処理の自動化を進める企業
  • OMSとWMSを一本化する企業
  • 発注管理まで含めて物流を統合する企業

注意点
月額基本料金に出荷件数による従量料金が加算されます。大量出荷では月間出荷件数を使って総コストを算出する必要があります。

料金プラン

プラン月額料金主な内容
スターター5,000円/月月間出荷500件まで
OMS(受注管理)
WMS(在庫管理/倉庫管理)
在庫連携
カート連携
モール連携
EOS(発注管理)
カスタマーサポート
自動出荷プラン10,000円/月+従量OMS(受注管理)
WMS(在庫管理/倉庫管理)
在庫連携
カート連携
モール連携
カスタマーサポート
SCMプラン30,000円/月+従量OMS(受注管理)
WMS(在庫管理/倉庫管理)
在庫連携
カート連携
モール連携
EOS(発注管理)
カスタマーサポート
従量料金5〜20円/出荷月間出荷件数で単価変動
自動出荷プランとSCMプランがあり、500件超から従量課金が発生します。

公式サイトURL:https://www.commerce-robo.com/

LOGILESS

OMSとWMSが一体となっており、受注取り込みから在庫引当、倉庫への出荷指示まで自動化できます。

LOGILESSの特徴・料金を見る

ネクストエンジン

受注処理から在庫連携、出荷通知まで自動化でき、複数ECの注文を共通の出荷フローで処理できます。

ネクストエンジンの特徴・料金を見る

GoQSystem

受注管理、在庫連携、送り状発行などをまとめられ、注文受付から出荷まで発生する定型業務を一元化できます。

GoQSystemの特徴・料金を見る

mylogi

EC受注と倉庫の在庫・出荷情報を連携でき、注文の取り込みから倉庫への出荷指示までまとめて管理できます。

mylogiの特徴・料金を見る

複数倉庫・外部倉庫を利用する企業におすすめの在庫管理システム5選

LOGILESS

複数倉庫の在庫・出荷を同じシステムで管理でき、EC側の受注情報と各倉庫の物流業務を直接連携できます。

LOGILESSの特徴・料金を見る

コマースロボ

WMSを備え、複数拠点の在庫・出荷を管理できるため、OMSから各倉庫への出荷指示まで一連の物流業務を統合できます。

コマースロボの特徴・料金を見る

mylogi

複数倉庫の在庫管理に対応し、EC受注と各倉庫の在庫・出荷情報を一元化できます。

mylogiの特徴・料金を見る

ロジクラ

複数拠点とロケーション管理に対応し、倉庫ごとの在庫・入出荷・保管場所をまとめて管理できます。

ロジクラの特徴・料金を見る

TEMPOSTAR

複数倉庫との在庫連携に対応し、販売チャネルと在庫拠点の両方が増えたEC運営を一元管理できます。

TEMPOSTARの特徴・料金を見る

EC向け在庫管理システムの導入・乗り換え手順と注意点

EC向け在庫管理システムは、サービスを契約するだけでは運用を開始できません。商品・SKU・在庫データを整理し、ECモールや倉庫との連携方法、切り替え時の受注処理まで事前に決める必要があります。特に乗り換えでは、在庫差異や受注漏れを防ぐため、データ移行と切り替えの手順を明確にすることが重要です。

商品・SKU・販売チャネル・倉庫のデータを整理する

最初に、現在管理している商品情報と在庫情報を整理します。ECモールごとに商品コードやSKUコードが異なる場合、そのまま移行すると同じ商品を別商品として認識する原因になります。商品コードとSKUの紐付けを統一し、システム上の在庫と実在庫も導入前に照合します。

  • 商品コード・SKUコードの整理
  • ECごとの商品情報の紐付け
  • 現在庫と実在庫の照合
  • 倉庫・店舗ごとの在庫情報の整理
  • 販売終了商品や不要データの除外

