電子帳簿保存システムおすすめ比較！種類・メリット・導入の流れまで徹底解説

電子帳簿保存システムについて、種類ごとの特徴やメリット・デメリット、選び方のポイント、さらに導入の流れまでを整理しました。おすすめのシステム比較も含め、電子帳簿保存法に対応するために必要な情報をまとめています。

電子帳簿保存システムとは

電子帳簿保存システムは、電子帳簿保存法の要件に沿って国税関係帳簿書類を紙ではなく電子データで適正保存・管理するための仕組みです。これにより、法令遵守と業務効率化・コスト削減の両立が可能になります※1。

電子帳簿保存法の概要

電子帳簿保存法は、国税関係帳簿・書類・電子取引データの電子保存を認め、その保存方法や要件を定めた制度です。令和3年度改正以降、制度見直しが進み、電子取引データは2024年1月1日から電子保存が原則義務となりました。

電子保存に求められる主な要件

電子保存を行う際には、以下の要件を満たす必要があります。これらをシステムで確実に担保できるかどうかが導入の大前提になります。

• 真実性の確保：訂正削除の履歴管理やタイムスタンプ付与で、データの改ざんを防止
• 可視性の確保：取引内容を見やすい状態で保存し、税務調査時にすぐ確認できる状態にする
• 検索性の確保：日付・取引先・金額といった条件で、必要なデータを迅速に検索可能にする

これらは国税庁が示す公式要件であり、一部はシステム導入なしでは実務的に対応が難しい領域です。（参考：電子帳簿等保存制度特設サイト｜国税庁）

電子帳簿保存システムの役割

法定要件をシステムで担保し、日常運用の手間を抑えつつ内部統制を強化することが役割です。紙保管の削減や税務調査時の迅速なデータ提示（ダウンロードへの対応を含む）にも資するため、実務上の負担軽減につながります。

電子帳簿保存システムを導入するメリット

業務効率化とコスト削減

従来は紙での保管・整理・検索に多くの工数を要していましたが、電子データ化により検索や管理が短時間で可能になります。さらに、紙の印刷代・郵送費・保管スペースの削減によるコストダウンも期待できます。実際、多くの企業が電子帳簿保存の導入を進めている背景には、こうした業務効率やコスト面での改善効果があります。

内部統制やセキュリティ強化

電子帳簿保存システムは、アクセス権限の管理や操作履歴の記録といった内部統制に直結する機能を備えています。これにより、不正防止や監査対応の強化が可能になります。紙の書類と異なり、外部持ち出しリスクや紛失リスクの低減にもつながります。

電子帳簿保存システムを導入するデメリット

初期費用やランニングコストの発生

システム導入にはライセンス費用やサーバー利用料などの初期投資が必要です。さらに、月額利用料や保守サポート費用などのランニングコストも継続的に発生します。クラウド型かオンプレミス型かによってコスト構造は異なるため、自社の規模や利用頻度に見合った選択が重要です。

社員教育や運用定着に時間がかかる

新しいシステムを導入すると、社員が操作方法に慣れるまで教育コストと時間がかかります。特に経理部門以外の社員も領収書や請求書を扱うケースでは、全社的な周知・研修が必要になります。システムが定着するまでの間は、一時的に業務が非効率化する可能性もある点に注意が必要です。

電子帳簿保存システムの機能

電子帳簿保存システムには、法令で求められる要件を満たすための機能と、日常業務を効率化するための機能が備わっています。主要な機能を押さえることで、自社に必要なシステムを見極めやすくなります。

スキャナ保存機能

紙の領収書や請求書をスキャナやスマートフォンで撮影して電子化し、法令に準拠した形で保存できる機能です。読み取り後はタイムスタンプ付与や改ざん防止処理が自動で行われるため、手作業のリスクを軽減できます。

データ自動入力機能

OCR（文字認識）やAIを活用し、請求書・領収書に記載された取引先名や金額を自動で入力する機能です。これにより、手入力の工数削減と入力ミス防止が可能になります。会計ソフトと連携できるシステムも多く、経理処理全体の効率化に寄与します。

対応書類管理機能

電子帳簿保存法では、請求書、領収書、見積書、契約書など幅広い書類が保存対象となります。システム上で対象書類ごとに分類・管理できる機能があれば、書類ごとの保存要件を満たしつつ、後日の検索や提出も容易になります。

書類検索・一元管理機能

システム内に保存したデータを、日付・取引先・金額といった条件で瞬時に検索できる機能です。さらに、部門や担当者ごとに散在しがちな書類を一元管理できるため、税務調査時にも迅速に対応できます。

電子帳簿保存システムの選び方

電子帳簿保存システムを選ぶ際は、法令対応を満たしているか、自社の業務に適しているかを軸に比較検討することが重要です。コストや使いやすさも含めてバランスよく判断する必要があります。

JIIMA認証や法令対応の確認

電子帳簿保存システムは、電子帳簿保存法に対応していることが最優先です。特に、公益社団法人日本文書情報マネジメント協会（JIIMA）が認証する「電子帳簿ソフト法的要件認証」や「スキャナ保存ソフト法的要件認証」を取得しているシステムは、要件を満たしている信頼性が高いと判断できます。

導入・運用コストの比較

システムによって初期費用・月額料金・追加機能の有無が異なります。コストはクラウド型かオンプレミス型かでも大きく変わるため、長期的な利用コストを試算したうえで比較することが大切です。

提供形態やUIの使いやすさ

導入形式にはクラウド型・オンプレミス型があります。クラウド型は導入が容易でアップデートも自動ですが、社内セキュリティ要件によってはオンプレミス型を選ぶ企業もあります。また、UI（画面の操作性）が直感的で分かりやすいかも、社員の定着度合いを左右します。

自社業務や文書種別にあっているか

自社が扱う書類の種類や業務フローにシステムがどこまで対応しているかを確認することが重要です。たとえば、請求書処理を重視する企業と、領収書精算を重視する企業では最適なシステムが異なるため、事前に利用目的を明確にしておく必要があります。

電子帳簿保存システムの種類

電子帳簿保存システムには、大きく分けて3つのタイプがあります。自社がどのような帳票を扱い、どこに課題を抱えているかによって選ぶべきシステムは変わります。

幅広い書類管理タイプ

契約書・見積書・請求書・領収書など、多様な帳票をまとめて電子保存したい企業に適したタイプです。法令要件を広くカバーし、将来的な文書管理全般のデジタル化を見据えた導入に向いています。

請求書受領タイプ（請求業務の効率化向け）

仕入先や取引先から受け取る請求書の処理・保管を効率化したい企業に適しています。受領から保存までを自動化し、経理担当者の作業負担を大幅に減らせる点が特徴です。インボイス制度対応を重視する企業にも選ばれやすいタイプです。

経費精算タイプ（領収書管理に特化）

社員が日々利用する交通費・接待費などの領収書を電子保存するのに特化したタイプです。スマートフォンアプリから撮影して保存できる機能を備えていることが多く、経費精算システムと連携しやすいのが強みです。

おすすめの電子帳簿保存システム｜幅広い書類管理タイプ

多様な帳票（契約書・見積書・請求書・領収書など）をまとめて電子保存したい企業は、このタイプを選ぶのが近道です。ポイントは、電子帳簿保存法の要件（真実性・可視性・検索性）を安定して満たせることと、検索・一元管理が直感的で運用に乗りやすいことです。以下は主要な選択肢です。