ECモール・カート・倉庫との連携方法を決める

次に、Amazonや楽天市場、Shopifyなどの販売チャネルと、倉庫・POS・基幹システムをどの方法で連携するか決めます。API連携に対応していればデータを自動反映できますが、サービスによってはCSV連携や個別設定が必要です。現在利用しているシステムを含めて連携範囲を確定してから設定を進めます。

また、外部倉庫を利用している場合は、受注データをどのタイミングで倉庫へ送り、出荷完了後の情報をどこへ戻すのかまで確認します。

在庫・受注データの移行方法と切り替え日を決める

システムを乗り換える場合は、旧システムに残る受注データと新システムへ移行する在庫データを明確に分けます。切り替え時点で未出荷注文が残っていると、同じ注文を二重処理したり、在庫を二重に減らしたりする原因になります。

切り替え直前に在庫数を確定し、未出荷注文をどちらのシステムで処理するか統一します。ECサイトの注文が少ない時間帯に切り替えるなど、通常業務への影響も抑えます。

  • 現在庫を確定する
  • 未出荷注文を洗い出す
  • 移行対象データを決める
  • 旧システムの処理終了時点を決める
  • 新システムで受注を開始する日時を統一する

在庫更新・キャンセル・返品の運用ルールを統一する

システム導入後も、担当者が個別に在庫数を変更すると在庫差異が発生します。在庫調整を行う担当者と権限を決め、キャンセル、返品、交換、棚卸時の処理方法を統一します。

特に返品では、商品が戻った時点ですぐ販売可能在庫へ戻すのではなく、検品後に再販売できる商品だけ在庫へ戻すルールを設定する必要があります。

導入後は在庫差異と連携エラーを確認する

本稼働直後は、ECモール上の在庫数と在庫管理システム上の在庫数を定期的に照合します。受注取り込み、在庫更新、出荷通知などの連携エラーも確認し、想定した処理が行われているか検証します。

売り越し、欠品、在庫差異、手作業がどの程度減ったかまで確認して導入効果を判断します。問題が残る場合は、システムそのものではなく設定や運用ルールに原因がないかも確認します。

まとめ

EC向け在庫管理システムは、自社の販売チャネルと物流体制から選ぶことが基本です。複数モールを運営する場合は在庫・受注の一元管理、実店舗がある場合はPOSや店舗在庫との連携、倉庫業務まで管理する場合はOMS・WMSへの対応が重要になります。

まず運用状況から必要なサービスを絞り、その後に対応するECモール・カート、在庫連携、受注・出荷管理、外部システム連携、料金を比較します。機能数の多さではなく、現在の業務課題を解消でき、今後の販売チャネルや出荷量の増加にも対応できるサービスを選ぶことが重要です。

よくある質問

Amazon・楽天市場・Yahoo!ショッピングの在庫を一元管理できる?

Shopifyなど自社ECとモールの在庫は連携できる?

EC向け在庫管理システムと受注管理システム・WMSの違いは?

実店舗とECの在庫も一元管理できる?

Excelでの在庫管理からシステムへ切り替える目安は?

この記事の著者

OREND運営事務局|店舗DXの専門家集団

OREND運営事務局|店舗DXの専門家集団

「OREND」は飲食店や小売業界・ネットショップに関する業界トレンドを図解・解説しながらツール紹介を行う専門メディアです。 キャッシュレス決済や予約管理システム・ネットショップ作成ソフトなど、店舗の効率化やECサイトの立ち上げに必要なツールの仕組みや機能・トレンド背景を解説します。

この記事の監修者

中島 崚|店舗DX・IT化の専門家

中島 崚|店舗DX・IT化の専門家

慶応義塾大学商学部卒業後、フロンティア・マネジメント株式会社で地方百貨店やメーカーなどの経営計画策定に従事。その後、スマートキャンプ株式会社でSaaS比較サイト「Boxil」の事業企画としてTツールや業務支援ツール&デバイスを紹介する「ええじゃない課Biz」にコメンテーターとしてレギュラー出演していた。2022年にステップ・アラウンド株式会社にて店舗ビジネス向けメディア「OREND」を監修しながら小売店・飲食店・サービス業全体の業務効率化を目指している。

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