おすすめの電子帳簿保存システム｜請求書受領タイプ

請求書の受領から保存・管理までを効率化したい企業に最適なのがこのタイプです。インボイス制度対応や、受領データを会計処理につなげる仕組みが整っている点が強みです。

サービス名

イメージ

タイプ

初期費用

月額費用

従量課金

対象企業規模

AI-OCR

会計システム連携

郵送受領代行

メール受領代行

Webダウンロード

自社が アップロード

取引先が アップロード

オペレーター確認

仕訳自動生成

仕訳データ出力

請求管理ロボ

取引先が入力

問合せ

資料で確認

問合せ

全規模

問合せ

勘定奉行、freee 弥生会計、MFクラウド会計

問合せ

問合せ

問合せ

〇

〇

問合せ

〇

CSVファイル

BillOne請求書受領

受領代行＋ 請求書電子化

問合せ

資料で確認

問合せ

全規模

〇

勘定奉行、SAP、freee 弥生会計、MFクラウド会計

〇

〇

〇

〇

〇

〇

〇

CSVファイル

TOKIUMインボイス

受領代行＋ 請求書電子化

問合せ

10,000円〜

問合せ

中小〜大企業

〇

勘定奉行、SAP、freee OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇

〇

〇

ー

ー

〇

〇

CSVファイル FBデータ（全銀データ）出力

マネーフォワードクラウド債務支払

受領代行＋ 請求書電子化

0円

2,480円〜 ※年払い

支払依頼：300円（月11件以上）/件 オペレーター入力：20円/枚

小規模〜中小企業

〇

マネーフォワード会計他 API連携

ー

〇

〇

〇

〇

問合せ

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

バクラク請求書受取

受領代行＋ 請求書電子化

問合せ

問合せ

問合せ

中小〜中堅企業

〇

勘定奉行、freee OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇 ※オプション

〇

〇

〇

〇

問合せ

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

invox受取請求書

受領代行＋ 請求書電子化

0円

980円〜

オペレータ確認なし：50円/件 オペレータ確認あり：100円/件（税抜）

小規模〜中小企業

〇

勘定奉行、SAP、freee OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇 ※オプション

〇

〇

〇

ー

〇

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

freee受取請求書

請求書電子化

問合せ

19,980円〜 ※年払い

※月額費用に600枚/年含む 追加枠600枚：18,000円/年 超過従量課金50円/枚

小規模〜中小企業

〇

freee会計 その他は問合せ

ー

〇

〇

〇

〇

問合せ

〇

問合せ

BtoBプラットフォーム請求書

取引先が入力

問合せ

問合せ

通数に応じたプラン

全規模

〇

OBIC、弥生会計、MFクラウド会計

〇 ※invoxと連携

ー

ー

〇

〇

問合せ

〇

問合せ

奉行Edge 受領請求書DXクラウド

請求書電子化

0円

13,000円〜 ※年払い

600枚/年：156,000円 1,200枚/年：312,000円 2,400枚/年：576,400円

中小〜中堅企業

〇

勘定奉行 その他は問合せ

ー

ー

ー

〇

ー

問合せ

〇

CSVファイル、API連携 FBデータ（全銀データ）出力

スマートOCR請求書

請求書電子化

問合せ

問合せ

問合せ

中小〜中堅企業

〇

会計・銀行システム連携

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ー

ー

〇

ー

問合せ

問合せ

CSVファイル

おすすめの電子帳簿保存システム｜経費精算タイプ

社員の経費精算業務を効率化しつつ、領収書を電子保存することに特化したタイプです。スマートフォン撮影やアプリ連携を中心に、日常業務に組み込みやすい点が大きな特徴です。

電子帳簿保存システム導入の流れ

電子帳簿保存システムを導入する際は、目的の明確化から社内展開までの流れを段階的に進めることが重要です。特に法令対応と実務効率化の両立を見据えた準備が、スムーズな定着につながります。

導入目的と対象書類の整理

まず、導入の目的を明確にし、電子保存の対象となる書類を洗い出すことが必要です。請求書や領収書など、どの業務領域を電子化するかを定めることで、システム選定がスムーズになります。

業務フローの見直しとシステム選定

次に、既存の業務フローを確認し、どの工程をシステムで効率化できるかを分析します。そのうえで、要件対応・コスト・操作性を基準に、自社に最適なシステムを選びます。

システム導入と社内展開

導入後は、試験運用を経て段階的に社内に展開していくのが望ましいです。いきなり全社導入するのではなく、部門ごとに運用し、課題を洗い出しながら改善していくと定着が早まります。

長期利用を見据えた選定の必要性

電子帳簿保存は最低7年間の保存義務があるため、システムも長期利用を前提に選ぶ必要があります。提供事業者の信頼性やサポート体制を事前に確認することが欠かせません。

セキュリティや法令対応の徹底

電子データを扱う以上、不正アクセスや改ざんを防ぐセキュリティ対策は必須です。また、法令改正への対応スピードも重要で、常に最新の要件に準拠できるシステムを選ぶべきです。

自社業務に合った運用体制の確立

最後に、システム導入を軸に社内規程や運用ルールを整備し、社員教育を行うことが必要です。システムがあっても運用体制が整っていなければ、法令対応を満たせないリスクが残ります。

まとめ

電子帳簿保存システムは、電子帳簿保存法の要件を満たしつつ、業務効率化やコスト削減を実現できる仕組みです。

導入には初期費用や教育コストといった課題もありますが、検索性・一元管理・内部統制強化などのメリットは大きく、今後はさらに普及が進むと考えられます。

システムを選ぶ際は、JIIMA認証の有無、長期利用に耐えられるか、セキュリティや法令改正への対応力を基準に、自社の業務フローに合ったタイプを選定することが不可欠です。

最終的には、幅広い書類管理タイプ・請求書受領タイプ・経費精算タイプといった種類ごとの特徴を理解し、現場の課題に直結するシステムを導入することが成功のカギになります。

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